Resumen: Se han aplicado en este trabajo, cuatro modelos moleculares semi-empíricos: CNDO/2, INDO, EHT, IEHT a dos haluros de oxalilo: el cloruro y el fluoruro. El propósito fue hacer un estudio comparativo de modelos moleculares fundados en aproximaciones y parametrizaciones distintas, para establecer en cada caso el origen físico y matemático de las predicciones que se obtienen de los modelos, ya sean éstas correctas o no. Asimismo se buscó aportar argumentos derivados de los cálculos teóricos, para estudiar la isomería rotacional de las moléculas elegidas, a la vez que calcular cargas, momentos dipolares y la frecuencia de la oscilación de torsión, para ambas moléculas. Se concluye que el modelo EHT es el que mejor reproduce las propiedads conformacionales relacionadas con la rotación interna, para ambas moléculas estudiadas, y se dan las razones por las que los otros modelos no pueden reproducir dichas propiedades conformacionales. En cuanto a la isomería rotacional de ambas moléculas, se concluye que el rotámero más estable del cloruro de oxalilo es alabeado, coexistiendo con él, a temperatura ambiente el rotámero trans. En el fluoruro de oxalilo en cambio, se concluye que la rotación interna es libre, o impedida por una muy baja barrera de potencial.
Título :
Analisis comparativo de modelos moleculares semi-empíricos mediante su aplicación al estudio de la isomería rotacional
Autor :
Medrano, Jorge A.
Director :
Kowalewski, V. J.
Año :
1978
Editor :
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires
Filiación :
Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
Cita tipo APA: Medrano, Jorge A. . (1978). Analisis comparativo de modelos moleculares semi-empíricos mediante su aplicación al estudio de la isomería rotacional. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. http://digital.bl.fcen.uba.ar/Download/Tesis/Tesis_1550_Medrano.pdf
Cita tipo Chicago: Medrano, Jorge A.. "Analisis comparativo de modelos moleculares semi-empíricos mediante su aplicación al estudio de la isomería rotacional". Tesis de Doctorado. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. 1978. http://digital.bl.fcen.uba.ar/Download/Tesis/Tesis_1550_Medrano.pdf
Resumen: Se estudia el efecto Overhauser nuclear cuando predomina el mecanismo de relajación escalar de primera especie entre los espines irradiados y observados. Se establece que en tales condiciones el resultado de una experiencia intermolecular de este tipo es una disminución de la intensidad de las líneas que puede alcanzar la extinción total de las mismas. Se calculan los elementos de la matriz de relajación en el formalismo de Redfield para el mecanismo mencionado bajo la aproximación de líquido no viscoso. La posibilidad de un experimento utilizando la técnica INDOR es considerada. Se presentan aplicaciones en 2,4-dinitrofenol, en 2-nitro ,4-clorofenol y en 3-metoxy salicilaldehído obteniéndose parámetros de relajación que en el primero de los casos llevaron a determinar la conformación del oxhidrilo.
Título :
El efecto overhauser nuclear ante relajación escalar : análisis y aplicaciones
Autor :
Balonga, Pablo Enrique
Director :
Kowalewski, Valdemar J.
Año :
1984
Editor :
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires
Filiación :
Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales Departamento de Física
Cita tipo Chicago: Balonga, Pablo Enrique. "El efecto overhauser nuclear ante relajación escalar : análisis y aplicaciones". Tesis de Doctorado. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. 1984. http://digital.bl.fcen.uba.ar/Download/Tesis/Tesis_1845_Balonga.pdf
Cita tipo Chicago: Gamba, Zulema B.. "Estudio de fuerzas electrostáticas en cristales moleculares". Tesis de Doctorado. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. 1984. http://digital.bl.fcen.uba.ar/Download/Tesis/Tesis_1850_Gamba.pdf
Resumen: Se utiliza el operador estadístico o densidad reducido de orden q como herramienta matemática para generar rigurosamente y de forma absolutamente general, una serie de posibles análisis poblacionales, para las densidades de carga asociadas con los electrones (q=1), "patrones" (q=2) y, en el caso más general, q-ones. En todos los casos anteriores, es posible definir un análisis poblacional lineal y otro no-lineal (en este trabajo, en particular, desarrollamos el que denominamos estadístico), de acuerdo a la funcional generadora que actúa obre el operador densidad. Si q=1, el análisis lineal reobtiene la conocida partición de Mulliken, aunque a partir de un púnto de vista distinto al original. Una particular elección de la funcional generadora, en el caso no lineal, nos conduce a una partición del tipo Armstrong, Perkins y Stewart, pero ahora estamos en condiciones de dar expresiones explícitas para las funciones de onda más generales del tipo MC-SCF y CI. Se definen expresiones de la valencia atómica, el grado de ligadura biatómico (multiplicidad de la unión), que reproducen los valores clásicos, aún cuando éstos no pueden anticiparse. En el caso q=2, el análisis lineal nos conduce a la generalización de la partición de la densidad de patrones, debido a K.Ruedenberg. El análisis no-lineal es un camino completamente novedoso de particionar la densidad parónica, y permite la definición de nuevas magnitudes. Para este caso, presentamos expresiones explícitas sólo para el formalismo SCF de capa cerrada. Finalmente, además de los resultados numéricos sobre sistemas moleculares aislados, se presenta una amplia gama de sistemas reactivos, donde se muestra la bondad del análisis poblacional estadístico para explicar y describir el mecanismo de reordenamiento de la nube electrónica durante dicha reacción. Además se presentan las conclusiones en forma explícita sobre la teoría en general y algunas sobre casos particulares que ayudan a proponer líneas de investigación para el futuro.
Título :
Una investigación sobre los operadores densidad reducidos y sus aplicaciones a diferentes particiones de la densidad electrónica en sistemas moleculares
Autor :
Bochicchio, Roberto Carlos
Director :
Medrano, Jorge A.
Año :
1988
Editor :
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires
Filiación :
Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
Cita tipo APA: Bochicchio, Roberto Carlos . (1988). Una investigación sobre los operadores densidad reducidos y sus aplicaciones a diferentes particiones de la densidad electrónica en sistemas moleculares. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. http://digital.bl.fcen.uba.ar/Download/Tesis/Tesis_2134_Bochicchio.pdf
Cita tipo Chicago: Bochicchio, Roberto Carlos. "Una investigación sobre los operadores densidad reducidos y sus aplicaciones a diferentes particiones de la densidad electrónica en sistemas moleculares". Tesis de Doctorado. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. 1988. http://digital.bl.fcen.uba.ar/Download/Tesis/Tesis_2134_Bochicchio.pdf
Resumen: El objetivo de esta tesis, que es de carácter experimental, fue el de extender el estudio de soluciones multicomponentes de baja polaridad y determinar la influencia tanto de la forma como del tamaño de la cavidad dieléctrica en la descripción de las mismas, usando métodos dieléctricos. Realicé mediciones experimentales de alta precisión de permitividad, índice de refiacción y densidad a una temperatura de 298.15 K, en sistemas binarios formados por tetracloruro de carbono + ciclohexano, + tolueno, + etilbenceno, de tolueno + ciclohexano, + etilbenceno y de etilbenceno + ciclohexano, y en sistemas temarios compuestos por tetracloruro de carbono + tolueno + ciclohexano, tetracloruro de carbono + etilbenceno + ciclohexano y tetracloruro de carbono + tolueno + etilbenceno. Analicé los datos experimentales con un tratamiento desarrollado en el Laboratorio de Propiedades Dieléctricas que permite individualizar el origen de las interacciones entre componentes de una solución. Para lograr una buena descripción teórica del comportamiento dieléctrico de mezclas, calculé las polarizabilidades efectivas y los momentos dipolares eligiendol para cada componente una cavidad elipsoidal, cuyo volumen fuera el volumen molar parcial de cada especie en la solución. Para determinar los volúmenes molares parciales de mezclas ternarias, adapté el método de Bakhuis Rooseboom (válido para sistemas binarios). Además desarrollé un procedimiento para calcular los semiejes de los elipsoides con los que representé a las moléculas. Comprobé que la utilización de este criterio permitió explicar las desviaciones de la idealidad de algunos de los sistemas, que de otra forma hubieran quedado sin interpretación.
Abstract: The purpose of this experimental thesis was to complete the study, through dielectric methods, of low polarity multicomponent liquid systems and to establish the influence of both shape and size of the dielectric cavity in the description of their behavior. I made high precision experimental measurements of permittivity, refractive index and density at 298.15 K, on binary systems containing: carbon tetrachloride + cyclohexane, carbon tetrachloride + toluene, carbon tetrachloride + ethylbenzene, toluene + cyclohexane, toluene + ethylbenzene and ethylbenzene + cyclohexane, and on ternary systems containing: carbon tetrachloride + toluene + cyclohexane, carbon tetrachloride + ethylbenzene + cyclohexane and carbon tetrachloride + toluene + ethylbenzene. The experimental results were then analyzed with a treatment developed in the Laboratorio de Propiedades Dieléctricas (Dielectric Properties Laboratory) that allows to identify the origin of interactions between the solution components. To reach a good theoretical description of the dielectric behavior of mixtures, effective polarizabilities and dipole moments were calculated choosing for each component an ellipsoidal cavity, having a volume equal to that of the partial molar volume of each species in the solution. For the purpose the Bakhuis Rooseboom method (valid for binary systems) to determine partial molar volumes in ternary mixtures was adapted. As for the shape I develop a procedure to calculate the semiaxes of the ellipsoids used to represent the molecules The choice of these criteria allowed to explain the deviations from ideality in some of the systems, that would have remained otherwise unexplained.
Título :
Propiedades dieléctricas de exceso en sistemas multicomponentes líquidos = Excess dielectric properties in multicomponent binary systems
Autor :
Rebollo Paz, María Berta
Director :
Barón, Máximo
Año :
1996
Editor :
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires
Filiación :
Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales Departamento de Física. Laboratorio de Propiedades Dieléctricas
Cita tipo Chicago: Rebollo Paz, María Berta. "Propiedades dieléctricas de exceso en sistemas multicomponentes líquidos". Tesis de Doctorado. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. 1996. http://digital.bl.fcen.uba.ar/Download/Tesis/Tesis_2876_RebolloPaz.pdf
Resumen: Se analizó el Hamiltoniano de una molécula en un campo electromagnético arbitrario en la medida de Bloc, para definir operadores correspondientes a los momentos multipolares y campo electromagnético creado por los electrones. Se aplicó la teoría de perturbaciones de Hartree-Fock dependiente del tiempo (TDHF) para evaluar los momentos electrónicos inducidos y los campos magnéticos en los núcleos. Se introdujeron tensores de orden arbitrario correspondientes a susceptibilidades magnéticas multipolares y apantallamientos magnéticos nucleares, que describen los acoplamientos que surgen cuando se aplican campos magnéticos no uniformes. A partir de relaciones de conmutación y reglas de suma mecano-cuánticas, se derivaron condiciones generales para la invariancia de propiedades magnéticas ante una transformación de medida. En el caso de un campo magnético uniforme, se dedujeron, reglas de suma para verificar la invariancia respecto del origen en diferentes formalismos para las medidas de Geertsen y Landau. Se realizaron numerosas comprobaciones numéricas para las moléculas de H2O, HF, NH3, CH4 y SF6, en campos magnéticos estáticos, uniformes y no uniformes, en el marco del formalismo RPA (Random Phase Approximation) utilizando, a orden cero, funciones de onda Hartree Fock de alta precisión.
Abstract: The interaction Hamiltonian of a molecule in the presence of an arbitrary electromagnetic field has been analyzed, within the Bloch gauge, to define operators corresponding to multipole moments and to the electromagnetic field created by the electrons. Hartree Fock time dependent perturbation theory (TDHF) has been applied to evaluate the induced electronic moments and the magnetic fields at the nuclei. Multipole magnetic susceptibility and nuclear magnetic shielding tensors of arbitrary order have been introduced to describe the couplings arising in non-uniform magnetic fields. General constraints for invariance of magnetic properties in a gauge transformation have been derived from quantum mechanical commutation relations and sum rules. In the case of a uniform external magnetic field, sum rules have been proposed to test the origin independence for the Geertsen and Landau gauges in different formalisms. Extended numerical test on the molecules of H2O, HF, NH3, CH4 and SF6, in a static, uniform and non uniform, magnetic field have been carried out, using the random-phase approximation (RPA) within the framework of accurate Hartree-Fock zero-order wavefunction.
Título :
Descripción de propiedades moleculares de origen magnético en presencia de campos magnéticos uniformes y no uniformes = Description of molecular magnetic properties in uniform and non uniform magnetic fields
Autor :
Caputo, María Cristina
Director :
Ferraro, Marta Beatriz
Año :
1996
Editor :
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires
Filiación :
Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales Departamento de Física
CAMPOS MAGNETICOS NO UNIFORMES; MULTIPOLOS MAGNETICOS; SUSCEPTIBILIDAD MAGNETICA; APANTALLAMIENTO NUCLEAR MAGNETICO; INVARIANCIA DE MEDIDA; NON UNIFORM MAGNETIC FIELD; MAGNETIC MULTIPOLES; MAGNETIC SUSCEPTIBILITY; NUCLEAR MAGNETIC SHIELDING; GAUGE INVARIANCE
Cita tipo APA: Caputo, María Cristina . (1996). Descripción de propiedades moleculares de origen magnético en presencia de campos magnéticos uniformes y no uniformes. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. http://digital.bl.fcen.uba.ar/Download/Tesis/Tesis_2907_Caputo.pdf
Cita tipo Chicago: Caputo, María Cristina. "Descripción de propiedades moleculares de origen magnético en presencia de campos magnéticos uniformes y no uniformes". Tesis de Doctorado. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. 1996. http://digital.bl.fcen.uba.ar/Download/Tesis/Tesis_2907_Caputo.pdf
Resumen: En este trabajo se presenta una nueva técnica para la determinación de tiempos de difusión rotacional en moléculas fluorescentes, a través del estudio de la fluorescencia producida después de la excitación con dos pulsos láser ultracortos. La técnica presenta la posibilidad de medir con resolución temporal limitada sólo por el ancho del pulso, sin necesidad de detectores rápidos. La idea central, es obtener los tiempos de difusión midiendo la energía total de fluorescencia en función del retardo entre pulsos. Partiendo de un modelo de molécula esférica o elipsoidal, se propuso una ecuación de difusión para describir la evolución de la población de moléculas excitadas. Como consecuencia, se obtuvieron expresiones para la energía de fluorescencia total, y se estudió su dependencia con los tiempos de difusión y los distintos parámetros del sistema (energía de excitación, orientación de los dipolos de absorción y emisión, retardo entre pulsos, etc.) Se muestra también, en este trabajo, los distintos esquemas experimentales montados para realizar mediciones de energía de fluorescencia en función del retardo entre pulsos. Finalmente, se muestran los valores para los tiempos de difusión rotacional obtenidos, a partir de estas mediciones en algunas muestras testigo.
Título :
Estudios de difusión rotacional en moléculas fluorescentes a través de una doble excitación con pulsos láser ultracortos
Autor :
Torga, Jorge Román
Director :
Marconi, Mario Carlos
Jurados :
Ruiz de Azúa, M. ; San Román, E. ; Tocho, J.
Año :
1999
Editor :
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires
Filiación :
Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
Cita tipo APA: Torga, Jorge Román . (1999). Estudios de difusión rotacional en moléculas fluorescentes a través de una doble excitación con pulsos láser ultracortos. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. http://digital.bl.fcen.uba.ar/Download/Tesis/Tesis_3104_Torga.pdf
Cita tipo Chicago: Torga, Jorge Román. "Estudios de difusión rotacional en moléculas fluorescentes a través de una doble excitación con pulsos láser ultracortos". Tesis de Doctorado. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. 1999. http://digital.bl.fcen.uba.ar/Download/Tesis/Tesis_3104_Torga.pdf
Resumen: Este trabajo está basado en el uso de Algoritmo Genético (AG) para la búsqueda global de estructuras de clusters atómicos. La minimización local de la energía es realizada mediante el método de la Teoría del Funcional de la Densidad (DFT) que combinado con AG conforman una nueva estrategia en la determinación de estructuras de clusters atómicos. Se implementan nuevos operadores de recombinación y mutación restringidos a la definición de Clusters. Se estudian clusters de silicio hidrogenados cuyos resultados no solo muestran excelente acuerdo con geometrías reportadas previamente sino que también se obtienen nuevas conformaciones que incluso resultan más estables que las previas. Se analiza exitosamente la efectividad del método de cálculo de energía mediante sistemas complejos con metales de transición cuyas geometrías se hallan con esta técnica híbrida, AG-DFT, destacándose el hallazgo de estructuras tipo caja con metal de transición endohédrico. Se presentan las propiedades electrónicas de estos sistemas. La búsqueda con optimización global y sin restricciones en el espacio de configuraciones es redituable para clusters pequeños y medianos pero deja de serlo en clusters grandes. Mediante AG y el uso de un método semi-empírico como función objeto se realiza la búsqueda global de estructuras de clusters medianos de silicio oxígeno y se analizan los canales de su fragmentación con sus correspondientes energías de fragmentación, frecuencias vibracionales e invariancia geométrica de determinados motivos presentes en estos sistemas. Se detectan dos fragmentos como posibles bloques constructores de clusters de silicio oxígeno permitiendo en un futuro el armado de los mismos y en especial los de gran tamaño por adición de motivos.
Abstract: This work is based on the use of Genetic Algorithm (GA) for the global search of structures of atomic clusters. The local minimization of the energy is done through the method of the Density Functional Theory (DFT), which combined with GA, is a new strategy in the determination of atomic clusters. There are new operators of recombination and mutation implemented, and restricted to the definition of Clusters. The results for hydrogen-silicon clusters not only show an excellent agreement with the geometries reported previously, but also new conformations that even result more stable than the previous ones. The effectiveness of the method of evaluation of energy is successfully analyzed, through complex systems of transition metals whose geometries are found with this hybrid technique, GA-DFT, highlighting the discovery of cagelike structures with endohedric transition metal. The electronic properties of these systems are presented. The search for global optimization without restrictions in the space of configurations is profitable for small and medium-sized clusters, but not for big clusters. Throughout GA and the use of a semi-empiric method as an object function the global search of medium sized silicon oxygen clusters is performed and it is analyzed the channels of fragmentation with their corresponding energies of fragmentation, vibration frequencies and geometrical invariability of certain motives present in these systems. Two fragments are detected as possible building blocks of silicon-oxygen clusters, allowing the building of the same clusters and particularly larger silicon-oxygen clusters by adding motives in a future.
Título :
Determinación de estructuras de clusters de silicio puros y mixtos, determinación e interpretación de sus propiedades
Autor :
Oña, Ofelia Beatriz
Director :
Ferraro, Marta Beatriz
Jurados :
Castro, E. ; Llois, A. ; Estrín, D.
Año :
2009
Editor :
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires
Filiación :
Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
Grado obtenido :
Doctor de la Universidad de Buenos Aires en el área de Ciencias Físicas
Cita tipo APA: Oña, Ofelia Beatriz . (2009). Determinación de estructuras de clusters de silicio puros y mixtos, determinación e interpretación de sus propiedades. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. http://digital.bl.fcen.uba.ar/Download/Tesis/Tesis_4545_Ona.pdf
Cita tipo Chicago: Oña, Ofelia Beatriz. "Determinación de estructuras de clusters de silicio puros y mixtos, determinación e interpretación de sus propiedades". Tesis de Doctorado. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. 2009. http://digital.bl.fcen.uba.ar/Download/Tesis/Tesis_4545_Ona.pdf
Resumen: E7 es una proteína de expresión temprana del papilomavirus humano. Es una proteína pequeña de aproximadamente 100 aa, que consta de dos dominios estructurales. El dominio C-terminal, globular y de plegamiento independiente, cuya estructura fue descrita recientemente y el dominio N-terminal, intrínsecamente desordenado. Se han descrito hasta el momento más de 40 blancos celulares que interaccionan con E7, siendo su blanco principal la proteína supresora de tumores Retinoblastoma (pRB) y hasta el momento no se ha reportado ninguna actividad enzimática. E7 se la denomina oncoproteína ya que posee la capacidad de transformar la célula que la expresa. En nuestro laboratorio se observó que esta proteína posee la capacidad de formar oligómeros de alto peso molecular, E7SOs, al desplazar el Zn que coordina el dominio C-terminal. Este oligómero comparte características con las fibras amiloides ya que posee una estructura del tipo beta repetitiva. E7SOs posee actividad chaperona tipo holdasa y se observó que este oligómero se localiza en el citosol de líneas celulares transformadas, en células transfectadas y en biopsias de tejidos cancerosos infectados con HPV. Los estudios realizados in vivo propusieron que esta partícula tiene la funcionalidad de almacenamiento de la oncoproteína. En el presente trabajo de tesis se estudió la ruta de formación de E7SOs. Se analizó la cinética de formación de los mismos monitoreando diferentes sondas que reportaron distintos arreglos estructurales en la reacción. Debido a que E7SOs posee una geometría esférica, se aplicó un modelo elaborado para estudiar el ensamblado de cápsides virales, que puede ser aplicado a la formación de oligómeros esféricos. Los resultados demostraron que E7SOs posee un ensamblado novedoso, ya que requiere de la formación previa del monómero desplegado de E7, como sucede en el ensamblado de fibras amiloides, pero no posee un oligómero de menor tamaño como núcleo de la reacción. Se definió a la ruta de formación de E7SOs como un ensamblado truncado hacía la formación de fibras amiloides. Muchos blancos celulares se han descrito para E7, no obstante en la mayoría de estas interacciones se desconoce su consecuencia biológica y poco se sabe de las características de estas interacciones, como regiones de unión, competencia por otros ligandos, etc. Por otro lado, la única interacción analizada en detalle es la que E7 realiza con su principal blanco pRB. En este trabajo de tesis se halló y se caracterizó in vitro, bajo diferentes técnicas biofísicas, la interacción de E7 con un nuevo blanco, la proteína E2. E2 es codificada por el genoma viral y es el factor de transcripción negativo de E7. En consecuencia con los resultados obtenidos de este estudio, se propuso que la interacción de estas proteínas presenta un mecanismo de ajuste en la concentración de las mismas dentro de las células. Esto propiciaría la modificación del ambiente celular dando lugar a diferentes estadios de la infección viral y su consecuencia con la proliferación celular y la cancerogénesis carcinogénesis relacionada con el virus.
Abstract: E7 is a papillomavirus early protein. It is a small protein of approximately 100 aa consisting of two structural domains. The C-terminal domain, which structure has been recently described, is globular and with independent folding and the N-terminal domain which is intrinsically disordered. Until present more than 40 cellular targets have been described to interact with E7. The main target is the tumor supresor protein Retinoblastoma (pRB) and up to present no enzymatic activity has been reported. E7 is considered an oncoprotein because it has the ability to transform the cells where it is expressed. In our laboratory we observed that this protein is able to form high molecular weight oligomers, E7SOs, when it displaces the Zn atom that coordinates the C- terminal domain. These oligomers share characteristics with amyloid fibers because they have the beta repetitive kind of structure. E7SOs show holdase chaperone activity and it was observed that these oligomers are found in the cytosol of transformed cellular lines, in transfected cells and in biopsies of cancerous tissues infected with HPV. In vivo studies suggest that these particles have the function of storing the oncoprotein. In the present Thesis the formation pathway of E7SOs has been studied. The kinetics of formation of these oligomers was analyzed monitoring different probes which reported different structural arrangements in the reaction. Due to the fact that E7SOs have a spherical geometry, an elaborated model was applied to study the assembly of viral capsids that can also be applied to the formation of spherical oligomers. The results showed that E7SOs have a novel assembly They require the previous formation of E7 displayed monomer, as it happens in the assembly of amyloid fibers, but they lack a smaller oligomer as core of the reaction. It has been defined that the E7SOs pathway formation is a truncated assembly toward the formation of amyloid fibers. Many cellular targets have been reported for E7. However, in most of these interactions the biological consequence is unknown and very little is known about the characteristics of these interactions, like binding regions, competition for other ligands, etc. On the other hand, the only interaction analyzed in detail is that of E7 with its main target pRB. In this Thesis the interaction of E7 with a new target, the E2 protein was found and characterized in vitro, using different biophysics techniques. E2 is codified by the viral genome and is E7 negative transcription factor. In consequence with the results obtained in this study, we propose that the interaction of these two proteins shows a mechanism of adjustment of their concentrations in the cells. This might favor the modification of the cellular environment giving place to different stages in the viral infection and its consequences with the cellular proliferation and the carcinogenesis related to the virus.
Título :
Oligomerización de la oncoproteína E7 del papilomavirus humano y su interacción con el regulador de transcripción y replicación viral E2 = Oligomerization of the human papillomavirus E7 oncoprotein and its interaction with the viral transcription and replication regulator E2
Autor :
Smal, Clara
Director :
de Prat Gay, Gonzalo
Jurados :
Ceccarelli, E. ; Wolosiuk, R. ; Sigman, M.
Año :
2010
Editor :
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires
Filiación :
Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales Laboratorio de Estructura-Función e Ingeniería de Proteínas,Fundación Instituto Leloir e IIBBA-CNICET
Grado obtenido :
Doctor de la Universidad de Buenos Aires en el área de Ciencias Físicas
Cita tipo APA: Smal, Clara . (2010). Oligomerización de la oncoproteína E7 del papilomavirus humano y su interacción con el regulador de transcripción y replicación viral E2. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. http://digital.bl.fcen.uba.ar/Download/Tesis/Tesis_4714_Smal.pdf
Cita tipo Chicago: Smal, Clara. "Oligomerización de la oncoproteína E7 del papilomavirus humano y su interacción con el regulador de transcripción y replicación viral E2". Tesis de Doctorado. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. 2010. http://digital.bl.fcen.uba.ar/Download/Tesis/Tesis_4714_Smal.pdf
Resumen: En este trabajo se hace un estudio del efecto de un campo magnético intenso en propiedades moleculares. Concretamente se analizan los tensores (de cuarto rango) hipersusceptibilidad magnética e hiperapantallamiento magnético nuclear y también se estudia la dependencia de la densidad electrónica con un campo magnético externo aplicado sobre la molécula. Se hallan las expresiones formales de ambos tensores de acuerdo con la Teoría de Perturbaciones de Rayleigh – Schrödinger, así como las reglas de suma que surgen de imponer la condición de invariancia de medida sobre el tensor hipersusceptibilidad. Se efectúan cálculos numéricos de la hipersusceptibilidad y del hiperapantallamiento, así como de las reglas de suma mencionadas, empleando Teoría Respuesta a nivel Hartree-Fock. Para lo cual, primero se elige un conjunto de moléculas pequeñas y se utiliza una serie de bases de calidad creciente. Los cálculos se efectúan empleando dos orígenes de coordenadas distintos, con el propósito de analizar el grado de invariancia de los mismos respecto de un cambio de medida como un criterio para evaluar la calidad de los resultados obtenidos. Adicionalmente se presentan algunos compuestos nitrosos (RNO) e isodiacenos (R1R2NN) en los cuales el efecto del hiperapantallamiento magnético nuclear eventualmente puede llegar a ser medido en el corto plazo, y se analizan también cuáles otros fenómenos podrían “complicar” dicha medición. Para algunos de estos compuestos se efectúan además cálculos a nivel DFT, a fin de evaluar la relevancia de la correlación electrónica en esta propiedad. Respecto del estudio de la dependencia de la densidad electrónica con el campo externo, se pone el foco en analizar la relación entre la redistribución de la carga eléctrica (que es producida por el campo magnético externo) y la densidad de corriente (inducida por ese mismo campo). Se estudian primero sistemas sencillos como los gases nobles en los cuales el campo magnético produce que la carga se redistribuya deformando la densidad de carga, la cual pasa de tener forma esférica a adquirir un aspecto similar al de un elipsoide prolado. Además se analizan algunos ciclos aromáticos y antiaromáticos, observándose en los primeros una intensificación de la densidad de carga en los enlaces carbono - carbono. Ambos fenómenos de redistribución de carga pueden ser comprendidos apelando a argumentos sencillos basados en la expresión de la fuerza de Lorentz dada por la electrodinámica clásica.
Abstract: In this work the effect of a strong magnetic field in molecular properties is studied. In particular, the hypersusceptibility magnetic and nuclear magnetic hypershielding fourth rank tensors are analyzed and also the dependence of the electron density on an external magnetic field applied on the molecule is studied. Formal expressions of both tensors via the Rayleigh - Schrödinger perturbations theory as well as the sum rules arising from imposing the gauge-invariance condition on the hypersusceptibility tensor are found. Numerical evaluations of the hypershielding and hypersusceptibility tensors as well as evaluations of the sum rules mentioned are carried out, using the Response Theory at the Hartree-Fock level. To do this, a set of small molecules is selected first and basis sets of increasing quality are used. Calculations are done using two different coordinate origins to analyze the degree of invariance with respect to a gauge change, as a criterion for evaluating the quality of the results obtained. Additionally, some nitroso (RNO) and isodiazene (R1R2NN) compounds in which the effect of nuclear magnetic hypershielding may eventually be measured in a short time are presented and also other effects which might eventually "complicate" this measurement are analyzed. For these compounds, calculations at the DFT level are also carried out, to assess the importance of electron correlation on this property. Regarding the study of the dependence of the electron density on the external magnetic field, emphasis is made on the connection between the electric charge redistribution (caused by the external magnetic field) and the current density (induced by this field). Simple systems are studied first, such as the noble gases in which the magnetic field produce the redistribution of the charge deforming the electric charge density, which changes a spherical shape into one similar to a prolate ellipsoid. Some aromatic and antiaromatic cycles are also analyzed. In the former an intensification of the charge density on the carbon-carbon bond is observed. Both charge redistribution phenomena can be understood by appealing to simple considerations based on the expression of the Lorentz force given by classical electrodynamics.
Título :
Propiedades respuesta de sistemas moleculares en presencia de campos magnéticos intensos = Response properties of molecular systems in the presence of strong magnetic fields
Autor :
Pagola, Gabriel Ignacio
Director :
Caputo, María Cristina Ferraro, Marta Beatriz
Jurados :
Aucar, G. ; Ruiz de Azúa, M. ; Estrin, D.
Año :
2011
Editor :
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires
Filiación :
Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
Grado obtenido :
Doctor de la Universidad de Buenos Aires en el área de Ciencias Físicas
HIPERSUSCEPTIBILIDAD MAGNETICA; HIPERAPANTALLAMIENTO MAGNETICO NUCLEAR; DENSIDAD DE CARGA ELECTRICA PERTURBADA A SEGUNDO ORDEN EN EL CAMPO MAGNETICO; MAGNETIC HYPERSUSCEPTIBILITY; NUCLEAR MAGNETIC HYPERSHIELDING; ELECTRIC CHARGE DENSITY PERTURBED TO SECOND ORDER IN THE MAGNETIC FIELD
Cita tipo APA: Pagola, Gabriel Ignacio . (2011). Propiedades respuesta de sistemas moleculares en presencia de campos magnéticos intensos. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. http://digital.bl.fcen.uba.ar/Download/Tesis/Tesis_4900_Pagola.pdf
Cita tipo Chicago: Pagola, Gabriel Ignacio. "Propiedades respuesta de sistemas moleculares en presencia de campos magnéticos intensos". Tesis de Doctorado. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. 2011. http://digital.bl.fcen.uba.ar/Download/Tesis/Tesis_4900_Pagola.pdf
Resumen: Dentro de una célula coexisten diferentes tipos de biomoléculas que participan en intrincadas redes de interacciones físicas y bioquímicas. Las mismas facilitan la supervivencia de la célula y hacen de ella un sistema extremadamente complejo. La descripción de estas interacciones bajo la perspectiva de redes complejas ofrece la posibilidad de estudiar propiedades colectivas emergentes, detectar patrones de organización y proveer una visión global de la célula como sistema. Estas redes presentan estructura modular no trivial. Numerosos trabajos han puesto esfuerzos en correlacionar esta estructura modular con grupos de biomoléculas que llevan a cabo funciones biológicas específicas. No obstante, un problema de ese enfoque es el hecho de que la estructura modular observada en una red depende de la escala adoptada así como de los algoritmos de agrupamiento utilizados. Esta tesis hace especial énfasis en comprender cómo distintos algoritmos de agrupamiento y sus niveles de resolución implícitos pueden afectar a los análisis biológicos subsecuentes. Se consideró una red de interacción de proteínas, y distintos conjuntos de proteínas involucradas en procesos de envejecimiento celular y vías de se˜nalización. Se emplearon dos algoritmos de agrupamiento ampliamente reconocidos, uno basado en teoría de información y otro en optimización de la modularidad de la red. Mientras que el primer tipo es capaz de detectar estructuras topológicas libres de escala característica, el segundo tiene límite de resolución bien definido. Los resultados obtenidos sugieren que si bien ambos algoritmos obtienen particiones de similar modularidad, las mismas difieren significativamente en el nivel de congruencia biológica, el grado de granularidad de las descripciones modulares y en la capacidad para detectar asociaciones estadísticamente significativas entre los conjuntos de proteínas considerados y los respectivos roles cartográficos de la red. Por otro lado se abordó el problema de reposicionamiento de fármacos en el contexto de enfermedades tropicales desatendidas. Para ello, se construyó y caracterizó una red multicapa compuesta por fármacos, proteínas de múltiples especies y diversos tipos de relaciones estructurales, químicas, metabólicas y de bioactividad. Empleando técnicas de priorización en redes complejas se abordaron dos problemas biológicos de interés. Por un lado la priorización de potenciales blancos de droga en un organismo patógeno de interés. Por otro lado la búsqueda de blancos de drogas con actividad probada sobre un organismo, pero cuyos mecanismos y blancos de acción permanecen desconocidos. Los resultados fueron validados computacionalmente y discutidos desde un punto de vista biológico en base a bibliografía reciente. En suma los resultados indican que el enfoque adoptado resulta de gran utilidad para guiar experimentos que busquen entender los mecanismos de acción de drogas que aún permanecen desconocidos.
Abstract: Inside a cell different types of biomolecules coexist, which are involved in intricate networks of physical and biochemical interactions. They facilitate the cell survival and make it an extremely complex system. The description of these interactions from complex network perspective allows to study emerging collective properties, to detect organization patterns and provides an overview of the cell as a system. These networks have nontrivial modular structure. Several works have concentrated on correlating this modular structure with groups of biomolecules that carry out specific biological functions. However, a concerning issue of this approach is that observed modular structure in a network depends on the adopted scale as well as the clustering algorithms used. This thesis is focused on understanding how different clustering algorithms and their implicit resolution levels may affect subsequent biological analysis. To this end, a protein-protein interaction network was considered and examined several protein sets related to cell aging and signaling pathways. Two clustering algorithms widely recognized were considered, one based on information theory and other based on network modularity optimization. While the first one is capable of scale-free recognition of topological structure, the second one has a well-defined resolution limit. The results suggest that although both algorithms result in partitions of similar modularity, they differ significantly on its biological congruence, the granularity of modular descriptions and its ability to detect statistically significant associations between considered protein sets and network cartographic roles. On the other hand the problem of drug repositioning is addressed in context of neglected tropical diseases. To achieve this, a multilayer network consisting of chemical compounds, proteins from multiple species and several classes of structural, chemical, and metabolic relationships as well as bioactivities between them was constructed and characterized. Taking advantage of prioritization techniques in complex networks, two interesting biological issues were addressed. Firstly, the prioritization of putative drugtargets in a given pathogenic species was tackled. Secondly, protein targets were looked for on tested active compounds whose mechanisms of action and targets remained unknown. The results were validated computationally and discussed from a biological point of view taking into account recent literature. In summary, the results suggest that the approach is useful for guiding experiments that seek to understand drugs mechanisms of action that are still unknown.
Título :
Análisis de redes complejas en sistemas biomoleculares = Complex network analysis in biomolecular systems
Autor :
Berenstein, Ariel José
Director :
Chernomoretz, Ariel
Consejero de estudios :
Wisniacki, Diego A.
Año :
2014-12-22
Editor :
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires
Filiación :
Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales Departamento de Física
Grado obtenido :
Doctor de la Universidad de Buenos Aires en el área de Ciencias Físicas
REDES COMPLEJAS; REDES DE INTERACCION DE PROTEINAS; REDES MULTICAPA; REPOSICIONAMIENTO DE FARMACOS; ENFERMEDADES TROPICALES; COMPLEX NETWORKS; PROTEIN INTERACTION NETWORKS; MULTILAYER NETWORKS; DRUG REPOSITIONING; TROPICAL DISEASES
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