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Soto, María Silvina. "Estudios de las relaciones interespecíficas en el género Nierembergia, como herramienta del mejoramiento" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
Antecedentes y objetivos: Esta tesis forma parte del programa de mejoramiento genético en el género Nierembergia, que iniciara en 2002 en el Instituto de Floricultura de INTA. Los objetivos generales que propuse al iniciarla, fueron: (i) conocer la compatibilidad interespecífica entre las especies nativas de valor ornamental y (ii) obtener híbridos interespecíficos como fuente de variación en el mejoramiento. Material y Métodos: En primer lugar se buscó establecer el grado de cercanía entre ocho especies del género Nierembergia: N. aristata, N. browalloides, N. calycina, N. ericoides, N. micrantha, N. linariaefolia var. linariaefolia, N. scoparia, N. veitichii en un análisis filogenético con los datos obtenidos usando el gen rpl14 y los espacios intergénico (IGS) trnK y trnL, como marcadores moleculares. En estas mismas especies se realizaron cruzamientos dirigidos aplicando polinización artificial seguida del estudio de la germinación de los granos de polen sobre el estigma y el crecimiento de los tubos polínicos a lo largo de los pistilos. Esto último permitió establecer la relación Estigma-Polen/Estilo- Tubo polínico (EPET) entre todas las especies consideradas. Con el fin de estudiar las barreras post fertilización tanto en los cruzamientos compatibles como en los incompatibles, se estudió del desarrollo del endosperma y del embrión. Finalmente se caracterizaron los híbridos interespecíficos. Resultados claves y Conclusiones: El análisis filogenético reveló la formación de tres subclados N. veitichii-N. aristata, N. linariaefolia-N. micrantha y N. scoparia-N. ericoides La distancia filogenética entre las especies que integran cada uno de ellos, fue corroborada por el análisis de compatibilidad interespecífica, y por los resultados de los estudios de endospermogénesis y embriogénesis. La combinación entre N. ericoides y N. scoparia resultó compatible, presentándose como óptima para la obtención de híbridos interespecíficos. En este género, el análisis filogenético utilizando los genes el gen rpl14 y los espacios intergénico (IGS) trnK y trnL constituye una herramienta del mejoramiento que permite predecir la compatibilidad interespecífica y consecuentemente obtener híbridos estables.

Abstract:
Backgrounds and aims: This study is part of the Genetic Improvement Program for the genus Nierembergia that commenced in 2002 in the Instituto de Floricultura of INTA. The general objectives that I proposed upon initiating it were: (i) determine interspecific compatibility between native species with ornamental value; and (ii) obtain interspecific hybrids as a source of variation in the improvement. Material and Methods: The first step was to establish the degree of proximity among eight species from the genus Nierembergi: N. aristata, N. browalloides, N. calycina, N. ericoides, N. micrantha, N. linariaefolia var. linariaefolia, N. scoparia, N. veitichii in a phylogenetic analysis with data obtained using the gen rpl14 and the intergenetic spacers (IGS) trnK and trnL, as molecular markers. In these species, directed crossings were carried out for both pollen germination (on the stigma) and pollen tube growth (along the pistils). The latter allowed for establishment of the relationship Stigma-Pollen/Style-Pollen tube (SPST) in all of the crossings. Endosperm and embryo development were analyzed in order to study the post-fertilization barriers in both the compatible and incompatible crossings. Finally, the characteristics of the interspecific hybrids obtained were described. Key Results and Conclusion: Phylogenetic analysis revealed the formation of three subclads: N. veitichii-N. aristata, N. linariaefolia-N. micrantha and N. scoparia-N. ericoides. The conclusions reached concerning the phylogenetic distance between the species that integrate each one of these was coincided with that from both compatibility and embryological studies. The combination between N. ericoides and N. scoparia was compatible, allowing production of interspecific hybrids. In this genus, phylogenetic analysis using the gene rpl14 and the intergenetic spacers (IGS) trnK y trnL constitutes a tool for genetic improvement that permits the prediction of interspecific compatibility and, consequently, obtainment of stable hybrids.

Sinistro, Rodrigo. "Estructura de las comunidades planctónicas y análisis de sus interacciones tróficas en un humedal de la cuenca del Paraná Inferior (Reserva de Otamendi, Buenos Aires, Argentina)Structure of the planktonic communities and analysis of their trophic interactions in a wetland from the basin of the lower Paraná (Natural Reserve Otamendi, Buenos Aires, Argentine)" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
El estudio se centra en el análisis de las comunidades planctónicas y sus interacciones tróficas en un humedal de la cuenca del Paraná Inferior (Reserva Natural de Otamendi). Se analizó la variación de las variables ambientales y las comunidades algales en una transecta transversal, desde meandros abandonados hacia la laguna principal, resultando la cobertura de plantas flotantes uno de los factores principales en la regulación de la estructura de las comunidades planctónicas. Mediante experimentos en microcosmos se simuló el efecto de la atenuación de la luz debido a plantas flotantes sobre la estructura de las comunidades planctónicas microbianas, observándose cambios en la relación autótrofos /heterótrofos + mixótrofos de acuerdo a la penetración de la luz. Experimentos con bacterias marcadas (FLB), revelaron la presencia de especies fitoplanctónicas mixotróficas. Experimentos en mesocosmos permitieron evaluar el impacto de la predación del zooplancton sobre el fitoplancton, analizándose su efecto sobre abundancia, estructura de tamaños y la composición de especies. Se evaluaron también las respuestas en cascada a nivel de las cadenas microbianas (nanoflagelados heterotróficos, ciliados y picoplancton). Se estudió simultáneamente el efecto de los nutrientes (bottom-up) y el de predación (top-down) sobre las comunidades planctónicas. En lo que respecta al efecto top-down, se analizó el impacto de la predación de peces planctívoros sobre el zooplancton, y el sucesivo efecto en cascada sobre el fitoplancton. Por otro lado se evaluó el efecto del aporte de nutrientes por parte de los sedimentos naturales de la laguna

Abstract:
The study focuses in the analysis of the planktonic communities and their trophic interactions in a wetland from the Low Paraná (Otamendi Natural Reserve). The variation in the environmental parameters and in the algal communities were analyzed along a transversal transect, from relict oxbow lakes to the main lake. The free-floating plants cover was one of the driving forces in the regulation of the structure of planktonic communities. Using microcosms experiments, the light attenuation effect posed by the free- floating plants on the structure of the microbial planktonic communities was simulated. Changes in the relationship autotrophs/heterotrophs + mixotrophs were observed depending on light penetration. Experiments with fluorescent- labeled bacteria (FLB), revealed the presence of mixotrophic phytoplankton species. Experiments at mesocosm scale allowed to assess the zooplankton predation impact on phytoplankton, analyzing their effect in the abundance, size fraction structure and species composition. The cascading responses of the microbial chains were also assessed (heterotrophic nanoflagellates, ciliates and picoplankton) The effect of nutrients (bottom up) and predation (top down) on the phytoplankton communities, were simultaneously assessed. Regarding the top down effect, the impact of planktivorous fish predation over zooplankton was analyzed, as well as the consecutive cascading effect on phytoplankton. On the other hand, the effect of nutrient input by natural lake sediments, was assessed.

Schapachnik, Fernando. "Verificación de autómatas temporizados en arquitecturas monoprocesador y multiprocesador" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
Los sistemas de tiempo real están presentes en dispositivos embebidos, teléfonos celulares, controladores de vuelo, etc. Su complejidad es cada vez mayor, y cada vez cumplen funciones más críticas, donde las consecuencias de sus fallas son cada vez más graves. Por estos motivos tiene sentido realizar un análisis riguroso sobre ellos, que permita asegurar que sus diseños cumplen ciertas propiedades deseables. A este tipo de análisis se le suele llamar verificación automática o model checking. Un formalismo muy difundido para realizar esta tarea es el de los autómatas temporizados, una extensión de la teoría clásica de autómatas que permite trabajar con tiempo denso. Si bien las técnicas basadas en este tipo de autómatas se conocen desde hace un par de décadas, sufren aún de problemas de escalabilidad, lo que dificulta una utilización mayor en casos reales. Esta tesis analiza diversos mecanismos para acelerar la verificación de autómatas temporizados, tanto en el (clásico) ambiente monoprocesador, como así también en arquitecturas distribuidas. Durante el transcurso de la misma se construyó el model checker Zeus, que se utiliza para la experimentación. Luego de presentar la motivación e introducción al tema, se presentan los conceptos básicos del formalismo y las estructuras de datos más utilizadas en este tipo de herramientas. Se destacan los dos algoritmos tradicionales de verificación, forward y backwards. A continuación, se explora la paralelización del algoritmo backwards: se presenta una prueba de corrección de una versión distribuida y asincrónica del mismo, se la implementa, y se experimenta también con una versión sincrónica y con otra que reparte la carga de trabajo sobre los procesadores de manera dinámica. Se analizan los resultados obtenidos y se argumenta que son cercanos a óptimos utilizando la unidad de distribución de trabajo actual: la asignación de nodos del autómata a procesadores. Luego se aborda la paralización del algoritmo forward junto con una estrategia para la redistribución dinámica de trabajo entre los procesadores. Después de demostrar su corrección, se analizan varios casos de estudio sobre distintas configuraciones, obteniéndose resultados positivos pero no óptimos, y comprobándose que aún queda mucho por investigar con respecto a la distribución de este algoritmo, y planteándose varias posibles líneas de investigación. En el capítulo siguiente se compara el presente trabajo con otros del área, y se argumenta que ciertos resultados positivos obtenidos por otros investigadores tienen como causa no la paralización en sí sino ciertos efectos colaterales de la misma, que tal vez podrían reproducirse en un monoprocesador. A continuación se presenta trabajo realizado en pos de obtener una nueva estructura de datos. En ese marco, se introducen los rCDDs (restricted Clock Difference Diagrams) junto con casos de estudio en los que estos mejoran los tiempos de ejecución hasta en un treinta por ciento. El siguiente capitulo explora dos optimizaciones también validas para el caso monoprocesador. La primera consiste en computar rangos posibles para los valores de las estructuras de datos y de esa manera reacomodarlas para detectar antes ciertas condiciones de corte de operaciones utilizadas con mucha frecuencia. Los resultados muestran mejoras de hasta un diecisiete por ciento en los tiempos de ejecución. La segunda consiste en computar una aproximación al hipervolumen de los poliedros representados por las estructuras de datos, de manera tal de evitar O(n2) comparaciones al costo de O(1). Esta técnica logra una reducción de tiempo de hasta casi un veinte por ciento. El anteúltimo capítulo presenta VInTiMe, una herramienta gráfica que permite describir diseños de tiempo real, especificar sus propiedades de manera amigable, y verificarlas utilizando el model checker distribuido Zeus, de manera sencilla. Constituye un esfuerzo por acercar los métodos formales al usuario no tan experimentado. Finalmente, se exponen las conclusiones del trabajo, donde se argumenta la dificultad de decidir de antemano qué optimizaciones y/o parámetros serán más convenientes para un caso de estudio dado, y se proponen ideas alternativas para atacar el problema.

Abstract:
Real-time systems are present today in embedded devices, cellphones, flight controllers, etc. Their complexity is ever increasing, as well as the criticality of their functions. Consequences of failure are each day more dangerous. This is why performing a rigorous analysis over them makes sense, allowing to assert that their design complies with some desirable properties. This type of analysis is usually called automated verification or model checking. A well-known formalism for model checking is timed automata, an extension of the classical automata theory allowing to model dense time. Although timed automata-based techniques are known since a couple of decades ago, they still suffer from scalability issues, jeopardizing a broader adoption in real cases. This thesis analyzes diverse mechanisms to speedup timed automata verification, both in the (classical) monoprocessor environment, as well as in distributed architectures. While working on it, the model checker Zeus was built as a base for experimentation. After motivating and introducing the subject matter, foundational concepts of the formalism are presented, as well as the data structures more used by the tools. Special attention is payed to the two traditional verification algorithms, forward and backwards. Next, the parallelization of the backwards algorithm is explored: a correctness proof of a distributed and asynchronous version is presented. It is implemented, and experimentation is also done with a synchronous version and another one that dynamically balances workload among processors. Obtained results are analyzed and it is argued that they are close to optimal, as long as the same unit of distribution is used: assigning each automata node to only one processor. After that, a distributed version of the forward algorithm is analyzed, along with a dynamic workload migration strategy. Its correctness is proved, and various case studies over different configuration settings are tried. Positive results are achieved, yet not optimal, corroborating that there is still much research to perform regarding this algorithm. Also, various possible future continuation lines are presented. Next chapter compares against other work in the literature, and argues than certain positive results achieved by other researchers might be caused not by the distribution per se, but actually as a byproduct of it, and that the same effects might be reproducible in a monoprocessor setting. Work towards a new data structure is next, introducing rCDDs (short for restricted Clock Difference Diagrams). Along with their details and algorithms, case studies showing up to a thirty percent of improvement in running times are presented. After that, two optimizations also valid for the monoprocessor setting are introduced. The first one computes ranges of possible values for the data structures, trying to accommodate them in such a way that certain finishing conditions for the most used operation are met earlier. Results show improvements of up to a seventeen percent in running times. The second one is about computing an approximation to the hypervolume of the polyhedra represented by the data structures, thus avoiding O(n2) comparisons at the price of O(1). This technique allows to reduce running times by up to almost twenty percent. The penultimate chapter presents VInTiMe, a graphical tool that allows to describe real-time system designs, specify their properties in a friendly way, and verify them using the distributed model checker Zeus, in a simple manner. This is an efford to put formal methods closer to the practitioner. Lastly, conclusions are presented, arguing the difficulty of deciding beforehand which optimizations and parameters would be better for a particular case study, and proposing alternative ideas to palliate such an issue.

Sacca, Paula Alejandra. "Eventos moleculares en el cáncer de próstata" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
La HO-1 es una enzima que ejerce funciones citoprotectoras previniendo el daño oxidativo. Dado que existen reportes controvertidos sobre su función en cáncer, en esta tesis se estudió el rol de HO-1 en cáncer de próstata (PCa), planteándonos la hipótesis de que su inducción en células neoplásicas podría contrarrestar el daño peroxidativo. Evaluamos la expresión y localización celular de HO-1 en tumores primarios y en líneas celulares de PCa (sensibles e insensibles a andrógenos) luego de inducir daño oxidativo y/o exposición a un inductor de esta proteína. Estudiamos proteínas regulatorias del ciclo celular y de la apoptosis. Nuestros resultados muestran que en PCa la marcación nuclear de HO-1 está asociada a la carcinogénesis y a la progresión tumoral. Las líneas celulares mostraron diferente expresión basal de HO-1, probablemente relacionado con el nivel de estrés oxidativo endógeno. La exposición a hemina indujo sobre-expresión y translocación de HO-1 al núcleo en ambas líneas celulares. El estrés oxidativo inducido y/o el tratamiento con hemina moduló diferencialmente el control del ciclo celular, la apoptosis y la distribución en las distintas fases en ambos casos. Demostramos por primera vez que la expresión y localización nuclear de HO-1 puede definir un nuevo subgrupo de pacientes con PCa y que la modulación de estos parámetros puede representar una nueva estrategia terapéutica.

Abstract:
Heme oxygenase-1 (HO-1) is a cytoprotective enzyme that prevents oxidative damage. This protein has been detected in several cancer cell lines and tumors, but its role is still controversial and yet to be defined. This dissertation aimed to study its role in prostate cancer (PCa) hypothesizing that its induction in neoplastic cells could counteract the oxidative damage. We assessed the expression and cellular localization of HO-1 in primary tumors of PCa and in androgen-sensitive and androgen-independent cell lines after oxidative stress and/or exposure to a specific HO-1 inductor. Moreover, we studied cell cycle and apoptosis related proteins. Our results showed that nuclear HO-1 staining is associated with carcinogenesis and tumor progression in PCa. Cell lines had different basal levels of HO-1, probably related to the endogenous oxidative stress level. Hemin, a potent inducer of HO-1, up-regulated and translocated it into the nucleus in both cells lines. Oxidative stress and/or hemin exposure differentially modulated the cell cycle, apoptosis and the distribution in the different phases for both cell lines. Furthermore, we have demonstrated for the first time that HO-1 expression and nuclear localization can define a new subgroup of PCa primary tumors and that the modulation of HO-1 expression and its nuclear translocation can represent a new therapeutic avenue.

Rodríguez, Daniela A.. "Estimación robusta en modelos parcialmente lineales generalizados" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
En esta tesis, introducimos una nueva clase de estimadores robustos para las componentes paramétricas y noparamétricas bajo dos modelos parcialmente lineales generalizados. En el primero, las observaciones independientes (yi, xi, ti), 1 = i = n satisfacen yi| (xi, ti) ~ F (·, µi) con µi = H (n(ti) + xti ß), para una función de distribución F y una función de vínculo H conocidas, donde ti e IR, xi e IR^p. La función n : IR --IR y el parámetro ß son las cantidades a estimar. Los estimadores robustos se basan en un procedimiento en dos pasos en el que valores grandes de la deviance o de los residuos de Pearson se controlan a través de una función de escores acotada. Los estimadores robustos de ß resultan ser n^1/2-consistentes y asintóticamente normales. El comportamiento de estos estimadores se compara con el de los estimadores clásicamente usados, a través de un estudio de Monte Carlo. Por otra parte, la función de influencia empírica permite estudiar la sensibilidad de los estimadores. El modelo generalizado parcialmente lineal de índice simple, generaliza el anterior pues las observaciones independientes son tales que yi| (xi, ti) ~ F (·, µi) con µi = H (n(a tti) + xtiß), donde ahora ti e IR^q, xi e IR^p y la función ß : IR -- IR y los parámetros ß y a (|| a|| =1) son desconocidos y se desean estimar. Introducimos dos familias de estimadores robustos que resultan ser consistentes y asintóticamente normales. Calculamos también su función de influencia empírica. Todas las propuestas dadas mejoran el comportamiento de los estimadores clásicos en presencia de observaciones atípicas.

Abstract:
In this thesis, we introduce a new class of robust estimates for the parametric and nonparametric components under two generalized partially linear model. In the first one, the data (yi, xi, ti), (yi, xi, ti), 1 = i = n, are modeled by yi| (xi, ti) ~ F (·, µi) con µi = H (n(ti) + xti ß), for some known distribution function F and link function H, where ti e IR, xi e IR^p. The function n : IR--IR and the parameter ß are unknown and to be estimated. The robust estimators are based on a two step procedure, where large values of the deviance or Pearson residuals are bounded through a score function. It is shown that the estimates of ß are root-n consistent and asymptotically normal. Through a Monte Carlo study, we compare the performance of these estimators with that of the classical ones. Besides, through their empirical influence function we study the sensitivity of the estimators. The generalized partially linear single index model generalizes the previous one since the independent observations are such that yi| (xi, ti) ~ F (·, µi) con µi = H (n(a tti) + xtiß), where now ti e IR^q, xi e IR^p and ß : IR -- IR, ß y a (|| a|| =1) are the unknown parameters to be estimated. Two families of robust estimators are introduced which turn out to be consistent and asymptotically normally distributed. Their empirical influence function is also computed. The robust proposals improve the behavior of the classical ones when outliers are present.

Pirk, Gabriela Inés. "Granivoría por hormigas del género Pogonomyrmex en el Monte Central: consumo de semillas e impacto sobre el banco de suelo" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
Se estudió la ecología trófica de Pogonomyrmex rastratus, P. pronotalis y P. inermis para establecer el papel que cumplen como consumidoras de semillas en el Monte central. Las semillas de gramíneas predominaron en la dieta de estas especies. La abundancia de semillas de gramíneas en el ambiente influyó en la dieta: las tres especies acarrearon una mayor proporción de estructuras vegetales e invertebrados, P. rastratus y P. pronotalis consumieron otro tipo de semillas y P. inermis presentó una menor actividad, cuando estas semillas eran escasas. Las semillas de gramíneas fueron también altamente preferidas en experimentos de oferta, siendo la dieta un reflejo de las preferencias. El tamaño de las semillas mostró ser un factor importante en la determinación de las preferencias y de la dieta. La actividad forrajera de P. rastratus y P. inermis disminuyó la abundancia de las semillas más consumidas en las cercanías de los nidos, al menos desde el verano hasta comienzos del otoño. El efecto de la abundancia de semillas sobre el consumo de las hormigas (“desde abajo”) parece prevalecer sobre el efecto del consumo de las hormigas sobre la abundancia de semillas (“desde arriba”) en primavera, mientras que este último podría ser más importante durante el verano y hasta comienzos del otoño. Este estudio muestra que las especies del género Pogonomyrmex son importantes consumidoras de semillas en el Monte central.

Abstract:
The trophic ecology of Pogonomyrmex rastratus, P. pronotalis and P. inermis was studied in order to determine the role they play as seed consumers in the central Monte desert. Grass seeds prevailed in their diet. Grass seed abundance in the environment influenced diet patterns: the three species carried a greater proportion of vegetative plant structures and invertebrates, P. rastratus and P. pronotalis consumed other types of seeds and the activity of P. inermis was lower when grass seed abundance was low. Grass seeds were also highly preferred in seed offer experiments showing that the diet of these species reflects their preferences. Seed size proved important in determining preference and diet patterns. Seed harvesting by P. rastratus and P. inermis affected seed abundance of the most consumed species close to the nest, at least from summer to the beginning of autumn. The effect of seed abundance on ant foraging behaviour ("bottom-up") was more important in spring, whereas the effect of ant consumption on seed abundance ("top-down") prevailed during the summer and the beginning of autumn. This study shows that Pogonomyrmex species are important seed consumers in the central Monte desert.

Pineda Rojas, Andrea L.. "Transferencia al Río de la Plata de compuestos nitrogenados atmosféricos procedentes del área metropolitana de Buenos Aires" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
Los contaminantes emitidos a la atmósfera pueden llegar a superficies libres de agua mediante los procesos de depósito seco y húmedo, como parte de los procesos de interacción atmósfera-superficie de agua. De esta forma, la atmósfera es uno de los medios desde el cual, algunas sustancias contaminantes pueden alcanzar el medio acuático (ríos, lagos, estuarios) y afectar la calidad del agua de este sistema. Entre las sustancias que presentan mayor potencial para causar daños en el medio acuático, se encuentran los compuestos de nitrógeno. Gran parte de los compuestos nitrogenados presentes en la atmósfera proviene de la actividad humana que se desarrolla en centros urbanos próximos a las zonas costeras. El Área Metropolitana de Buenos Aires (AMBA) se encuentra entre los diez mayores conglomerados urbanos del mundo y es la tercera mega-ciudad de América Latina. Debido a su ubicación geográfica, cantidades significativas de óxidos de nitrógeno (NOx) provenientes del gran número de fuentes existentes en la zona urbana pueden ser transportados y transferidos hacia las aguas del Río de la Plata. Anualmente, el viento transporta los contaminantes desde la ciudad hacia el río durante el ~40% del tiempo. En este trabajo se presenta la primera evaluación de la transferencia de nitrógeno (N) atmosférico proveniente de fuentes de emisión de NOx en el AMBA, a las aguas costeras del Río de la Plata. Se consideran las emisiones provenientes de las fuentes areales (vehículos, actividades residencial, comercial y de pequeñas industrias, y operaciones de los aviones en los principales aeropuertos) y de fuentes puntuales (chimeneas). Se evalúan los depósitos seco y húmedo de compuestos nitrogenados atmosféricos mediante el desarrollo y la aplicación de modelos de dispersión atmosférica, y se analizan los principales factores que controlan estos procesos en la capa límite atmosférica. Se desarrolló el modelo de dispersión-reacción-depósito DAUMOD-RD para evaluar las concentraciones en aire de compuestos de N secundarios y el depósito total (seco y húmedo) de estas especies sobre una superficie de agua, cuando las emisiones de NOx provienen de un gran número de fuentes areales, como por ejemplo, una ciudad costera. El modelo DAUMOD-RD incluye: (i) un módulo para evaluar las concentraciones en aire de dióxido de nitrógeno (NO2), ácido nítrico (HNO3) gaseoso y nitrato (NO3-) aerosol que se generan a partir de las emisiones de NOx, (ii) un módulo para estimar el flujo de depósito húmedo, y (iii) un módulo para evaluar el flujo de depósito seco de estas especies sobre una superficie de agua. Las tasas de transformación química para la formación/remoción de estas especies son evaluadas en forma horaria en función de las condiciones atmosféricas. El depósito seco de los compuestos nitrogenados es parametrizado aplicando el método de las resistencias, en función de las condiciones atmosféricas, de las características de las especies (difusividad en aire, solubilidad y reactividad en agua, y velocidad de sedimentación de las partículas de aerosol) y de la rugosidad de la superficie. El flujo de depósito húmedo es calculado aplicando coeficientes de limpieza dependientes de la intensidad de la precipitación y de la especie contaminante. Asimismo, para estimar el aporte de las emisiones provenientes de las principales fuentes puntuales localizadas en el AMBA, se aplicó el modelo de dispersión atmosférica CALPUFF, recomendado por la Agencia de Protección del Ambiente de los Estados Unidos (US. EPA). Las parametrizaciones de las reacciones químicas y de los procesos de depósito incluidas en el modelo desarrollado DAUMOD-RD y en el modelo CALPUFF, son similares. Ambos modelos fueron aplicados sobre una superficie de río de ~2339 km2 frente a la costa del Área Metropolitana de Buenos Aires, con una resolución espacial de 1km2, utilizando tres años (1999-2001) de información meteorológica horaria y datos de emisión de NOx en el AMBA. Para el periodo analizado, se obtuvo que el depósito anual medio de N total (=N-NO2 + N-HNO3 + N-NO3-) es 30 kg-N km-2 año-1. Los depósitos secos de N-NO2, N-HNO3 y N-NO3- contribuyen a este valor con el 44%, 22% y 20%, respectivamente; mientras que los depósitos húmedos de N-HNO3 y N-NO3-, representan el 3% y 11%, respectivamente. El relativamente bajo (14%) aporte del depósito húmedo resulta de la escasa (5.4%) ocurrencia de horas con precipitación en situaciones de viento hacia el río. Mensualmente, el depósito de N total varía entre 2-3 kg-N km-2 mes-1. Los aportes relativos de las distintas especies de N varían estacionalmente. Durante los meses de invierno, la mayor contribución está dada por los depósitos de NO2 y NO3- aerosol, controlados principalmente por la frecuencia de vientos hacia el río. En el verano, la actividad fotoquímica y la estabilidad de la atmósfera dan lugar a una mayor contribución del depósito de HNO3 gaseoso. Los resultados muestran que el depósito húmedo mensual de N presenta una variación interanual significativa en función de la variación de la intensidad de la precipitación en horas con viento hacia el río. Se presentan las distribuciones horizontales del depósito de N en el área de río considerada. El flujo de depósito anual de N total presenta un marcado gradiente, con valores que se reducen a la mitad de los máximos flujos costeros (de hasta ~137 kg-N km-2 año-1) a ~5 km de la costa. El aporte relativo del depósito húmedo al depósito de N total varía entre el 9% en aguas costeras y el 23% a ~30 km de distancia de la costa. Los mayores valores de depósito de N total se presentan frente a la Ciudad de Buenos Aires y hacia el Norte, como consecuencia de la mayor frecuencia de vientos provenientes del sector SE-SW. Sin embargo, las zonas del río donde el depósito de N es mayor pueden ser distintas en diferentes meses del año de acuerdo con las rosas de vientos mensuales. Estas variaciones suelen ser significativas en las distribuciones horizontales del depósito húmedo. Los valores de depósito seco y húmedo de N estimados por los modelos han sido comparados con valores de depósito de N obtenidos para aguas costeras de distintas partes del mundo. Los máximos flujos de depósito seco mensual obtenidos para el depósito en el Río de la Plata varían entre 7-13 kg-N km-2 mes-1, siendo comparables a los obtenidos por otros autores. Sin embargo, los máximos flujos de depósito húmedo obtenidos (1-3 kg-N km-2 mes-1) son alrededor de un orden de magnitud menor que los valores reportados para otras zonas costeras del mundo. Este resultado se debe a la baja frecuencia de horas con viento hacia el río y ocurrencia de precipitación. Asimismo, se estimaron los aportes relativos de los distintos tipos de fuentes de emisión al depósito total de N atmosférico total. La contribución de las fuentes areales al depósito de N total varía espacialmente entre el 48-89%, siendo mayor en aguas cercanas a la costa. En toda el área considerada del Río de la Plata (2339 km2), el 73% del nitrógeno atmosférico depositado proviene de las emisiones de las fuentes areales.

Abstract:
Air pollutants emitted to the atmosphere may reach the water surface through dry and wet deposition processes, as part of the atmosphere-water surface interaction processes. In this way, the atmosphere is one of the pathways from which pollutants can reach the aquatic environment (rivers, lakes, estuaries) and affect the water quality of this system. Nitrogen compounds are found between the substances having the greatest potential to cause damage on the aquatic environment. Most of nitrogen compounds present in the atmosphere come from human activities developed at urban centers near coastal zones. The Metropolitan Area of Buenos Aires (MABA) is considered one of the ten greatest urban conglomerates in the world and the third mega-city in Latin America, following Mexico (Mexico) and Sao Paulo (Brazil). Due to its geographical location, significant amounts of nitrogen oxides (NOx) coming from the great number of sources existing in the urban zone can be transported and transferred to the waters of the de la Plata River. On the annual average, pollutants are transported from the city towards the river by the wind during ~40% of the time. In this work, the first evaluation of the transfer of atmospheric nitrogen (N), coming from NOx emission sources located at MABA, to coastal waters of de la Plata River is presented. Emissions coming from area sources (road transportation, residential, commercial and small industry activities, and aircrafts) and point sources (stacks) are considered. Dry and wet deposition of atmospheric nitrogen compounds are evaluated through the development and application of atmospheric dispersion models, and the main controlling factors of these processes within the atmospheric boundary layer are analyzed. The dispersion-reaction-deposition model DAUMOD-RD was developed in order to evaluate air concentrations of secondary nitrogen compounds and total (dry and wet) deposition of these species over a water surface, when NOx emissions come from a great number of area sources such as a coastal city. The DAUMOD-RD model includes: (i) a module to evaluate the air concentrations of nitrogen dioxide (NO2), gaseous nitric acid (HNO3) and nitrate (NO3-) aerosol, generated from NOx emissions, (ii) a module to estimate the wet deposition flux and (iii) a module to estimate the dry deposition flux of these species over a water surface. Chemical transformation rates for the formation/removal of these species are hourly evaluated as functions of atmospheric conditions. Dry deposition of nitrogen compounds is parameterisated applying the resistance method, as a function of atmospheric conditions, species properties (diffusivity in air, solubility and reactivity in water, and particle settling velocity of aerosol species) and surface roughness. Wet deposition flux is calculated applying scavenging coefficients depending on precipitation rate and pollutant species. To estimate the contribution of the emissions coming from the main point sources located at MABA, the atmospheric dispersion model CALPUFF, recommended by the United States Environmental Protection Agency (US. EPA), was applied. The parameterisations of chemical reactions and deposition processes included in the developed DAUMOD-RD model and in the CALPUFF model are similar. Both models were applied over a river surface of ~2339 km2 in front of the coast of the Metropolitan Area of Buenos Aires with a spatial resolution of 1 km2, using three years (1999-2001) of hourly meteorological information and NOx emission data in MABA. For the analyzed period, annual mean deposition of total N (=N-NO2 + N-HNO3 + N-NO3-) is 30 kg-N km-2 yr-1. Dry deposition contributions of N-NO2, N-HNO3 and N-NO3- to this value are 44%, 22% and 20%, respectively; while wet depositions of N-HNO3 and NNO3-, represent 3% and 11%, respectively. The relatively low (14%) contribution of wet deposition results from the low occurrence of hours with precipitation during situations of wind towards the river. Monthly total N deposition varies between 2-3 kg-N km-2month-1. The relative contributions of the different N species vary seasonally. During the winter months, the greatest contribution is given by the deposition of NO2 and NO3- aerosol, mainly controlled by the frequency of offshore winds. In summer, photochemical activity and atmospheric stability lead to a greater contribution of gaseous HNO3 deposition. Results show that monthly wet N deposition presents a significant interannual variation due to the variation of precipitation rate in hours with offshore winds. Horizontal distributions of N deposition over the considered river surface are presented. Annual total N deposition flux presents a marked gradient, with values decreasing to half of their maximum coastal fluxes (up to ~137 kg-N km-2 yr-1) at ~5 km from the coast. The wet deposition relative contribution to total N deposition varies between 9% on coastal waters and 23% at ~30 km from the coast. Greater total N deposition values occur in front of and towards the North of Buenos Aires City, as a consequence of a greater frequency of winds coming from the SE-SW sector. However, the zones of the river where N deposition is greater may be different in different months of the year, according to the monthly wind roses. These variations are more significant in wet deposition horizontal distributions. The dry and wet deposition values estimated by the models have been compared to N deposition values obtained for coastal waters of different parts of the world. Maximum monthly dry deposition fluxes obtained for the de la Plata River vary between 7-13 kg-N km-2month-1, being comparable to the values obtained by other authors. However, estimated maximum wet deposition fluxes (1-3 kg-N km-2month-1) are around one order of magnitude lower than values reported for other coastal zones of the world. This result is due to the low frequency of hours with wind towards the river and occurrence of precipitation Furthermore, the relative contributions of the different emission sources to total atmospheric N deposition were estimated. The contribution of area sources to total N deposition varies spatially between 48-89%, being greater on waters near the coast. The 73% of the atmospheric nitrogen deposited on the area of the de la Plata River (2339 km2) comes from the area source emissions.

Petrera, Erina. "Acción dual de meliacina, un compuesto aislado de Melia azedarach L., como agente antiherpético e inductor de citoquinas" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
Meliacina (MA), un limonoide presente en las hojas de la planta Melia azedarach L., es capaz de inhibir in vitro la replicación de un amplio espectro de virus y actuar también como un potencial inmunomodulador. En este trabajo de tesis se demuestra la efectividad de meliacina como antiviral contra el patógeno HSV-2, ya sea inhibiendo la replicación del virus en cultivos celulares o por su efecto terapéutico administrado en forma tópica en un modelo de infección genital en ratones. Se confirma, además, su actividad como inmunomodulador por su efecto sobre macrófagos peritoneales murinos cultivados in vitro. MA aumenta la producción de citoquinas, en especial el TNF-α, cuando es administrada sola o en combinación con distintos inductores y este aumento está relacionado con la activación del factor de transcripción NF-kB. Por otro lado, MA inhibe la replicación del virus HSV-2 en células Vero suministrada sola o en forma aditiva en combinación con IFN-α, IFN-γ o los dos juntos indicando que aumenta la acción de ambas citoquinas. Estos resultados en conjunto sugieren que MA puede ejercer distintos efectos dependiendo del tipo celular sobre el que actúa: como antiviral en células epiteliales y como modulador de la producción de citoquinas en los macrófagos. A estas acciones combinadas podría deberse el efecto terapéutico ejercido en el modelo in vivo.

Abstract:
Meliacine (MA), a limonoid present in leaf extracts of Melia azedarach L., exhibits a broad range of virus inhibition in vitro and is able to act as a potential immunomodulator. In this work we demonstrate meliacine effectiveness as antiviral against HSV-2, inhibiting virus replication in cell cultures or due to the therapeutic effect exerted on murine genital infection. The immunomodulator activity of meliacine was confirmed, studding its action on peritoneal macrophages in vitro cultured. MA enhances cytokine production, especially TNF-α, when is administered alone or in combination with different inductors. This increase is associated with transcription factor NF-kB activation. On the other hand, MA inhibits HSV-2 replication and enhances IFN-α and IFN-γ inhibition on epithelial cells. In addition, MA increases, in an additive way, the synergistic inhibition produced by IFN combination. These results suggest that meliacine improves interferon action. These results together suggest that meliacine is able to exert different effects depending on the cellular type which is acting on: as antiviral on epithelial cells and a cytokine modulator on macrophages. The therapeutic effect exhibited on in vivo infection could be due to these combined actions.

Marino, Mónica Beatriz. "Variabilidad de la precipitación en Argentina en diferentes escalas temporales, relacionada con actividad convectiva observada. Documentación de la metodología para el tratamiento de la información. Verificación del desempeño de un modelo regional de pronóstico de precipitación" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
En base a observaciones meteorológicas de superficie y altura se ha encarado en esta Tesis el estudio de la variabilidad de la precipitación en Argentina en diferentes escalas temporales, relacionada con actividad convectiva observada. Uno de los objetivos de esta Tesis fue documentar la metodología de control de consistencia de los datos meteorológicos. Para ello, se hizo una discusión de los datos disponibles, de la problemática de los errores encontrados y la forma en que se trató de minimizar su incidencia. La metodología empleada permitió mejorar la consistencia de los datos, temporal y espacialmente, el correcto cálculo de los parámetros y la verificación de los valores extremos. Se ha ensayado una climatología mensual y anual de situaciones sinópticas en la Argentina para el período 1998-2005. La coincidencia de resultados de esta climatología sinóptica con otros autores, en trabajos anteriores, permite consistir la base de datos de situaciones, a pesar de que la designación de situaciones sinópticas y tiempos significativos no se hizo con un método objetivo. Se analizó la variabilidad interanual de las tormentas desde los datos observados, en puntos distribuidos en la parte continental de Argentina. En todas las estaciones analizadas puntualmente, la variabilidad interanual del número de tormentas mostró una tendencia positiva, en el período 1968-2006, sin embargo durante los años 2004 a 2006 se observó una disminución de tormentas en todas ellas. Se analizaron los periodogramas correspondientes al análisis armónico del número de tormentas anuales. La poca varianza explicada permite decir que no hay procesos fundamentales que definan la variabilidad interanual del número de tormentas, sino que esta es la resultante de un conjunto de procesos físicos que le dan un carácter de aleatoridad a este comportamiento. Se estudiaron los índices de inestabilidad asociados a eventos extremos de precipitación para aquellos puntos con mediciones de radiosondeos. Existen pocos casos con umbrales extremos de los índices en situación de tormentas severas en el horario del radiosondeo, 12 UTC. No obstante cuando se dan estos valores hay una alta probabilidad de que se produzcan tormentas, conformando un indicio importante en el momento del pronóstico. Se realizó un estudio de la variabilidad interanual de las precipitaciones, en los parámetros cantidad, intensidad y número de días con precipitación, en diferentes zonas de la Argentina. Se estudió, además, la tendencia interanual de 10 índices de precipitación en la región centro y noreste de la Argentina, con énfasis en los eventos extremos, en el período 1959-2002. Los estadísticos estudiados en el área al este de 65° W y norte de 37° S de nuestro país mostraron cambios que son consistentes con clima más húmedo. Se estudió la intensidad de precipitación en 60 minutos para Buenos Aires. Estos estudios llevan a pensar que la atmósfera, en la última década, fue capaz de producir eventos aislados de una intensidad no observada con anterioridad. También se hizo un estudio de las preferencias horarias de la precipitación, para diferentes umbrales de cantidad diaria, en la ciudad de Buenos Aires. A medida que se aumentó el umbral la diferencia de frecuencia horaria se hizo más marcada y las mayores frecuencias se produjeron hacia la madrugada. Se observó que en invierno existen dos máximos que se hacen más notorios cuanto mayor es el umbral de precipitación. Análisis similares se hicieron para otras estaciones. En base a las salidas de un modelo regional ETA, de pronóstico de malla fina y de las observaciones de precipitación medida, se examinó la verificación del desempeño del modelo para la representación de la precipitación. Se estudió la verificación de la precipitación en pronósticos a 24, 48 y 72 horas, en 9 puntos de observación distribuidos en el territorio argentino. Se estudiaron las diferencias entre el valor dado por el modelo y la observación, así como el porcentaje de aciertos de casos con y sin precipitación. El modelo pronosticó mejor los días sin precipitación que con precipitación. Los errores reiterados, es decir que se mantuvieron durante 3 días, oscilaron entre el 8% y 24% de los casos analizados. Cuando se produjeron errores reiterados de sorpresas el rango de la precipitación se encontró en su mayoría entre 4 y 12 mm. Los aciertos del modelo, para las estaciones estudiadas, estuvieron por encima del 76% para 24 horas de pronóstico, por encima de 71% para 48 horas y mayores a 65% a 72 horas.

Abstract:
This Thesis studies the precipitation variability in Argentina, in different time scales, related with convective observed activity, based on surface and height meteorological observations. Among the objectives of this Thesis it has figured to document the consistence control methodology of the meteorological data. For this purpose, it was made a discussion of available data, the problem of errors and the way to minimize their incidence. The methodology used allowed to improve the data consistence, spatial and temporary, the correct calculation of the parameters and the verification of the extreme values. A monthly and annual Argentinean climatology of synoptic situations has been rehearsed, for period 1998-2005. The coincidence of results between this synoptic climatology and other authors, in previous works, allows consist the meteorological situations database, although the appointment of synoptic situations and significant weather were not made with an objective method. The inter-annual storm variability from observed data, distributed in continental Argentina points, was analyzed. All the stations showed a positive tendency in inter-annual variability of the storms number, in period 1968-2006, however during the years 2004 at 2006 a decrease of storms is observed in all of them. The periodograms corresponding to harmonic analysis of annual number of precipitations days were analyzed. The little explained variance allows say that there are not fundamental processes that define the inter-annual variability of storms number, but rather this is the resultant of a group of physical processes that give a random character to this behavior. The instability indexes associated to extreme precipitation events were studied for those points with radiosondes measures. Few cases exist for extreme thresholds indexes, corresponding to severe storms situations, at 12UTC, in time of radiosonde, nevertheless when they are given there is a high probability that storms take place, conforming an important indication at forecast moment. It was carried out a study of inter-annual precipitation parameters variability, quantity, intensity and number of days with precipitation, for different Argentinean zones. It was also studied the inter-annual tendency of 10 precipitation indexes in center and northeast region of Argentina, with emphasis in extreme events, in 1959-2002 period. The statistical studied in the area at east of 65° W and north of 37° S, show changes in precipitation indexes that are consistent with more humid climate. The precipitation intensity for 60 minutes in Buenos Aires was studied. These studies carry to think that the atmosphere, in last decade, is able to produce isolated events of an intensity not observed previously. A study of preferences of precipitation horary, for Buenos Aires city, for different precipitation thresholds of daily quantity, it was made too. As is increased the threshold, the difference of horary frequency becomes more notable and the biggest frequencies take place toward the dawn. In winter, are observed two maximum, they become more notorious when the precipitation threshold is greater. Similar analysis was done for other stations. On the other hand, based on a fine mesh regional forecast ETA model outputs, and measured precipitation, the verification of model acting was examined for precipitation representation. The precipitation verification was studied for 24, 48 and 72 hours of forecast, in 9 observation points, distributed in Argentinean territory. It was studied the difference between the model and the observations, as well as the percentage of successes for cases with and without precipitation. The forecast model was better the days without precipitation than those with precipitation. The days with reiterated errors, that is the error stayed during 3 days, oscillated between 8% and 24% of analyzed cases. When reiterated errors of surprises took place, the precipitation range was majority between 4 and 12 mm. The model successes, for the studied stations, were above 76% for 24 hours of forecast, above 71% for 48 hours and bigger to 65% for 72 hours.

López Pombo, Carlos Gustavo. "Fork algebras como herramienta de razonamiento entre especificaciones heterogéneas" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
Las lógicas han sido usadas como sistemas formales para especificar sistemas de software. Más aun, las especificaciones lógicas, por ser formales, contribuyen en la aplicación de métodos técnicas correctas de verificación. Diversos formalismos han sido desarrollados para lidiar con estos aspectos y muchos de ellos son eficientes en describir ciertas características de los sistemas de software. Por ejemplo, la lógica temporal, proposicional y de primer order, consigue describir la forma en la que los sistemas de software evolucionan en el tiempo. La lógica dinámica también permite la especificación de sistemas pero lo hace describiendo cómo los programas transforman el estado del sistema. Estos son sólo algunos ejemplos de cómo una lógica particular permite la especificación de determinados comportamientos de un sistema. La pregunta interesante acerca de este hecho es: Existe un lenguaje ideal para especificar el comportamiento de un sistema? A pesar de que no vamos a concentrarnos en responder esta pregunta, creemos que ese lenguaje debe tener una sintaxis clara y una semántica fácil de entender, con el propósito de facilitar la comprensión de especificaciones y la aplicación de métodos formales. Entre las propuestas que recopilamos, las instituciones se imponen como un formalismo para razonar entre lógicas, y una institución universal, que permita razonar entre las lógicas interesantes sería la respuesta a nuestra pregunta. En esta tesis mostraremos que una definición adecuada de la institución de las fork algebras es útil para razonar entre diversas lógicas proposicionales y de primer orden que aparecen frecuentemente en la especificación de software.

Abstract:
Logics have often been used as formal systems suitable for the specification of software artifacts. Moreover, logical specifications, being formal, might contribute towards the application of sound verification techniques. Several formalisms have been developed to cope with these aspects and most of them are effective in describing some particular characteristics of software systems. For example, propositional and first-order temporal logics succeed in describing the way software systems evolve along time. Dynamic logic also allows system specification but it does so by describing how programs transform the system state. These are only some examples of how a particular logic allows to specify a certain system behavior. The interesting question about this fact is: Is there an ideal language to specify the behavior of a system? Although we will not concentrate on answering this question, we believe such language must have a clear syntax and an easy to understand semantics with the purpose of facilitating the comprehension of specifications and the application of formal methods. Among the proposals we surveyed, institutions prevail as a formalism to reason across logics, and a sort of universal institution, allowing us to reason across all interesting logics would be the answer to our question. We will show in this thesis that an adequately defined institution of fork algebras is useful for reasoning across many propositional and first-order logics ubiquitous in software specification.

Logarzo, Guillermo A.. "Estudio del barrenador de tallos Apagomerella versicolor (Boh.) (Coleoptera: Cerambycidae) como candidato para el control biológico del abrojo grande, Xanthium strumarium L. en los EE.UU." (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
Con el objetivo de evaluar las potencialidades de Apagomerella versicolor (Boheman) (Coleoptera: Cerambicidae) como agente de control biológico de Xanthium strumarium L. (Asteraceae) en los Estados Unidos, se realizaron estudios de laboratorio y de campo sobre el ciclo de vida, la fenología, las plantas hospedadoras, la especificidad, y el daño producido a Xanthium cavanillesii. Además, se realizaron estudios de laboratorio sobre preferencia de oviposición, ADN mitocondrial y pruebas de éxito reproductivo para estudiar las variabilidad intraespecífica en la utilización de las plantas hospedadoras. El ataque de A. versicolor redujo la producción de frutos en X. cavanillesii, el componente sudamericano del complejo Xanthium, en un 66%, y mató a las plantas jóvenes. En Buenos Aires A. versicolor es univoltino y los adultos aparecen en el campo a principios de la primavera. En el laboratorio los adultos vivieron en promedio 18.5 días. Cada hembra puso un promedio de 38 huevos, un huevo en cada oviposición; la larva se alimentó barrenando el tallo en dirección a la raíz. A principios del otoño, la larva realizó un corte circular interno en el tallo a la altura de la corona cuando las plantas ya estaban maduras causando la caída de su parte aérea. El último estadio larval entra en una diapausa obligada y empupa en la raíz de las plantas muertas y ya secas en la primavera. En el laboratorio, las larvas invernantes sobrevivieron a exposiciones continuas de temperaturas de -8oC por 3 días y a la inmersión en agua por un período de 20 días. El cerambícido uso en el campo siete plantas hospedadoras pertenecientes a tres géneros de la familia Asteraceae: Xanthium, Ambrosia, y Pluchea. La variación geográfica en el uso de las plantas hospedadoras estuvo determinada genéticamente y estuvo asociada a por lo menos tres razas geográficas, indicando que A. versicolor puede estar en un proceso de expansión de plantas hospedadoras. El cerambícido evolucionó de ser bivoltino y monófago sobre Pluchea sagittalis en el norte, a ser oligófago y univoltino en poblaciones derivadas en el centro y sur de Argentina. Los cambios parecen haber sido desencadenados por presión selectiva de ciertos rasgos de las plantas hospedadoras como la fenología. Por último, a partir de características de A. versicolor, como los parámetros del ciclo de vida, la amplia distribución y tolerancia ecológica y de hábitat, sumado al daño que provoca a la planta objeto de control biológico, se estima que A. versicolor podría controlar a Xanthium strumarium. Sin embargo, dado que A. versicolor no es específico sobre el género Xanthium ni sobre la subtribu Ambrosinae, que lo contiene, y además es posible que esté en un proceso de formación de razas por plantas hospedadoras su uso como agente de control biológico es riesgoso ya que no están garantizados los requisitos mínimos de especificidad. Por lo tanto, no se recomienda su utilización como agente de control. Sin embargo, A. versicolor y su variación intraespecífica en la utilización de plantas hospedadoras constituye un interesante modelo de estudio de procesos evolutivos recientes.

Abstract:
Laboratory and field studies on Apagomerella versicolor (Boheman), life cycle, phenology, host use, host specificity and amount of damage on Xanthium spp. were carried out in Argentina to evaluate its potential as a biocontrol agent of Xanthium strumarium L. in the United States. Also, laboratory studies on oviposition preference, mDNA and mating choice were performed to study intraspecific variation in host use. Attack by A.versicolor reduced fruit production in X. cavanillesii, the South American component of Xanthium complex, by 66%, and killed young plants. In Buenos Aires, A. versicolor is univoltine and adults appear in the field in early spring. In the laboratory, the adults lived an average of 18.5 days. Each female laid an average of 38 eggs, one egg per oviposition; larvae fed boring their way toward the root. At the beginning of the fall, larvae girdled the stem of the mature plant near the crown, causing the dry aerial part of the plant to fall over. The last instar entered diapause and pupated within the roots in dead and dry plants until spring. All overwintering larvae survived continuous exposure to -8oC for 3 days, and immersion of larvae in tap water for 20 days did not affect their survival. The insect used in the field seven hosts in three genera, Xanthium, Ambrosia, and Pluchea belonging to the Asteraceae family. Host use had geneticallydetermined geographical variation resulting in at least three geographic races indicating that the insect may be in the process of host expansion. Apagomerella versicolor has evolved from being bivoltine and monophagous on Pluchea saggitalis in the north to being oligophagous and univoltine in derived populations in central and southern Argentina; and changes seem to have been triggered by selective pressure of host plants traits, i.e. phenology. Finally, characteristics of A. versicolor, like the life cycle parameters, the broad ecological tolerance and habitat distribution, and the damage provoked to attacked plants may result in an effective control of the target plant Xanthium strumarium in the field. However, the fact that A. versicolor is not specific on Xanthium spp. or the subtribe Ambrosinae and that may be in the process of host race formation indicates its use as a biocontrol agent may not be safe since host specificity is not guaranteed. Therefore its utilization in alien areas for biocontrol purposes is not recommended. Nevertheless, A. versicolor and its pattern of host utilization constitute an interesting case-study of a recent or on-going evolution process.

García Skabar, Yanina. "Análisis enriquecidos, evaluación de su impacto en el pronóstico y su aplicación para describir circulaciones de mesoescala en el centro y norte de Argentina" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
Durante la temporada cálida 2002-2003, se realizó el experimento de medición de la corriente en Chorro en Capas Bajas (SALLJEX), en el sudeste de Sudamérica. Dada la existencia de una base de datos única en la región, en primer lugar se genera un conjunto de análisis enriquecidos para el período que abarca el SALLJEX con todos los datos disponibles asimilados, que cuenta con una mayor resolución espacial y temporal que los disponibles hasta el momento en la región. La evaluación de los análisis enriquecidos generados resulta satisfactoria, mostrando que los análisis están respetando en mayor medida las observaciones, que aquellos que no asimilan datos. Por otro lado, se evalúa el impacto en el pronóstico al utilizar los análisis generados como condición inicial. Si bien se observa un impacto positivo en la mayor parte de las variables a corto plazo al partir de un campo inicial enriquecido, la metodología de asimilación no logra potenciar la capacidad de pronóstico del modelo. Por último, se utilizan los análisis enriquecidos para describir el ciclo diario de la divergencia en la capa límite y los movimientos verticales en el tope de la misma para dos situaciones sinópticas en la región Centro-Norte de Argentina. En ambos casos se logró identificar el ciclo diario, mostrando convergencia y ascensos nocturnos y divergencias y descenso diurnos, pero no se observa una amplificación del ciclo en presencia de un forzante sinóptico intenso.

Abstract:
During the warm season 2002-2003, South America Low Level Jet Experiment (SALLJEX) was performed in Southeastern South America. The existence of a unique database in the region provides the opportunity of developing a new dataset of reanalyses. Enriched analyses for the period covered by SALLJEX with all available data assimilated was generated, with a higher spatial and temporal resolution than those available for the region. The evaluation of the enriched analyses generated was satisfactory, showing that these analyses are closer to observations than those without data assimilated. Also, the impact on the forecast of using the analyses generated as initial conditions was evaluated. Although there is a positive impact on most of the variables in the short term forecast when enriched analyses are used as initial fields, methodology of assimilation fails to enhance the forecasting capability of the model. Finally, enriched analyses were used to describe the daily cycle of the divergence in the planetary boundary layer (PBL) and the vertical motions at the top of PBL for two synoptic situations in central-northern Argentina. In both cases the daily cycle was identified, showing convergence and upward motions at night, and divergence and downward motions at daytime, but the amplification of the daily cycle in the presence of a synoptic forcing was not observed.

Garbervetsky, Diego. "Síntesis de especificaciones paramétricas de utilización de la memoria dinámica" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
En los últimos años se ha visto un gran interés en las comunidades de sistemas de tiempo real y embebidos en el uso de de lenguajes orientados a objetos tipo Java. Los motivos de este interés se deben en parte a que este tipo de tecnologías facilitan la encapsulación de abstracciones y la comunicación mediante interfaces bien de_nidas. Otro aspecto importante es la gran comunidad de desarrolladores y la cantidad de bibliotecas y herramientas de desarrollo disponible. Sin embargo, para poder adoptar lenguajes de este tipo en ambientes embebidos y de tiempo real hay que solucionar al menos dos grandes problemas: la impredictibilidad temporal dada por las interrupciones relacionadas con la colección de objetos (garbage collector) y poder analizar requerimientos de memoria de las aplicaciones. Ha habido un número importante de trabajos donde se intenta atacar el problema de impredictibilidad temporal de los administradores de memoria automáticos desde distintos enfoques tales como garbage collectors con ciertas garantías temporales o directamente utilizando modelos alternativos de administración de memoria. Sin embargo, no ha habido muchos avances con respecto al estudio cuantitativo de requisitos de memoria. En esta tesis abordamos el problema de predecir automáticamente certi_cados de utilización y requisitos de memoria. Para ellos presentamos primero una técnica que permite obtener expresiones paramétricas de las solicitudes de memoria dinámica sin considerar ningún mecanismo de colección de objetos. Luego proponemos un esquema alternativo de administración de memoria junto con una técnica que permite la transformación de código Java convencional en otro con la misma funcionalidad pero adaptado para la nueva política de manejo de la memoria. Bajo este nuevo esquema, proponemos una técnica que permite determinar de manera paramétrica la cantidad de memoria necesaria para correr el programa o parte de él. Todas estas técnicas fueron implementadas en un prototipo que nos permitió analizar automaticamente un conjunto interesante de aplicaciones siendo los resultados iniciales bastante promisorios.

Abstract:
Current trends in the embedded and real-time software industry are leading towards the use of object-oriented programming languages such as Java. From the software engineering perspective, one of the most attractive issues in objectoriented design is the encapsulation of abstractions into objects that communicate through clearly de_ned interfaces. However, in order to be able to successfully adopt languages with object oriented features like Java in embedded and real-time systems, is necessary to solve at least two problems: eliminate execution unpredictability due to garbage collection and automatically analyze memory requirements. There has been some work trying to deal with the _rst problem but the problem of computing memory requirements is still challenging. In this thesis we present our approach to tackle both problems by presenting solutions towards more predictable memory management and predicting memory requirements. The e_ort is mainly focused in the latter problem as we found it hard, less explored, strongly relevant for all kinds of embedded systems and its applicability and usefulness is beyond real-time applications. This thesis presents a series of techniques to automatically compute dynamic memory utilization certi_cates. We start by computing a technique that produces parametric speci_cations of memory allocations without consider any memory reclaiming mechanism. Then, we approximate object lifetime using escape analysis and synthesize a scoped-based memory organization where objects are organized in regions that can be collected as a whole. We propose a technique to automatically translate conventional Java code into code that safely adopts this memory management mechanism. Under this new setting we infer parametric speci_cations of the size of each memory regions. Finally, we predict the minimum amount of dynamic memory required to run a method (or program) in the context of scoped memory management by computing parametric speci_cations of the size of memory regions and by modeling the potential con_gurations of the regions in run time. We develop a prototype tool that implemented the complete chain of techniques and allow us to experimentally evaluate the e_ciency and accuracy of the method on several Java benchmarks. The results are very encouraging.

Feld, Mariana. "Rol de la vía de MAPKs en distintas fases de la memoria. Implicancias en la señalización intracelular de ß-amiloide" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
El objetivo de esta tesis fue en primer lugar, estudiar el rol de las proteína- quinasas activadas por mitógenos (MAPK) en distintas fases de la formación de la memoria en el paradigma de Memoria Contexto–Señal (MCS) del cangrejo Chasmagnathus. En segundo lugar, una vez establecida la participación de estas quinasas en dicho modelo, evaluar su rol en la interferencia sobre la memoria ejercida por péptidos β-amiloide de origen humano en este paradigma de memoria en invertebrados. Se observó activación de ERK 1 h luego de un entrenamiento espaciado (que induce formación de una memoria de largo término ) en fracciones citosólicas pero no nucleares. Dos entrenamientos control (que no inducen MLT) evidenciaron activación de ERK y JNK citosólicas inmediatamente luego del entrenamiento, decayendo 1 h después. En concordancia, un inhibidor de la vía de ERK1/2 (PD098059) indujo amnesia durante la evaluación de la MLT, solo cuando fue administrado 45 min después del entrenamiento, y no inmediatamente pre- o post-entrenamiento, o cuando se evaluó la memoria de corto término (MCT). Dosis muy bajas de fibrillas de Aβ naturalmente secretadas (FN) impidieron la retención de la memoria solo cuando fueron administradas peri-entrenamiento, e indujeron activación generalizada de ERK/MAPK 1 h luego de su administración. La inyección de péptidos sintéticos de βA1-42 y βA3-42 fibrilados (pero no oligomerizados) resultó amnésica. Sin embargo, no se observó este efecto por administración de βA1-40 o βA11-42 fibrilados. En conclusión, la consolidación de la MLT, a diferencia de su reconsolidación o de la MCT, requiere la fosforilación diferencial de sustratos extra-nucleares de ERK en este modelo. Aβ parece inducir alteraciones fisiológicas y transitorias en el cerebro, más que permanentes y neuropatológicas, dada la especificidad temporal y de vías de señalización implicadas a partir de la administración de bajas dosis de fibrillas. Este efecto específico sobre la memoria está mediado, al menos en parte, por la activación generalizada de ERK que interferiría con la consolidación de la memoria.

Abstract:
This thesis was aimed firstly at studying the role of mitogen-activated protein kinase (MAPK) in different phases of memory formation in the Context–Signal Memory (CSM) paradigm of the crab Chasmagnathus. Secondly, having established the kinase ́s participation in this model, another objective was to evaluate their role in human β-amyloid-induced memory interference in this invertebrate memory paradigm. ERK activation was disclosed 1 h after spaced training (which induces long-term memory formation) in cytosolic but not nuclear fractions. Two control trainings (which do not induce long-term memory formation) showed cytosolic activation ERK and JNK immediately after training, decaying 1 h later. Accordingly, an ERK1/2 pathway inhibitor (PD098059) induced amnesia during LTM testing, only when administered 45 min after training, but not immediately pre- or post-training, or when short-term memory (STM) was assessed. Very low doses of naturally secreted Aβ fibrils (NF) impaired memory retention in the crab only when administered peri-training, and induced generalized ERK/MAPK specific activation 1 h after administration. Synthetic fibrillated but not oligomerized Aβ1-42 and Aβ3-42 administration induced amnesia. However, no amnestic effect was found after fibrillated Aβ1-40 and Aβ11-42 peptides administration. In conclusion, extra-nuclear ERK substrates must be differentially phosphorylated during memory formation, and this function is necessary for LTM consolidation, but not for reconsolidation or STM, in this model. Transient physiological, rather than permanent neuropathological, alterations of the brain seem to be induced by Aβ, given the temporally- and signaling-specific effects of low doses of fibrils administered. This specific effect on memory involves, at least in part, generalized ERK activation, which would impair memory consolidation.

Faigón Soverna, Ana. "Bases genéticas y moleculares de la interacción entre las respuestas fotomorfogénicas y las de defensa frente a patógenos" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
La luz es uno de los principales factores ambientales que regulan el crecimiento y desarrollo de las plantas. A lo largo de su ciclo de vida, desde la germinación hasta la floración, las plantas monitorean la intensidad, la longitud de onda, la dirección y la duración de la luz y utilizan la información del ambiente lumínico para optimizar su desarrollo. La percepción de las señales lumínicas está mediada por fotorreceptores específicos como los fitocromos, del rojo al rojo lejano. En Arabidopsis thaliana, existen 5 fitocromos diferentes (PHYA, PHYB, PHYC, PHYD y PHYE). La percepción de los cambios en el ambiente lumínicos asociados a la presencia de plantas vecinas acelera el crecimiento de los tallos, la floración e induce la hiponastia. Conjuntamente estos cambios en el desarrollo se denominan síndrome de escape al sombreado y están mediados principalmente por el PHYB. Este trabajo aporta nuevos elementos para comprender los mecanismos implicados en la transducción de las señales lumínicas en plantas a través de la identificación de nuevos componentes involucrados en la vía de señalización del fitocromo B. En esta tesis se aisló y caracterizó al mutante csa1 (del inglés constitutive shade avoidance) por presentar el síndrome de escape al sombreado aún creciendo en condiciones no inductivas. csa1 posee una inserción de T-DNA en el segundo exón de un gen TIR-NBS-LRR (del inglés Toll/Interleukin1 receptor-nucleotide binding site-leucinerich repeat), generando así una proteína truncada que interfiere en la señalización de otras proteínas con dominios TIR. Hasta el momento las proteínas TIR-NBS-LRR habían sido implicadas únicamente en las respuestas de defensa en plantas; nuestros resultados indican que además estarían involucradas en la modulación de la vía de señalización del fitocromo B a través de la regulación de la expresión de PIF3. Además, detectamos que los niveles de expresión de los genes PIF3 y PIF4 (dos genes involucrados en las respuestas ftomorfogénicas) varían luego de la infección con Pseudomonas syringae. Finalmente, los resultados de estas tesis muestran que el mutante eds4 aislado originalmente por ser hipersensible a la infección con bacterias, está afectado en las vías de transducción de las señales lumínicas. En conjunto, los resultados de este trabajo constituyen el primer paso para comprender los mecanismos moleculares implicados en la interacción o cross-talk entre las vías de señalización que conducen a las respuestas foromorfogénicas y las que regulan las respuestas de resistencia frente al ataque de los patógenos.

Abstract:
Light is a critical factor for plant development. Plants monitor the intensity, quality, direction and duration of light and use the information to adapt and optimize their growth and development. Perception of light signal is mediated by specific photoreceptors such as phytochromes. Phytochromes are encoded by a family of five genes in Arabidopsis thaliana (PHYA, PHYB, PHYC, PHYD y PHYE). In plants, light signals generated by the presence of neighbors accelerate stem growth, flowering, and induce a more erect position of the leaves, a developmental strategy known as shade-avoidance syndrome. PHYB is the major contributor to shade avoidance responses. In this work we shed light on the mechanisms of light transduction, identifying new PHYB signaling components. We describe the constitutive shade-avoidance 1 mutant (csa1), which shows a shade- avoidance phenotype in the absence of shade. This mutant has a T-DNA inserted within the second exon of a Toll/Interleukin1 receptornucleotide binding site-leucine-rich repeat (TIR-NBS-LRR) gene, which leads to the production of a truncated protein that, in turn, interferes with TIR-proteins signaling. So far, TIR-NBS-LRR proteins had been only implicated in pathogen defense responses in plants. Our results show that they are also involved in PHYB signaling modulation, regulating PIF3 gene expression. In addition, we detected that PIF3 and PIF4 (two genes implicated in photomorphogenic responses) mRNA level changes after Pseudomonas syringae infection. Finally, we show that the eds4 mutant, which was originally isolated for displaying enhanced disease susceptibility to P. syringae, it is also defective in light signaling. Taken together, our findings constitutes a first step towards understanding the molecular mechanisms underlying the cross talk observed between photomorphogenic and defense responses.

Facciuto, Gabriela R.. "Auto-incompatibilidad de acción tardía e hibridación interespecífica en el género Tabebuia A.I. Gomes ex DC (Bignoniaceae): estudios relacionados con el desarrollo reproductivo" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
Objetivo: El objetivo general de esta tesis fue el estudio de los mecanismos de autoincompatibilidad y compatibilidad interespecífica en el género Tabebuia. Principales resultados y conclusiones: Se comprobó la existencia de un sistema de auto-incompatibilidad, que opera en las tres especies estudiadas: T. heptaphylla, T. alba y T. pulcherrima. El sistema de auto-compatibilidad pudo ser categorizado como de acción tardía al comprobarse que en los pistilos auto-polinizados, los tubos polínicos crecen hasta el ovario. En la auto-polinización de las tres especies, se comprobó que, aunque la doble fecundación es eficiente, la abscisión de los pistilos, que se produce entre los 4 y 6 DPP, pone en evidencia que los cruzamientos son auto-incompatibles. Durante este período, el endosperma alcanza el estado de 8-células y el cigoto permanece indiviso. La abscisión de los pistilos en un mismo estado de desarrollo del endosperma permitió confirmar que se trata de un sistema de auto-incompatibilidad y no de depresión por endogamia. Se detectó que la velocidad de crecimiento de los tubos polínicos fue mayor en la polinización cruzada con respecto a la auto-polinización. Por inducción de poliploidía se obtuvieron individuos tetraploides auto-compatibles y luego triploides estériles. Se obtuvieron híbridos a partir de los siguientes cruzamientos: T. pulcherrima x T. heptaphylla, T. heptaphylla x T. alba y T. pulcherrima x T. crysotricha. Se comprobó la existencia de incompatibilidad unilateral en el cruzamiento entre T. heptaphylla y T. alba. Se determinó que los mecanismos de incompatibilidad operan previo a la fecundación. En las diferentes combinaciones, se identificaron patrones diferentes de deposición de calosa en los tubos polínicos, lo que indica mecanismos diferentes de incompatibilidad. La propagación de clones selectos de T. heptaphylla por el método de injerto, mantuvo las características de los mismos.

Abstract:
Objective: the main objective of this thesis was the study of self-incompatibility and interspecific compatibility mechanisms in the genus Tabebuia. Main Results and Conclusions: The existence of self-incompatibility was proved in T. heptaphylla, T. alba y T. pulcherrima. The incompatibility system was categorized as late-acting self-incompatibility because the pollen tubes reach the ovary in selfpollinated pistils. While double fertilization was verified in self-pollinated pistils from the three species, pistils abscission, produced between 4 and 6 days post pollination, demonstrated incompatibility. During this period, the endosperm reached 8–cellular stage and the zygote remain undivided. Pistils abscission, always in the same endosperm developmental stage confirmed the existence of a self-incompatibility system, rather than inbreeding depression. Pollen tube growth was faster in cross pollination than in self pollination. Polyploidy induction permitted the acquisition of self-compatible tetraploids, and later sterile triploids. Interspecific hybrids were obtained from the following crossings: T. pulcherrima x T. heptaphylla, T. heptaphylla x T. alba and T. pulcherrima x T. crysotrycha. The occurrence of unilateral incompatibility was confirmed in T. alba x T. heptaphylla. Incompatibility mechanisms were proved to operate prior to fecundation. Different callose deposition patterns were identified in pollen tubes in the different cross combinations, indicating different incompatibility systems. Propagation of T. heptaphylla by grafting maintained selected clones' characteristics.

Dogliotti, Ana Inés. "Estimación de la biomasa fitoplanctónica mediante el sensoramiento remoto del color del mar y datos de campo en la plataforma continental patagónica" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
En este trabajo de tesis se utilizaron imágenes del color del mar para estimar la concentración de clorofila-a (Cla) como indicador de la biomasa fitoplanctónica para caracterizar regiones de importancia biológica en la plataforma continental patagónica (PCP). Se realizó un análisis exhaustivo de los principales pasos necesarios para el procesamiento de las imágenes del color del mar: la corrección atmosférica, la evaluación de la estimación satelital de la Cla, y el análisis de una serie de tiempo de mapas de Cla, como una posible aplicación. Se desarrolló por primera vez un algoritmo para corregir los efectos de la atmósfera de las imágenes de color obtenidas por el sensor MMRS a bordo del satélite argentino SAC-C. La performance teórica del algoritmo fue buena, aunque los valores de reflectancia marina obtenidos resultaron bajos en comparación con los correspondientes al sensor SeaWiFS. Las diferencias pueden estar relacionadas con el no cumplimiento de una de las suposiciones del modelo, errores en la calibración radiométrica de los sensores y ruido en los datos. Se evaluó por primera vez la precisión de tres algoritmos globales y dos regionales, aplicados a imágenes SeaWiFS y MODIS, con datos de campo obtenidos en la PCP durante campañas oceanográficas realizadas en verano y otoño entre los años 2001 y 2004. El algoritmo global OC4v4 fue el que mejor estimó la concentración medida in situ. En general se observó una sistemática sobreestimación a bajas concentraciones y una subestimación en altas concentraciones de Cla para todos los algoritmos evaluados. Un análisis regional mostró que, dependiendo de la región analizada en la PCP, puede existir una diferencia importante en la estimación satelital de la Cla. Se utilizó una serie de 6 años de imágenes SeaWiFS para caracterizar temporalmente la distribución de la Cla pudiéndose identificar cuatro zonas en la PCP. La evolución temporal del promedio espacial de la Cla sobre toda la plataforma mostró la importancia biológica (aumento de biomasa fitoplanctónica) de las zonas frontales, a pesar de su reducida extensión espacial.

Abstract:
In the present thesis ocean color images were used to estimate chlorophyll-a concentration (Chla), as a proxy to phytoplankton biomass, to characterize ecological regions within the Patagonian Continental Shelf (PCS). A comprehensive analysis of the main steps required to process ocean color images was performed, i.e. the atmospheric correction scheme, the evaluation of the satellite-derived Chla, and a temporal series analysis of Chla maps. An algorithm was developed to correct ocean color images from the MMRS sensor, onboard the argentine satellite SAC-C. The theoretical performance was good, but the marine reflectance values obtained after correcting MMRS data were low compared to the corresponding SeaWiFS reflectance. The discrepancies may be due to failure in one of the models assumptions, radiometric calibration errors, and to the large noise in the data. Uncertainties in the retrieval of satellite-derived surface Chla have been evaluated in the Patagonian Continental Shelf for the first time. Two global and two regional ocean color products, applied to SeaWiFS and MODIS imagery, have been compared to in situ Chla measurements collected on summer and autumn oceanographic cruises between 2001 and 2004. The OC4v4 standard global algorithm performed better than the other algorithms analyzed; a systematic error was found in the satellite-derived Chla showing a general overestimation at low Chla and an underestimation at high Chla. A regional analysis showed that there was a substantial difference in the performance of the SeaWiFS and MODIS algorithms regarding the location of the sampled sites. A 6- year time series of SeaWiFS Chla derived images were analyzed in order to characterize the temporal evolution of the Chla. The analyzed images permitted to identify a differential distribution pattern of pigment concentrations in four regions in the PCS. The temporal evolution of the spatial mean Chla values averaged over the PCS showed the biological importance (increased biomass) of the frontal zones, even though restricted to small regions.

Ceruti, Julieta María. "Proteínas INK4 en el mantenimiento de la integridad del genoma : participación de p19INK4d en los mecanismos de reparación del DNA en células neuronales" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
En neuronas, así como en otras células somáticas la progresión a través de la fase G1 del ciclo celular depende de la actividad de las enzimas CDK4 y CDK6, y luego, de CDK2. La familia INK4 incluye a cuatro polipéptidos, p16, p15, p18 y p19, los cuales se unen e inhiben específicamente CDK4/CDK6. A pesar de ser estructuralmente redundantes e igualmente potentes como inhibidores, cada uno se expresa diferencialmente durante el desarrollo en ratón. Además, distintos inhibidores han sido implicados en la inducción de la diferenciación terminal, la senescencia y la apoptosis. La gran diversidad en el patrón de expresión, sugirió que estos inhibidores podrían tener funciones específicas de tipo celular o de tejido. En el sistema nervioso central p19 es una de las INK4 mayoritaria. Es expresada tempranamente durante el desarrollo en el cerebro y allí su expresión es mantenida en la adultez. Aparte de sus roles fisiológicos, las proteínas INK4 se encuentran comúnmente perdidas o inactivadas por mutaciones en diversos tipos de cáncer. En este estudio, investigamos el rol de p19 en la respuesta celular frente al daño del DNA con distintos agentes genotóxicos en células de neuroblastoma humano SHSY5Y y otros tipos celulares. Al contrario de las otras INK4, solamente la expresión de p19 es periódica a lo largo del ciclo. En este trabajo demostramos que p19 es la única INK4 cuya expresión es inducida por UV en células de neuroblastoma, que esta inducción se da a nivel transcripcional y que requiere parcialmente la síntesis de proteínas. Además, observamos la translocación de p19 desde el citoplasma al núcleo luego de la irradiación con UV. La sobrexpresión de p19 claramente reduce la apoptosis inducida por el daño y mejora la eficiencia de la reparación del DNA. Experimentos llevados a cabo con mutantes de CDK4, con mimosina o en células Saos-2, sugieren que estos efectos de p19 serían independientes de su rol como controlador del ciclo. Además, con ensayos clonogénicos y de supervivencia celular, observamos que p19 influencia la sensibilidad celular a largo plazo y confiere resistencia al estrés genotóxico. Estos resultados descubren una nueva función de p19 como regulador del nivel de apoptosis inducida por daño en el DNA, sugiriendo que p19 protegería a las células de morir por apoptosis mediante el aumento en la eficiencia de reparación del DNA. Postulamos que p19 pertenecería a una red proteica integrando la reparación del DNA, la apoptosis y los checkpoints del ciclo celular para mantener la integridad genómica.

Abstract:
In neurons, as in other somatic cells, progression through the G1 phase of the cell cycle depends upon the activities of CDK4/6, and later, upon the activity of CDK2. The INK4 family includes four polypeptides, p15, p16, p18 and p19 that specifically bind to and inhibit CDK4/6. Although they are structurally redundant and equally potent as inhibitors, members of the INK4 family are differentially expressed during mouse development. Moreover, different inhibitors have been implicated in regulating terminal differentiation, senescence or apoptosis. The striking diversity in the pattern of expression, suggests that this family of cell cycle inhibitors might have cell-lineage or tissue- specific functions. In the central nervous system, p19 is one of the major INK4 proteins. It is expressed early during brain development and its expression is mantained into adulthood. Apart from their physiological roles, the INK4 proteins are commonly lost or inactivated by mutations in diverse types of cancer. In the present study, we investigated the role of p19 in the response driven by human neuroblastoma cells, against DNA injury caused by different genotoxic agents. In contrast to the other INK4, p19 expression is periodic through the cell cycle. In this work, we demonstrated that p19 is the only INK4 protein whose expression is induced by UV in neuroblastoma cells, that this induction acts at the transcriptional level and partially requires protein synthesis. Furthermore, we observed p19 translocation from cytoplasm to nucleus after UV irradiation. Ectopic expression of p19 clearly reduces DNA damage induced apoptosis and improves the cellular ability to repair DNA lesions. Experiments performed with a CDK4 mutant, or with mimosine, or Saos-2 cells, suggest that p19 exerts its effects independently of its role as a cell cycle checkpoint gene. Moreover, performing clonogenic and viability assays we observed that p19 influences the long term cellular sensibility and confers resistence to genotoxic stress. These results uncover a new role for p19 as regulator of DNA damage induced apoptosis and suggest that p19 might protect cells by allowing a more efficient DNA repair. We postulate that p19 would belong to a protein network that integrates DNA repair, apoptosis, and cell cycle checkpoints to surveil and maintain genome integrity.

Blaustein Kappelmacher, Matías. "Regulación post-transcripcional de la expresión génica por señales extracelulares" (2007). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
El splicing alternativo del precursor del RNA mensajero es una fuente extraordinaria de diversidad proteica y la regulación de este proceso es crucial para diversas funciones celulares tanto en situaciones fisiológicas como patológicas. Sin embargo, poco se sabe acerca de las señales y vías que regulan el splicing alternativo. Un modelo relevante de este proceso es provisto por la fibronectina, que contiene tres regiones de splicing alternativo conocidas como EDI, EDII y IIICS. Encontramos que diferentes factores de crecimiento estimulan la inclusión de EDI y de IIICS pero no la de EDII en el RNA maduro de la fibronectina en diferentes líneas celulares, favoreciendo isoformas de fibronectina asociadas con la proliferación, migración y remodelado de tejidos. Caracterizamos a la vía de supervivencia Ras-fosfatidilinositol 3-quinasa-AKT/Proteína quinasa B como la principal responsable de esta regulación. Mostramos que los factores de crecimiento gatillan la fosforilación de proteínas ricas en serina/arginina tales como SF2/ASF y 9G8, las cuales son importantes reguladores del splicing y probamos que AKT/Proteína quinasa B funciona como una proteína quinasa de proteínas ricas en serina/arginina. Asimismo, mostramos que los factores de crecimiento no sólo modifican el patrón de splicing alternativo de la fibronectina sino que también alteran la traducción de RNAs reporteros conteniendo una secuencia de EDI responsable de la unión de proteínas ricas en serina/arginina, sugiriendo dos niveles co-regulados de amplificación específica de isoforma. Tanto la regulación del splicing como la de la traducción en respuesta a factores de crecimiento son inhibidas por RNAs pequeños de interferencia contra SF2/ASF y 9G8. Finalmente, mostramos que SF2/ASF es capaz de regular la diversidad proteómica alterando el balance entre diferentes mecanismos de iniciación de la traducción, expandiendo aún más su ya descripto potencial para aumentar el repertorio proteico.

Abstract:
Alternative splicing of messenger RNA precursors is an extraordinary source of protein diversity and the regulation of this process is crucial for diverse cellular functions in both, physiological and pathological situations. However, little is known about signals and pathways regulating alternative splicing. A relevant model of this process is provided by fibronectin, which contains three alternatively spliced regions known as EDI, EDII and IIICS. We found that different growth factors stimulate EDI and IIICS but not EDII inclusion into fibronectin mature RNA in different cell lines, favoring fibronectin isoforms associated with proliferation, migration and tissue remodeling. We characterized the Ras-phosphatidylinositol 3-kinase-AKT/Protein kinase B survival pathway as the main contributor to this regulation. We show that growth factors trigger phosphorylation of serine/arginine-rich proteins such as SF2/ASF and 9G8, which are important regulators of splicing and prove that AKT/Protein kinase B functions as a serine/arginine-rich protein kinase. We also show that growth factors not only modify fibronectin alternative splicing pattern but also alter translation of reporter RNAs containing an EDI sequence responsible for serine/arginine-rich binding, suggesting two co-regulated levels of isoform-specific amplification. Both, regulation of splicing and translation by growth factors are inhibited by small interfering RNAs against SF2/ASF and 9G8. Finally, we show that SF2/ASF regulates proteomic diversity by altering the balance between different translation initiation mechanisms, expanding its already described potential to increase protein repertoire even further.

Michat, Mariano C.. "Morfología larval, sistemática y filogenia de escarabajos buceadores de la Argentina (Insecta: Coleoptera: Dytiscidae)" (2007-11-03). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
La morfología larval de los géneros argentinos de escarabajos buceadores (Dytiscidae) es estudiada sobre la base de análisis morfométricos y quetotáxicos detallados de estructuras seleccionadas (cápsula cefálica, apéndices de la cabeza, patas, último segmento abdominal y urogonfos). Se presentan claves para larvas incluyendo 21 de los 26 géneros argentinos. Las relaciones filogenéticas dentro de la familia son investigadas en un análisis cladístico incluyendo 59 taxa de Dytiscidae y 287 caracteres morfológicos larvales. Los resultados sugieren varias conclusiones significativas con respecto a la sistemática de las Dytiscidae y a las relaciones filogenéticas dentro de la familia, incluyendo: origen monofilético de Dytiscinae, Colymbetinae e Hydroporinae (incluido Methlini); polifilia de Copelatinae si se considera a Agaporomorphus Zimmermann incluido en ella; inclusión de Cybistrini como una tribu dentro de Dytiscinae y no como una subfamilia separada; polifilia de los géneros Rhantus Dejean y Megadytes Sharp tal como están definidos actualmente; estatus genérico para Trifurcitus Brinck; relación hermana entre Bunites Spangler y Meladema Laporte; nuevo género para varias especies de Rhantus y ubicación de estas especies en la base de los Colymbetini; relación hermana entre Hydroporinae y Agaporomorphus; inclusión de Methlini como una tribu dentro de Hydroporinae y no como una subfamilia separada; condición ancestral de Hydrovatini, Canthyporus Zimmermann, Laccornellus Roughley & Wolfe y Pachydrus Sharp dentro de Hydroporinae; inclusión de Pachydrus en su propia tribu, Pachydrini; polifilia de Hydroporini e Hyphydrini tal como están definidas en la actualidad; monofilia de Bidessini y anidamiento de Amarodytes Régimbart dentro de esta tribu; monofilia de Hyphydrini excluyendo a Pachydrus; relación cercana entre Laccophilini y Agabetini. Los resultados presentados aquí son discutidos en un contexto filogenético y comparados con hipótesis previas sobre la filogenia de los diferentes grupos dentro de la familia, basadas en caracteres morfológicos de adultos y larvas y en datos de secuencias de ADN.

Abstract:
Larval morphology of the Argentinean genera of diving beetles (Dytiscidae) is studied based on detailed morphometric and chaetotaxic analyses of selected structures (cephalic capsule, head appendages, legs, last abdominal segment and urogomphi). Keys to larvae are presented including 21 of the 26 Argentinean genera. The phylogenetic relationships within the family are investigated based on a cladistic analysis of 59 dytiscid taxa and 287 morphological larval characters. The results suggest several significant conclusions with respect to the systematics of the Dytiscidae and the phylogenetic relationships within the family, including: monophyletic origin of Dytiscinae, Colymbetinae and Hydroporinae (including Methlini); poliphyly of Copelatinae as long as Agaporomorphus Zimmermann is included in it; inclusion of Cybistrini as a tribe within Dytiscinae and not as a separate subfamily; poliphyly of the genera Rhantus Dejean and Megadytes Sharp as they are presently defined; generic status for Trifurcitus Brinck; a sister group relationship between Bunites Spangler and Meladema Laporte; new genus for several species of Rhantus and placement of these species at the base of the Colymbetini; a sister group relationship between Hydroporinae and Agaporomorphus; inclusion of Methlini as a tribe within Hydroporinae and not as a separate subfamily; ancestral condition of Hydrovatini, Canthyporus Zimmermann, Laccornellus Roughley & Wolfe and Pachydrus Sharp within Hydroporinae; inclusion of Pachydrus in its own tribe, Pachydrini; poliphyly of Hydroporini and Hyphydrini as they are presently defined; monophyly of Bidessini and nesting of Amarodytes Régimbart within the tribe; monophyly of Hyphydrini excluding Pachydrus; close relationship between Laccophilini and Agabetini. The results presented here are discussed in a phylogenetic context and compared with previous hypotheses on the phylogeny of different groups within the family based on adult and larval morphological characters, and DNA sequence data.

Hernández, María Cristina. "Estudio de especies de Thrypticus (Insecta, Diptera, Dolichopodidae) asociadas con Eichhornia crassipes y otras Pontederiáceas en América del Sur" (2007-06-26). Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires.

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Resumen:
Thrypticus es un género de pequeñas moscas cuyas larvas se alimentan de plantas monocotiledóneas. Los restantes miembros de esta familia son predadores. Se describen nueve especies nuevas: Thrypticus truncatus, T. sagittatus, T. yanayacu, T. chanophalus, T. circularis, T. romus, T. azuricola, T. formosensis y T. taragui. Éstas conforman una unidad taxonómica, el grupo truncatus. Son especies Neotropicales colectadas en las cuencas Paraguay-Paraná y Amazonas, Perú y este de Brasil. Cinco de estas especies están asociadas a Eichhornia crassipes, dos a E. azurea, una especie asociada a Pontederia cordata y otra a P. subovata, todas hospedadoras en la familia Pontederiaceae. Se describe la morfología y bionomía de adultos y estadios inmaduros de dos especies: T. truncatus y sagittatus. Se describe por primera vez el modo de alimentación y el comportamiento de las larvas. El hábitat que ocupan las larvas es el conjunto de celdas del aerenquima de la hospedadora que quedan comunicadas con la construcción de la mina. En relación con esto, se realizó una recopilación de la información existente sobre la morfología de las plantas hospedadoras para relacionarlas con el grupo truncatus. En los muestreos en el campo y en las pruebas de elección múltiple con especies de Pontederiaceae y Commelinaceae, T. truncatus mostró completa especificidad con E. crassipes. Además del daño mecánico y el devenido por la alimentación de las larvas, se aislaron 32 especies de hongos en las minas de T. truncatus y T. sagittatus.

Abstract:
Thrypticus is a genus of small flies whose larvae feed on monocots. All of the other members of this family are predators. Nine new species are described: Thrypticus truncatus, T. sagittatus, T. yanayacu, T. chanophalus, T. circularis, T. romus, T. azuricola, T. formosensis and T. taragui. They form a taxonomic unit, the truncatus group. They are Neotropical species found in the basins of the Paraná-Paraguay and Amazon Rivers, and east of Brazil. Five of them are associated with E. crassipes, two with E. azurea, one with P. cordata and one with P. subovata. All the host plants belong to the Pontederiaceae. The anatomy and bionomy of adults and immature stages of T. truncatus and T. sagittatus are described. For the first time, the modality of feeding and behavior of the larvae are characterized. The larval habitat is the sequence of aerial cells in the aerenchyma joined by the tunnel of the mine. A morphological review of the Pontederiaceae host plants and the aerenchyma characteristics that describe the larval habitat is given. Thrypticus truncatus was monospecific on E. crassipes in the field host range and multiple choice tests with Pontederiaceae and Commelinaceae species. In addition, 32 fungal species were isolated from the larval mines of T. truncatus and T. sagittatus.

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