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Tesis > TÍTULO

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"HACCP, Microbiología predictiva y factores en combinación para mejorar la calidad de productos lácteos : dulce de leche : aplicación del concepto de factores en combinación y de la microbiología predictiva en el mejoramiento de la calidad del Dulce de Leche" (2003). Char, Cielo Dolores. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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"HO-1 en la progresión ósea del cáncer de próstata" (2013). Ferrando, María Mercedes Catalina. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
El cáncer de próstata (PCa) es la segunda causa de muerte por cáncer entre los hombres en Argentina. La angiogénesis es crucial para el crecimiento y progresión del PCa. El perfil de diseminación de estos tumores muestra tendencia a desarrollarse en el hueso como único sitio de progresión, donde las células tumorales interactúan con el microambiente interrumpiendo el equilibrio formación/degradación del hueso. Sin embargo, la naturaleza molecular de dicha interacción aún no se conoce completamente. En trabajos previos de nuestro laboratorio demostramos que el aumento de expresión de hemo oxigenasa-1 (HO-1) en líneas de PCa disminuye su proliferación, invasión y migración in vitro y el crecimiento tumoral in vivo. En este trabajo de tesis nos propusimos estudiar el efecto de HO-1 sobre la angiogénesis y progresión del PCa. Comprobamos que la sobre-expresión de HO-1 en PC3 disminuye la expresión de genes pro-angiogénicos in vitro. Un ensayo de angiogénesis in vivo mostró que la inoculación intradérmica de las células con expresión estable de HO-1 (PC3HO-1), generaba tumores menos vascularizados, con reducida densidad de la microvasculatura e inmunomarcación disminuida de marcadores angiogénicos. Mediante un sistema de co-cultivo de células PC3 con cultivos primarios de osteoblastos de ratón (PMOs), comprobamos que la disminución de la proliferación de los PMOs inducida por las células tumorales, se restauraba cuando éstas fueron pre-tratadas con el inductor farmacológico de HO-1 (hemina). No se observaron alteraciones en la expresión de genes involucrados en la diferenciación y resorción ósea. Sin embargo, el tratamiento con hemina indujo DKK-1 en las células PC3 co-cultivadas y el estrés oxidativo y la vía de FoxO en los osteoblastos. Estos resultados se confirmaron utilizando explantes de calvarias. La inyección intra-ósea de PC3HO-1 produjo una robusta remodelación ósea. Mediante un microarray de tejidos derivados de metástasis de pacientes resistentes a la castración creciendo como xenotransplantes en ratones SCID se determinó que HO-1 presentaba inmunomarcación heterogénea. En conjunto, estos resultados demuestran que HO-1 es un factor clave para el control de la angiogénesis y altera el microambiente tumoral impactando sobre la progresión ósea del PCa.

Abstract:
Prostate cancer (PCa) is a leading cause of death among males. The switch to an angiogenic phenotype is known to be critical for its progression. PCa is dominated by complications arising from metastasis to the bone where the tumoral cells interact with the bone microenviroment impairing the balance between bone formation and degradation. However, the molecular nature of this interaction is not completely understood. Previous studies from our laboratory showed that heme oxygenase 1 (HO-1) expression decreased PCa cells proliferation, invasion and migration in vitro and decreased tumor growth in vivo. The goal of this thesis is to study the role of HO- 1 in PCa angiogenesis and progression. We demonstrated that pro-angiogenic genes were down-modulated in response to HO-1 over-expression in PC3 cells (PC3HO-1). An in vivo angiogenic assay showed that intradermic inoculation of PC3HO-1 cells generated tumors less vascularized, with decreased microvessel density and reduced expression of angiogenic markers. Using a co-culture system of PC3 cells with primary mouse osteoblasts (PMOs), we demonstrated that HO-1 pharmacological induction (hemin treatment) abrogated the diminution of PMOs proliferation induced by PCa cells. No changes were detected in the expression of genes involved in differentiation and bone resorption. However, co-culture of hemin pre-treated PC3 cells with PMOs induced DKK-1 expression in tumor cells and oxidative stress and FoxO signaling in osteoblasts. These findings were confirmed using a co-culture system of PCa cells with calvaria explants. In vivo bone injection of PC3HO-1 cells in the femur of SCID mice produced strong bone remodeling. Heterogeneous HO-1 immunoreactivity was detected in a tissue microarray of human prostate cancer metastasis from castrated resistant patients growing as xenografts in SCID mice. These results suggest that HO-1 is a key regulator of the angiogenic switch in PCa and has the potentiality to modify the bone micro-environment modulating PCa bone metastasis.

"Haces de iones en un plasma focus : Caracterización experimental y mecanismos de emisión" (1994). Márquez, Adriana Beatriz. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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"Haces electromagnéticos espacialmente limitados : estudio vectorial de la dispersión en superficies" (1999). Bonomo, Néstor Eduardo. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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"Hacia una mecánica estadística de los estados cerebrales macroscópicos" (2017-03-31). Haimovici, Ariel. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
Esta tesis estudia la naturaleza de las fluctuaciones espontáneas de la actividad cerebral humana, medida a gran escala. Dichas fluctuaciones se organizan en un repertorio de patrones espacio temporales que se repiten en diversas condiciones, tanto en la ejecución de tareas como en reposo y tanto en el sueño como en la vigilia. La relación entre los "estados físicos", definidos por las interacciones neuronales que forman estos patrones, y los "estados mentales" asociados a cambios en la consciencia, el procesamiento de información y los diferentes procesos cognitivos que realiza el cerebro, es una pregunta abierta y fundamental en la neurociencia. Desde un punto de vista físico, el problema consiste en entender los mecanismos dinámicos responsables de la emergencia de dichos patrones. En este trabajo, usamos herramientas de la mecánica estadística para describir y modelar la actividad cerebral espontánea, en experimentos de resonancia magnética funcional en estado de reposo. Nuestra hipótesis principal es que la complejidad observada se puede entender por analogía a los fenómenos críticos observados en sistemas físicos que presentan una transición de fase de segundo orden. En el caso particular del cerebro, con sus cientos de miles de millones de neuronas interactuando, resulta importante determinar qué relación existe entre la complejísima estructura de conexiones y la dinámica colectiva que de ellas emerge. Aquí abordamos este problema mediante la construcción de un modelo híbrido basado en conexiones axonales empíricas y una dinámica de masas neuronales. Desde el punto de vista de la neurociencia, la pregunta más interesante está relacionada con la naturaleza funcional de los patrones espacio temporales observados. Es decir, tratar de entender la relación entre los estados físicos y los estados mentales mencionados previamente. En este trabajo presentamos una conexión entre ambos niveles de descripción al estudiar los cambios en la dinámica cerebral de sujetos al quedarse dormidos. De esta manera exploramos la hipótesis de que el origen neurobiológico de las uctuaciones espontáneas de la actividad esté relacionado con cambios en el estado de vigilia de los sujetos. Tanto en la neurociencia como en cualquier disciplina que estudie sistemas complejos, el problema de modelado tiene una dificultad inherente y es que, dada la alta dimensionalidad del sistema, los datos experimentales se encuentran inevitablemente subsampleados. Por este motivo, resulta necesario definir representaciones reducidas del sistema que al mismo tiempo resulten informativas. En esta tesis incluimos una discusión teórica sobre este problema general, usando elementos de la teoría de la información para cuantificar la relevancia de distintas representaciones de los datos experimentales y su relación con la hipótesis de criticalidad.

Abstract:
In this thesis we study the nature of spontaneous large scale fluctuations of human brain activity. These fluctuations are organised into a set of spatiotemporal patterns that emerge in different conditions, such as during a task or at rest, and during wakefulness and sleep. The relationship between the "physical states" of the brain, dfined by the interacting neurons forming these patterns, and the 'mental states' associated with changes in consciousness, information processing and cognitive processes, is a fundamental open question in neuroscience. From a physicist point of view, the problem lies in understanding the dynamical mechanisms responsible for the emergence of the aforementioned patterns. We approach this problem using tools from statistical mechanics to describe and model the spontaneous fluctuations of brain activity, measured with functional magnetic resonance imaging (fMRI) in resting state experiments. Our main hypothesis is that the observed complexity can be explained by analogy with critical phenomena, known in physical systems undergoing a second order phase transition. In the particular case of the brain, with its hundred billion neurons interacting, it is important to determine the relationship between the complex structure of connections and the collective dynamics that emerge from them. Here we study this using a hybrid model based on an empirical structure of axonal connections and neural mass dynamics. From the point of view of neuroscience, the most interesting question is related to the functional nature of the observed spatiotemporal patterns. That means understanding the relation between the aforementioned physical and mental states. In this work we present a connection between both levels of description by studying the changes in the brain dynamics when subjects fall asleep. In this way we explored the hypothesis that the neurobiological origin of spontaneous activity fluctuations is related with changes in the state of sleep or wakefulness of the subjects. In neuroscience as in any other complex system science, the problem of building models from the data has a fundamental difficulty which comes from the fact that complex systems are extremely high dimensional and therefore the relevant variables for their description are usually strongly under sampled in the experiments. Thus, in order to get a meaningful model one has to find reduced representations while keeping relevant information about the system. We discuss a general framework to choose between different representations of the limited data, using information theoretical measures to quantify their relevance, and analyse how this affects the hypothesis of criticality.

"Hembras hetero y homogaméticas en el roedor cricétido Akodon azarae : Su desempeño reproductivo y mantenimiento en condiciones de laboratorio" (1991). Espinosa, María Beatriz. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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"Herencia de la reproducción apomíctica e identificación de marcadores moleculares ligados al carácter en Paspalum notatum" (2001). Martinez, Eric Javier. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
La manipulación de la apomixis, reproducción asexual por medio de semillas, puede tener un gran impacto en la agricultura. La apomixis es el modo principal de reproducción en Paspalum notatum, una gramínea forrajera nativa de América Central y del Sur. Los citotipos diploides son sexuales mientras los tetraploides son apomícticos. Los objetivos de este trabajo fueron estudiar el control genético de la apomixis e identificar marcadores moleculares ligados al carácter. Se generaron progenies F1, F2s y retrocruzas a partir de un cruzamiento original entre una planta tetraploide 100 % sexual con una apomíctica obligada. Las progenies fueron clasificadas en sexuales o apomícticas mediante la observación directa de sacos embrionarios en 60 óvulos por cada planta. Las plantas que poseían únicamente sacos meióticos fueron consideradas sexuales, mientras que se clasificó como apomíctica a aquella que tenia sacos apospóricos. En todos los cruzamientos sexuales X apomícticos la segregación fenotípica fue cercana a 3:1 (sexuales:apomícticas). La autopolinización de plantas F1 sexuales y los cruzamientos entre ellas, siempre dieron origen a descendientes sexuales. Estos resultados no se ajustan a un modelo Mendeliano clásico para una herencia de tipo tetrasómica y con control monogénico. Es probable que algún mecanismo de distorsión gamética o genotípica provoque la muerte de algunas gametas o genotipos que condicionan para apomixis. El análisis de segregantes en grupos (Bulked Segregant Analysis) fue usado para identificar marcadores de RAPD, AFLP y RFLP asociados con la apomixis. Diez plantas fueron incluidas en cada uno de los grupos (S y A). Se probaron cuatrocientos iniciadores de RAPD y se utilizaron 10 combinación de pares de oligonucleótidos de AFLP. Se ensayaron 77 sondas de RFLP de maíz y arroz. Dos marcadores RAPD,2 de AFLP y 2 RFLP mostraron diferencias entre los grupos. Todos fueron específicos del padre y del grupo apomíctico. El análisis de segregación en una población de 175 individuos F1 para RAPD, 100 para AFLP y 132 para RFLP, mostró un ligamiento completo entre el locus Apo y los seis marcadores moleculares descubiertos. El locus de la apomixis fue encontrado relacionado con el extremo distal del brazo largo del cromosoma 12 de arroz. Los marcadores moleculares confirmaron que el carácter posee un control monogéneico y es dominante sobre la sexualidad, pero la segregación también mostró distorsión de las proporciones Mendelianas esperadas.

Abstract:
Manipulation of apomixis, asexual reproduction by seeds. may have a great impact in agriculture. Apomixis is the main mode of reproduction of Paspalum notatum. a forage grass native to Central and South America. Diploid cytotypes are sexual while tetraploids are apomictic. The objectives of this work were to study the genetic control of apomixis and the identification of molecular markers linked to the trait. F1, F2s and backcrosses were generated by crossing a 100 % sexual tetraploid plant with an obligated apomictic one. The progeny was classified in sexual or apomictic individuals by direct observation of embryo sacs in 60 clarified ovaries for each plant. Sexual plant was considerate that only had meiotic embryo sacs, while apomictic plant that had aposporous embryo sacs. The segregation in all crosses of sexual x apomictic plants was close to 3:1 (sexual:apomictic). Self-pollination of sexual F1 plants and crosses between two F1plants gave always origin to 100 % sexual offsprings. Taking in account tetrasomic inheritance. these results do not adjust to a classic Mendelian model for monogenic inheritance. It is probable that some mechanisms of gametic or genotype distortion cause the death of some gametes or genotypes conditioning apomixis. Bulked segregant analysis was used to identify RAPD, AFLP and RFLP markers associated with the trait. Ten plants were included in each group (sex, apo). Four hundred RAPD primers and 10 pairs of oligonucleotides for AFLP were tested. 77 RFLP probes of maize and rice were evaluated as well. Two RAPD, 2 AFLP and 2 RFLP markers showed differences between the groups. All markers resulted specific to the apo group and were present in the apo parent. Linkage analysis performed using 175 individuals with RAPD, 100 with AFLP and 132 with RFLP showed complete association between the apo locus and the six molecular markers detected. The apo locus is related with the telomeric region of the long arm of rice chromosome. Molecular markers confirmed that apo locus have a monogenic control and is dominant over sexuality, but the segregation also showed distortion from the expected Mendelian proportions.

"Herencia y efectos demográficos de la resistencia a deltametrina en Triatoma infestans" (2012). Germano, Mónica Daniela. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
Triatoma infestans es un insecto de alta importancia sanitaria en Latinoamérica debido a su rol como vector de la enfermedad de Chagas. Este insecto es controlado mediante el rociado de las viviendas con insecticidas. A partir de las década de 1980, las medidas de control se focalizaron en el uso de la deltametrina, un insecticida de alta efectividad triatomicida y baja toxicidad en humanos. Sin embargo, a fines de la década de 1990 se detectaron fallas de control que fueron correlacionadas con una disminución de la efectividad del compuesto en las poblaciones de insectos. El desarrollo de resistencia a deltametrina fue detectado en diferentes localidades de Argentina y Bolivia, y durante los primeros años de la década 2000 ha sido causal de la disminución de la efectividad de los rociados con deltametrina. En este trabajo de tesis se determinó el alcance de la zona resistente en las provincias de Salta, Santiago del Estero y Chaco. Se evaluaron distintas localidades en cada provincia y se demostró que existen poblaciones de vinchucas con alto y mediano grado de resistencia, como así también prevalecen las áreas con T. infestans susceptibles a la deltametrina. Con el fin de determinar la posible reversión de la resistencia a deltametrina, resultó de interés determinar el modo de herencia de la resistencia a deltametrina en T. infestans. Se condujeron cruzamientos recíprocos de insectos susceptibles y resistentes, y se evaluó el grado de resistencia en la descendencia. Se demostró que la resistencia a este insecticida se hereda de manera autosómica y semidominante, y que se trata de un carácter determinado por al menos un gen mayoritario. Además, se evaluó la respuesta a la deltametrina en generaciones sucesivas de T. infestans resistentes, y se determinó la estabilidad de esta característica en poblaciones de campo y laboratorio. Mediante el uso de bioensayos se determinó la toxicidad de la deltametrina en los distintos estadios de desarrollo de T. infestans. Este ensayo demostró que la cantidad de insecticida necesario para eliminar al cincuenta por ciento de los insectos de una población susceptible aumenta con el estadio, y que la ninfa V es el estadio más tolerante al tratamiento químico. Por otra parte, se verificó que la resistencia a la deltametrina se expresa en todos los estadios de desarrollo. Además, se verificó que la ninfa V representa el estadio más resistente al insecticida en estudio, en comparación con la cepa susceptible. La confección de una tabla de vida permitió determinar las variaciones en el ciclo de vida del vector, en relación a la expresión de la resistencia. La evaluación de la duración de los estadios permitió demostrar que existen diferencias significativas entre la duración de los estadios II, III y V de las cepas susceptible y resistente. La mayor contribución a las diferencias estuvo dada por la duración de la ninfa V, la que presentó una duración significativamente mayor en la cepa resistente. Estos resultados sugirieron que la ninfa V ocupa un lugar clave en la estructura de las poblaciones resistentes a insecticidas mediante un mecanismo doble de resistencia: un alto grado de resistencia toxicológica, y un posible comportamiento de letargo de desarrollo asociado al refugio de la aplicación de insecticida. Además, la estructura poblacional fue evaluada mediante la confección de una matriz poblacional de estadios para las cepas susceptible, resistente, y sus cruzas recíprocas. La proyección de esta matriz demostró una menor tasa reproductiva en las cepas resistentes, en relación a la susceptible. El análisis prospectivo y retrospectivo de los parámetros poblacionales demostró que la causa fundamental de las diferencias en la tasa de crecimiento está asociada a una importante disminución de la fecundidad de las hembras resistentes. Además, se detectó una fuerte contribución de la duración de la ninfa V en este estadio, posiblemente debido a su asociación directa con la muda al estadio reproductivo. Los resultados de este trabajo de tesis indican que la resistencia a la deltametrina está presente en las provincias de Salta y Chaco. Además, se demuestra que es posible el cruzamiento entre insectos de zonas distantes geográficamente, y que el cruzamiento entre insectos susceptibles y resistentes genera una disminución amplia del grado de resistencia. Sin embargo, se observa que existen diferencias reproductivas entre las poblaciones susceptibles y las resistentes a deltametrina. Estas diferencias podrían estar asociadas a la resistencia a deltametrina y manifestarse no sólo con una menor fecundidad, sino como un cambio en la estructura poblacional y las tasas de muda al estadio adulto.

Abstract:
T. infestans is an insect of sanitary importance due to its role in Chagas disease transmission in Latin America. This insect is currently controlled by the use of chemical compounds for house impregnation. Since 1980s, deltamethrin has been the main compound used for its control because of its high triatomicidal action and its low human toxicity. However, campaigns have started to decrease in success since the end of the 1990s, when the development of resistance started to affect its effectiveness in Argentina and Bolivia. In this thesis the spread of deltamethrin resistance was evaluated. It was determined that its range includes Salta and Chaco provinces, where both high and moderated levels of resistance were determined. However, no resistance to this compound was found in Santiago del Estero populations. With the aim of determining a possible reversion of resistance, the way that this character is inherited was evaluated by conducting reciprocal crosses between susceptible and resistant insects. This assay demonstrated that resistance to the insecticide is produced by at least one main gene, and that it is inherited semi‐dominantly. Also, it demonstrated that there are no mother effects affecting resistance. The evaluation of deltamethrin toxicity in successive generations of resistant field and laboratory populations showed that the levels of resistance are not reversed after several years without chemical treatment. Through the use of bioassays the doses necessary to treat each of development stage were evaluated. Lethal doses for eliminating fifty percent of susceptible insects were determined to increase with the age of the insect. Moreover, resistance was expressed in all of the development stages. In fact, both the most tolerant, and the most resistant stage was the fifth nymph. A life table analysis was performed. The length of each stage was determined, and compared between the susceptible and the resistant colonies, including progeny of reciprocal crosses. The length of each development stage was compared, and the result indicated that there are significant differences between the susceptible and resistant colonies, when considering the second, third, and fifth nymph. In particular, the fifth nymph represented the major contribution to the differences between the colonies. The fact that this stage was the most tolerant to deltamethrin and that it represented the major difference between the colonies suggested that it plays a major role in the development of resistance, through two possible mechanisms: the toxicological change in response, and an ecological response related to avoidance of insecticide and possible developmental delays. In addition, life table information was analyzed using a stage structured population model. The population matrix was projected in time and it was determined that the resistant population shows a smaller intrinsic rate of increase. This difference was also detected for the reciprocal crosses progeny, which suggested that the decrease in reproductive success was associated to resistance, although not strictly to the degree of resistance. Prospective and retrospective analysis established that the main cause for this decline in the rate of increase was a lower fecundity of the resistant colony. In addition, the delay in moulting detected for the fifth nymph represented an important contribution to the differences between the colonies, possibly related to the delay in entering the reproductive state. The results presented in this thesis show that deltamethrin resistance is present in Salta and Chaco provinces. Moreover, they demonstrate that insects from distant geographical areas can reproduce effectively, although the crossing of susceptible and resistant insects importantly decreases the level of resistance. On the other hand, it was demonstrated that susceptible and resistant T. infestans present differences in their reproductive output. These differences could be related to deltamethrin resistance and be expressed not only as a fecundity decrease but also as a change in the population structure and rates of moulting to the adult stage.

"Herramientas bioinformáticas para el análisis estructural de proteínas a escala genómica" (2017-03-10). Radusky, Leandro Gabriel. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
El desarrollo de herramientas computacionales para el cálculo y análisis de datos se encuentra actualmente en constante expansión en diferentes campos de la ciencia, particularmente en el campo de las ciencias de la vida, donde la cantidad de datos disponibles, generados por nuevas técnicas experimentales convierte en fundamental la implementación de técnicas computacionales para el análisis y manejo de datos y su transformación en conocimiento. En este sentido, focalizándose en el campo de la bioinformática estructural de proteínas y la quimioinformática, nos hemos concentrado en la generación de herramientas y aplicación de las mismas en problemas relacionados con la salud humana. El presente trabajo de tesis tiene como primer objetivo proponer nuevos procedimientos para el descubrimiento de blancos proteicos relevantes en organismos bacterianos, usando como caso de estudio Mycobacterium tuberculosis . El segundo objetivo de esta tesis es el de, seleccionado el blanco proteico dentro de un genoma de interés, estudiar cuáles son las características que debiera cumplir una molécula para tener buenas probabilidades unirse a dicho blanco y a partir de la misma proponer posibles ligandos derivados de bases de datos de compuestos. El tercer objetivo de esta tesis es poder comprender y predecir cuáles serán los efectos en la función de una proteína determinada (potencialmente cualquiera que sea de interés del usuario) de mutaciones no sinónimas que se produzcan en su secuencia. Los tres objetivos han sido abordados desde un punto de vista computacional y todos los métodos desarrollados pueden considerarse herramientas i nsilico. Más allá de su aplicación en organismos o proteínas puntuales como casos de estudio, todos los desarrollos pueden ser extendidos y reutilizados de manera directa y automática sobre otros organismos o proteínas. Los resultados obtenidos han sido validados contra la literatura existente, permitiendo reproducir resultados experimentales y/o manualmente curados de una manera automática, lo que supone una reducción de tiempo y recursos en los procesos en los que estas herramientas están involucradas.

Abstract:
The development of computational tool for data calculation and analysis is actually in constant expansion through the different fields of science, particularly in the field of the life sciences, where the amount of available data produced by novel experimental techniques makes indispensable the implementation of computational techniques to handle and analyze the data and its transformation into knowledge. In this sense, focusing in the field of the protein's structural bioinformatics and the cheminformatics, we concentrated our efforts in building tools and apply them in problems related to human health. The present thesis work has as first objective to propose novel procedures to discover relevant protein targets in bacterial organisms, using as case of study Mycobacterium tuberculosis . The second objective of this thesis is to, once selected the protein target within a genome, to study which are the properties that a molecule has to fulfill to have good chances of binding to this target, and based in it to propose possible ligands derived from a compound database. The third propound objective is to comprehend and predict which will be the effects in the protein function (potentially any protein of user interest) of nonsynonymous mutations produced in their sequence. All the three objectives has been addressed from a computational point of view and all the developed methods can be considered in-silico tools. Besides of its application in punctual organisms or protein targets as cases of study, all this developments can be extended and reused in a direct manner over other organisms/proteins. The obtained results has been validated against the existent literature, allowing to reproduce experimental and/or manually curated results in an automatic way, which supposes a saving of time and resources in the processes where this tools are involved.

"Herramientas bioinformáticas para la predicción y análisis de estructuras de proteínas: de genomas a motivos estructurales" (2016-03-18). Lanzarotti, Esteban. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
Durante la última decada, varios estudios han mostrado que la anotación automática de genomas resuelve muy bien el problema de recuperar informaci ón a partir de una secuenciación. A su vez, esto favoreció el crecimiento desmedido en la cantidad de genomas depositados en bases de datos que poseen una anotación automática, para los cuales se volvería imposible realizar experimentos sobre cada uno de los genes presentes en éstos genomas de manera de mejorar el conocimiento disponible. Es por esto que, obtener una estructura molde para construir un modelo 3D de una determinada secuencia, es una herramienta poderosa para entender las funciones de las proteínas. Una vez modelada la estructura, las interacciones presentes en ella aportan información de la función proteica. En esta tesis desarrollamos un pipeline bioinformático que a partir de la secuencia de un genoma bacteriano puede identificar las regiones codificantes, anotar su función y computa diversas propiedades de las proteínas codificadas. En una segunda etapa desarrollamos un pipeline de predicción de estructura secundaria y terciaria de proteínas que se integró con el sistema anterior. Finalmente, mediante el desarrollo de una base de datos de interacciones de amino ácidos basada en el PDB, estudiamos en detalle las interacciones aromáticas. Los anillos aromáticos forman clusters de interacciones que tienen particularidades que difieren según hayan sido encontrados en el interior de las proteínas o regiones de interacción proteína-ligando o interfaces de interacción proteína-proteína.

Abstract:
During the last decade, numerous studies have shown that automatic genome anotation performs quiet well in solving the problem of information retrieval from sequenced genomes. Also, this has favored an excesive growth of deposited (automatically) anotated genomes, which is imposible to design experiments over each of these genes present in each genome in order to improve the available knowledge. For this reason, obtaining a template structure to build a 3D model for a fixed sequence, is a powerful tool to understand protein functions. Once obtained the structure, the interactions involved in it, bring information about protein function. In this thesis we developed a bioinformatic pipeline which from a genomic sequence, identifies coding regions, anotates their functions and computes diverse properties. In a second stage, we developed a pipeline for prediction of protein secondary and tertiary structure, which was integrated to the previous system. Finally, by developing a structural database of amino acid interactions based ob PDB, we studied in detail aromatic interactions. Aromatics clusters have features that difer according they have been found i) in the core of the protein, ii) in small ligand binding regions and, iii) protein-protein interaction interfaces.

"Herramientas sintéticas para la caracterización de galactofuranosiltransferasas y galactofuranosidasas. Glicosidaciones via ioduros de D-galactofuranosilo" (2012-03-23). Baldoni, Luciana. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
La síntesis de oligosacáridos y glicoconjugados con unidades de Dgalactofuranosa (D-Galf) es un área de investigación activa, ya que dicho azúcar se encuentra en glicoconjugados de bacterias, hongos y parásitos, muchos de ellos patógenos, y no se presenta en eucariotas superiores. Dado que en muchos casos se ha demostrado que las unidades de D-Galf son esenciales para la supervivencia o virulencia de los microorganismos mencionados, los glicoconjugados y oligosacáridos sintéticos que contienen D-Galf son herramientas valiosas para la elucidación de los mecanismos de acción de las enzimas relacionadas con la glicobiología de este azúcar, y para la identificación y el diseño de nuevos agentes terapéuticos. Sin embargo, a pesar de las diversas estrategias que se han desarrollado para la obtención de precursores de D-Galf y de los distintos métodos de glicosidación descriptos para la síntesis de oligogalactofuranósidos, aún es necesario el desarrollo de nuevos precursores de estas unidades, de donores de galactofuranosilo y de nuevas metodologías de glicosidación eficientes. En este trabajo de Tesis, se desarrolló la síntesis de per-O-tert-butildimetilsilil-β-Dgalactofuranosa como un nuevo precursor de unidades de D-galactofuranosilo, y se estudió la reacción de O-glicosidación de este derivado por activación in situ como ioduro de glicosilo, constituyéndose en la primera referencia en la literatura sobre el uso de ioduros de D-Galf. Se evaluó la eficiencia de este método de glicosidación para la obtención de diferentes precursores de disacáridos de relevancia biológica. Posteriormente, se extendió el estudio de la reacción de glicosidación de per-Otert- butildimetilsilil-β-D-galactofuranosa via ioduro de glicosilo a la síntesis de C- y Sglicósidos y de derivados nitrogenados, y se investigó la reacción de glicosidación via ioduros a partir de donores peracilados.

Abstract:
The synthesis of D-galactofuranose (D-Galf) containing oligosaccharides and glycoconjugates is an area of active investigation, since this sugar is present in glycoconjugates of bacteria, fungi and parasites, many of them pathogenic, but is absent in higher eukaryotes. Given the fact that in many cases the D-Galf units are essential for the survival or virulence of the mentioned microorganisms, synthetic D-Galf containing oligosaccharides and glycoconjugates are valuable tools for the elucidation of the action mechanisms of the enzymes related to the glycobiology of this sugar, and for the identification and design of new therapeutic agents. However, despite the varied strategies developed for obtaining D-Galf precursors and the several glycosylation methods described for oligogalactofuranosides synthesis, it is still necessary to develop new precursors of these units and of galactofuranosyl donors, as well as new efficient glycosylation methodologies. In this Thesis, the synthesis of per-O-tert-butyldimethylsilyl-β-D-galactofuranose as a new precursor of D-galactofuranosyl units has been developed, and the Oglycosylation reaction of this derivative activated in situ as glycosyl iodide has been studied. This is the first time that this rather unstable intermediate is employed in glycosylation reactions. The efficiency of the glycosylating method for obtaining different precursors of disaccharides of biological relevance has been evaluated. The study of the glycosylation reaction of per-O-tert-butyldimethylsilyl-β-Dgalactofuranose via galactofuranosyl iodide has been extended to C- and S-glycosides and nitrogenated derivatives synthesis, and the glycosylation reaction via iodides from peracylated donors has been investigated.

"Herramientas sintéticas para la caracterización de glicofuranosidasas. Desoxigenación fotoinducida por transferencia electrónica en derivados de hidratos de carbono" (2010). Bordoni, Andrea Verónica. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
La desoxigenación de alcoholes es una transformación importante en síntesis orgánica, especialmente en el área de la química de productos naturales. Desde su desarrollo en 1975, el método de desoxigenación de Barton-McCombie ha sido muy utilizado. Sin embargo, esta estrategia involucra el uso hidruros de estaño, los cuales son tóxicos, costosos y difíciles de eliminar. Por este motivo, es deseable el desarrollo de procedimientos alternativos, libres de hidruros metálicos. En este trabajo de Tesis, se estudió una reacción por transferencia electrónica fotoinducida (PET) para la reducción de grupos hidroxilos en posición-alfa a carbonilos de grupos ésteres y lactonas. La eficiencia de esta reacción reside en la estabilización del radical intermediario producto de la ruptura homolítica de dicho hidroxilo, derivatizado adecuadamente. La desoxigenación PET se utilizó como reacción clave en la síntesis de 2-desoxi y 5-desoxiazúcares. La glicobiología de D-Galf es un tema de gran interés ya que éste azúcar únicamente se encuentra en glicoconjugados de bacterias, protozoarios y hongos, muchos de ellos patógenos, mientras que en mamíferos se presenta sólo en configuración piranósica. Por lo tanto, la caracterización de las enzimas relacionadas con la biosíntesis y el metabolismo de D-Galf son consideradas blancos importantes para el desarrollo de agentes terapéuticos. En este contexto, los 5-desoxigalactofuranósidos sintetizados fueron evaluaron como sustrato y/o inhibidores de la exo beta-D-galactofuranosidasa de Penicillium fellutanum, y mostraron que la ausencia de HO-5 disminuye drásticamente la interacción con la enzima. Por otro lado, se desarrolló una secuencia muy directa para la síntesis de galactofuranósidos marcados radioactivamente, como herramientas sensibles para la detección de alfa- y beta-D-galactofuranosidasas.

Abstract:
The deoxygenation of alcohols is an important process in organic synthesis, especially in the area of natural product chemistry. Since its development in 1975, the Barton-McCombie deoxygenation method has been widely employed. However, this procedure involves the use of organotin compounds, which are toxic, expensive and difficult to remove. Therefore, the development of alternative procedures avoiding the use of metal hydrides is a desired achievement. In this Thesis, a photoinduced electron-transfer (PET) reaction for the reduction of hydroxyl groups vicinal to the carbonyl functions of lactones or esters is studied. The effectiveness of this reaction relies on the stabilization by the vicinal carbonyl group of the intermediate radical formed by homolytic the cleavage of the hydroxyl group, conveniently derivatized. The PET deoxygenation was employed as key step in the synthesis of 2-deoxy- and 5- deoxy sugars. The glycobiology of D-Galf is a topic of great interest since its presence is restricted to glycoconjugates of bacteria, protozoa and fungi, many of them patogenic, whereas in mammals is found only in the pyranose form. Therefore, the enzymes involved in the biosynthesis and metabolism of D-Galf are considered important targets for the development of therapeutic agents. In this framework, the 5-deoxy galactofuranosides synthetized were evaluated against the exo beta-D-galactofuranosidase from Penicillium fellutanum, showing that the absence of HO-5 drastically diminishes the affinity for the enzyme. In addition, a straightforward procedure for the synthesis of radiolabeled galactofuranosides, as sensitive tools for detection of alfa- and beta- galactofuranosidases, was developed.

"Heteroanálogos de esteroides naturales bioactivos : Síntesis de 6-oxapregnanos" (1998). Nicoletti, Daniel. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
Se describen las síntesis estereoselectivas de 6-oxapregnanos con fusión de anillos A/B cis y trans. Como material de partida se utilizó un 5,6-seco-6-norpregnano funcionalizado en C-l9, facilmente obtenible por ruptura de un 5,6-diol esteroidal con OHg/iodo en presencia de luz. Los oxapregnanos con fusión A/B cis se obtuvieron por ciclación reductiva de la unidad de delta-iodocetona presente en el secoesteroide (un 7-iodo-5-cetopregnano) con borohidruro de sodio, mientras que la fusión A/B trans se logró por ciclación oxidativa a través de un iodoso derivado generado in situ con ácido m-cloroperbenzoico. Los 6-oxaesteroides resultantes, funcionalizados en C-l9, fueron convertidos en los análogos 10-metilo mediante la reacción de desoxigenación de Barton-McCombie y posteriormente convertidos en los 6-oxa-análogos de hormonas esteroidales naturales y de neuroesteroides. La obtención de 3alfa-hidroxi-6-oxapregnanos se logró en la serie A/B cis por reducción estereoselectiva de un 3-ceto-derivado con un hidruro impedido (tri-t-butoxihidruro de aluminio y litio), mientras que en la serie A/B trans se utilizó la reacción de Mitsunobu sobre el 3-beta-alcohol. La reacción de formación de iodoso-derivados se aplicó tambien a l8-iodo y 20-iodopregnanos los cuales dieron lugar a reacciones de reordenamiento tipo Wagner-Meerwein y de sustitución (solo 20alfa-iodopregnanos) por un mecanismo concertado y/o através del carbocatión.

Abstract:
Stereoselective syntheses of 6-oxapregnanes with cis and trans A/B ring fusion are described. A 5,6-seco-6-norpregnane functionalized at C-l9 was used as starting material; this compound is readily available by photochemical cleavage of a steroidal 5,6-diol with HgO/iodine. The A/B cis fused oxapregnanes were obtained by reductive cyclization of the delta-iodoketone moiety present in the secosteroid (a 7-iodo-5-ketopregnane) with sodium borohydride, while the A/B trans fused compounds were obtained by oxidative cyclization via an iodoso derivative generated in situ with m-chloroperbenzoic acid. The resulting 6-oxasteroids, functionalized at C-l9, were converted into the 10-methyl analogs using the Barton-McCombie deoxygenation reaction and subsequently transformed into 6-oxa-analogs of natural steroid hormones and neurosteroids. 3alpha-Hydroxy-6-oxapregnanes in the A/B cis series were obtained by stereoselective reduction of a 3-keto derivative with a hindered hydride (lithium aluminum tri-t-butoxyhydride), while in the A/B trans series the Mitsunobu reaction was used on a 3beta-alcohol. The formation of iodoso derivatives was applied to 18-iodo and 20-iodopregnanes, which gave Wagner-Meerwein type rearrangements and substitution reactions (only 20alpha-iodopregnanes) by concerted mechanism or via the carbocation.

"Heterogeneidad celular en carcinomas mamarios humanos" (1997). Ballaré, Cecilia J.. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
Dos objetivos principales fueron planteados en este trabajo: 1) investigar la heterogeneidad celular en carcinomas mamarios humanos, caracterizando distintas subpoblaciones celulares respecto a proliferación y expresión de diversos marcadores tumorales; 2) obtener anticuerpos monoclonales (AMC) contra estos tumores, con propiedades citotóxicas, que reconozcan células indiferenciadas, de alto potencial proliferativo. Los estudios de heterogeneidad celular fueron realizados utilizando muestras tumorales humanas, la proliferación evaluada mediante incorporación de Timidina y marcadores por inmunohistoquímica. Los resultados permitieron establecer una secuencia de expresión de marcadores a medida que progresa la diferenciación celular y disminuye la capacidad proliferativa. Pudieron identificarse marcadores asociados a distintas etapas de la diferenciación (NCA90, receptor estroncio, receptor de progesterona, TAG72, CaMBr1, CEA) y otros que comienzan a expresarse en células indiferenciadas, altamente proliferativas, y continuarían durante todo el proceso de diferenciación (Ag2.15, PEM). Se investigaron también las propiedades del AMC FC-2.15 (anti-Ag2.15) desarrollado utilizando como inmunogeno un carcinoma mamario humano indiferenciado. FC-2.15 presento una potente citotoxicidad contra células Ag2.15+ mediando lisis por complemento humano, reconocio un antígeno presente en membrana plasmática en alta densidad (2,8x10 6 /célula) y fue lentamente internalizado. Los resultados presentados en este trabajo sugieren que FC-2.15 podría ser útil en inmunoterapia de pacientes con neoplasias Ag2.15+.

Abstract:
The main purposes of this study were: 1) to investigate the cell heterogeneity in human breast cancer and characterize the different cell subpopulations with regard to proliferation and expression of tumor markers; 2) to obtain monoclonal antibodies (MAb) against these tumors which recognize highly undifferentiated (stem) cells, and mediate specific cytotoxicity. Cell heterogeneity was studied in human tumor samples, proliferation was evaluated by thymidine incorporation and markers by immunohistochemistry. According to the results, it could be defined a regular sequence of marker expression as cell differentiation proceeds and proliferation decreases. Some markers were identified which are expressed in different stages of the differentiation pathway (NCA90, estrogen receptor, progesterone receptor, TAG72, CaMBr1, CEA). Conversely, the expression of other markers (Ag2.15, PEM) would start in undifferentiated-highly proliferative cells and remain throughout the whole differentiation process. It was also investigated the properties of MAb FC-2.15 (anti-Ag2.15) generated using an undifferentiated human breast carcinoma as immunogen. Results showed that FC-2.15 exhibits strong human complement-mediated cytotoxicity against Ag2.15+ cells. It recognizes a high-density antigen (2.8x10 6/cell) in the cell membrane and is slowly internalized. The results obtained in this study suggest that FC-2.15 could be a useful agent for passive immuntherapy.

"Hidratos de carbono en Cyttaria harioti Fischer : Determinación de la estructura de un Pululano. Estudio de azúcares simples, aislamiento e identificación de ácido D-arabino hexulosónico y alfa, alfa-D-trehalosa" (1977). Waksman, Noemí Herminia. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
El presente trabajo tuvo por objeto continuar con el estudio de la composición en Hidratos de Carbono de Cyttaria hariati Fischer. Se encuentra dividido en varias partes: 1) Una descripción de los hongos del género Cyttaria, así como un detalle de los trabajos químicos realizados sobre la única especie hasta el momento estudiada: Cyttaria harioti Fischer. 2) Se mencionan los distintos tipos de glucanos aislados de hongos y levaduras, clasificando los mismos de acuerdo al tipo y configuracidn de sus uniones glucosídicas. 3) Se resumen los principales métodos enzimáticos usados para el análisis de polisacaridos, haciendo especial mención de las enzimas amilolíticas. 4) Se menciona brevemente la química y bioquímica de la trehalosa así como sus fuentes de extracción. 5) Se describe la identificación y determinación cuantitativa de alfa,alfa-D-trehalosa y ácido D-arabino hexulosónico en un extracto acuoso del hongo. Se caracterizó la trehalosa por sus propiedades físicas (punto de fusión y poder rotatorio), por las propiedades físicas de su octaacetato y por el Tr en c.g.l. Por hidrólisis cuantitativa con trehalasa se calculó que su porcentaje en el hongo está entre 0.22 y 0.30%. El cetoácido se caracterizó a través de los productos resultantes de su reducción y posterior lactonización. Se determinó que su porcentaje en Cyttaria harioti Fischer es del 1%. Cabe aclarar que es esta la primera vez que se aisla ácido D-arabino hexulosónico libre de un producto natural. 6) Se detallan los métodos empleados en la elucidación de la estructura de un polisacárido aislados de Cyttaria harioti Fischer junto con una discusión de los resultados obtenidos. Dicho polisacárido se aisló por precipitación con etanol de un extracto acuoso de Cyttaria harioti Fischer, luego de eliminar el heteropolisacárido estudiado anteriormente. El producto obtenido entre 41 y 46% de etanol se purificó hasta constancia de poder rotatorio + 171 ( H2O). Se observaba un solo pico simétrico por ultracentrifugación y precipitaba de su solución acuosa en un estrecho rango de concentración etanólica, evidencias ambas de su homogeneidad. El grado de polimerización era 246 considerando que la unidad terminal está unida a través del 0 al C-4. Por hidrólisis ácida total se obtuvo solamente glucosa y con amiloglucosidasa la hidrólisis fue cuantitativa. La hidrólisis ácida parcial daba principalmente isomaltosa junto con maltosa, maltotriosa y oligosacáridos mayores. La acetólisis proporcionaba mayor proporción de maltosa y maltotriosa. Esto confirmaba la presencia de uniones alfa-D-( 1→4) y alfa-D-( 1→6) en el glucano. El polisacárido se hidrolizaba sólo un 8% con alfa amilasa, mientras que con pululanasa se obtenía un poder rotatorio correspondiente a 32- 33%. La cromatografía en papel del hidrolizado con pululanasa mostraba un único componente de Rg= maltotriosa. Esta fue posteriormente caracterizada por sus propiedades físicas (punto de fusión, poder rotatorio, espectro de resonancia magnética nuclear) y las de su acetato. Cuando la hidrólisis con pululanasa se detuvo en un paso intermedio, se aislaron oligosacáridos consistentes en residuos de maltotriosas unidas a través del 0-6. Por estos resultados se postuló que el glucano era estructuralmente similar al "pululano" aislado de varias cepas de Pullularia pullulans y de Tremella mesenterica y que contenía una cadena principal consistente en residuos de maltotriosas unidas por el 0 del C-6 (unión alfa). Los estudios de oxidación con IO4- permitieron confirmar estas suposiciones, si bien se encontró 3 - 7% de glucosa sin oxidar lo cual sugiere la posibilidad de que existan uniones 1→3 o ramificaciones. La metilación del glucano dio un producto con 43.8% de OCH3. La hidrólisis del producto metilado permitió identificar 2,3,4,6-tetra-O-Metil-glucosa; 2,3,4 y 2,3,6-tri-O-Metil-glucosa (Cromatografía en papel, c.g.l. y espectros de masas); 2,3-di-O-Metil-glucosa. La determinación cuantitativa de los productos metilados demostró que hay dos puntos de ramificación cada 100 unidades de glucosa y que el exceso de glucosa dimetiladas respecto de la tetrametilglucosa (7%) se puede deber a una submetilación. No se encontró 2,4,6-tri-O-Metil-glucosa que permitiría confirmar la presencia de uniones 1→3. También en el pululano aislado de Pullularia pullulans se encontraron uniones 1→3, así como 2,3-dimetil glucosa entre los productos de metilación e hidrólisis. Es esta la primera vez que se encuentra un pululano intracelular. En la Tabla siguiente se resumen las propiedades de los "pululanos" aislados de Pullularia pullulans, Tremella mesenterica y Cyttaria harioti Fischer.

"Hidrogenación de aceite de maní" (1946). Leiguarda, Alberto. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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"Hiperciclicidad en espacios de funciones holomorfas y pseudo órbitas de operadores lineales" (2015-12-14). Savransky, Martín. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
En esta tesis estudiamos distintos problemas sobre densidad de órbitas de operadores lineales. Un operador lineal se dice hipercíclico si admite una órbita densa. Podemos decir que el centro de atención es el comportamiento de las sucesivas iteraciones de un operador lineal. En otras palabras, se estudian sistemas dinámicos discretos asociados a operadores lineales. En el contexto finito dimensional este problema se puede resolver a través del estudio de la forma de Jordan asociada a una matriz, y los comportamientos son relativamente simples (de ahí que el caos se asocia naturalmente a sistemas no lineales). Sin embargo, en espacios de dimensión infinita los sistemas lineales pueden ser caóticos, ya que aparecen fenómenos nuevos, como por ejemplo la existencia de órbitas densas en todo el espacio. Los primeros ejemplos de operadores hipercíclicos surgieron en el contexto de la teoría de funciones analíticas. Así, en 1929, G. D. Birkhoff probó que para todo aϵC, a≠0, el operador traslación en el espacio de funciones enteras de variable compleja (H(C),τ) con la topología compacto-abierta, Ta : H(C)→H(C) definido por Taf(z)=f(z+a) es hipercíclico, y en 1952, G. R. MacLane , demostró que lo mismo ocurre con el operador de diferenciación en H(C). Estos resultados fueron generalizados por G. Godefroy y J. H. Shapiro en 1991 quienes probaron que todo operador lineal y continuo T : H(C)→H(C) que conmute con las traslaciones y no sea un múltiplo de la identidad es hipercíclico. Esta familia de operadores se conoce por el nombre de operadores de convolución. En esta tesis estudiamos operadores de convolución definidos en espacios de funciones holomorfas sobre espacios de Banach. Así como también damos ejemplos de operadores fuera de la clase de la familia de los operadores de convolución que resultan hipercíclicos. Estos ejemplos se presentan tanto en espacios de funciones holomorfas de finitas variables complejas y también en espacios de funciones holomorfas definidas en espacios de Banach de dimensión infinita. Por otro lado, estudiamos pseudo órbitas de opeadores lineales. Decimos que

Abstract:
In this thesis we study several problems on the density of orbits of linear operators. A linear operator is said hypercyclic if admits a dense orbit. We can say that the spotlight is the behavior of successive iterations of a linear operator. In other words, dynamical systems associated to linear operators are studied. In the finite dimensional context the problem is relatively simple and it can be solved through the canonical Jordan form of a matrix. Hence, chaos is usually associated to non linear systems. However, in infinite dimensional spaces linear operators can be chaotic since new phenomena appears, such as the existence of dense orbits. The first examples of hypercyclic operators came out in the context of analytic functions. Birkhoff in proved that for every aϵC, a≠0, the translation operator on the space of one complex variable functions (H(C),τ) with the compact-open topology, Ta : H(C)→H(C) defined by Taf(z)=f(z+a) is hypercyclic. MacLane in , proved that the same occurs with the derivative operator on the space H(C). Both results were generalized by a remarkable theorem due to Godefroy and Shapiro , who proved that every linear operator that commutes with the translation on H(C^N) and is not a scalar multiple of the identity is hypercyclic. This family of operators is known as the class of (non trivial) "convolution operators". In this thesis we study convolution operators defined on spaces of holomorphic functions on Banach spaces. In addition, we show examples of non convolution hypercyclic operators defined on spaces of holomorphic functions of finite complex variables and also for spaces of holomorphic functions defined on infinite dimensional Banach spaces. On other side, we deal with pseudo orbits of linear operators. We say that

"Histofisiología branquial : respiración, regulación iónica y equilibrio ácido-base en el Cangrejo Chasmagnathus granulata Dana, 1851 (Decapoda, Grapsidae); con notas comparativas en Uca uruguayensis (Nobili,1901)(Ocypodidae)" (1997). Luquet, Carlos Marcelo. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
Se describen, a nivel estructural y ultraestructural, las branquias de Chasmagnathus granulata y Uca uruguayensis, en relación a su participación en los procesos de respiración, regulación iónica y del equilibrio ácido-base, en medios de distinta concentración iónica y durante la respiración acuática y aérea. Las branquias de ambas especies presentan tejido ionoregulador, el cual cambia su ultraestructura como respuesta al cambio de salinidad. Las diferencias anatómicas se discuten en función de la estrategia respiratoria en aire. La regulación de distintas variables respiratorias, iónicas y ácido-base, se estudia por medio de experimentos fisiológicos y bioquímicos, en sumersión y en exposición al aire. Se consideran los cambios en las variables independientes que controlan el pH, pCO2 y SID y la participación de la enzima anhidrasa carbónica. Los posibles ajustes en las funciones cardiorespiratorias en medio acuático y aéreo, se estudian por medio del registro de las frecuencias cardiaca y de batido del escafognatito; en condiciones normales y con inhibición de anhidrasa carbónica.

Abstract:
Branchial Histology and ultrastructure are described in the crabs Chasmagnathus granulata and Uca uruguayensis, in relation to their role in respiration, ion regulation and acid-base balance, during adaptation to different salinities an aerial respiration. Both species show branchial ion-regulation tissue. This tissue changes its ultrastructure in response to changing salinity. The anatomical differences between gills of both species are discussed in relation to aerial respiration strategies. Respiratory, ion-regulation an acid-base variables are studied by physiological and biochemical experiments, under submersion and air exposure. Changes in the independent variables controling pH, pCO2 and SID are analyzed, together with the involvement of the enzime carbonic anhydrase. Possible adjustments in cardiorespiratory functions, in air and water are studied by recording heart and scaphognatite frecquencies; both under normal conditions and inhibition of carbonic anhydrase.

"Historia de vida temprana de la corvina rubia (Micropogonias furnieri, Sciaenidae) en el estuario del Río de la Plata" (2011-07-11). Braverman, Mara S.. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
Se estudiaron las interacciones bio-físicas de los estadios tempranos de corvina rubia en el estuario del plata para entender como toman ventaja de la dinámica estuarina mientras viajan desde el área de puesta a la de cría, durante la transición de larvas plantónicas a juveniles bentónicos. Los análisis usados incluyeron estudios de la distribución espacio-temporal; del crecimiento en busca de marcas de asentamiento en otolitos y del desarrollo relacionado con la metamorfosis y variaciones de la dieta y el nivel trófico. Las muestras y los datos provienen de muestreos verticales estratificados de 3 campañas oceanográficas (2005, 2006 y 2009). Los datos sobre distribución provienen también de una base de datos histórica. Los resultados demuestran que mecanismos de retención mantienen a las larvas y juveniles tempranos de corvina rubia (3-45 mm LE) moviéndose alternativamente a lo largo del frente salino de fondo, mezclando las clases de tallas. Las larvas (<16 mm LE) pasan 30-50 días en el plancton. La metamorfosis y el asentamiento ocurren simultáneamente entre los 9 y 18 mm LE. La dieta cambia significativamente de copépodos a mysidaceos 20 días después del asentamiento (20-22 mm LE). En el marco de una teoría de la ontogenia saltatoria, estos eventos significan la existencia de un umbral en esta etapa de vida de la especie. Respecto de los procesos espaciales, la retención en el frente permitiría a los estadios tempranos de corvina beneficiarse de la acumulación de alimento, estar protegidos contra predadores (alta turbidez) y permanecer cerca de la principal área de cría. La dinámica de este sistema estuarino y la estrategia reproductiva de la especie podrían ser una de las razones de su gran abundancia poblacional.

Abstract:
This study encompasses the bio-physical interactions of whitemouth croaker early life stages living in La Plata estuary to understand how they take advantage of the estuarine dynamics while traveling from spawning to nursery areas and undergoing ontogenetic and associated ecological changes. The analyses used include studies of spatio-temporal distribution length-dependant patterns; growth patterns looking for settlement marks in otoliths and development related to metamorphosis and ontogenetic variations of the diet and trophic level. Samples and data come from vertically stratified samplings from cruises (2005, 2006 and 2009). Distributional data also comes from an historic database. Results demonstrate that retention mechanisms mantain croaker early-life stages (3-45 mm SL) alternatively moving horizontally along the bottom salinity front, mixing the length classes. Planktonic larvae (<16 mm SL) have a life span of 30-50 days. Metamorphosis and settlement occurs simultaneously from 9 to 18 mm SL. The diet changes significantly from copepod to mysids 20 days after settlement (20-22 mm SL). In the context of saltatory ontogeny, these events represent the treshold in the species' early-life history . Regarding spatial processes, retention in the front would allow larvae and early juveniles to benefit from food accumulation in the region; the high turbidity as shelter against predators, and the closeness to the species' reproductive strategy may be the reason of the high population abundance.

"Historias contextuales" (2010). Vanni, Leonardo. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
En la mecánica clásica y en la mecánica cuántica, mediante la noción habitual de traslación temporal, definimos una relación de equivalencia entre propiedades a distintos tiempos, de modo que propiedades temporalmente equivalentes queden reunidas en una unica clase de equivalencia. Estas clases forman nuevas propiedades, y como tales es posible definir entre ellas una relación de orden y las operaciones de conjunción disyunción y negación, lo cual permite organizarlas dentro de un retículo ortocomplementado, pero no necesariamente distributivo en el caso cuántico. Cuando la dinámica es tenida en cuenta, indagamos como este lenguaje de clases habilita una comparación de las descripciones clásicas y cuánticas. En el caso cuántico, la posibilidad de establecer clases de propiedades temporalmente equivalentes, conduce a definir el concepto de historia como una conjunción de clases de propiedades a distintos tiempos, la cual se traduce a la clase obtenida de la conjunción de las propiedades cuando estas son trasladadas a un tiempo común. No obstante, dada una particular evolución temporal, no todas las posibles conjunciones así construidas, permiten una descripción válida en términos de historias. Solo bajo determinada condición sobre las propiedades elegidas a distintos tiempos, las conjunciones entre ellas establecen historias, que como nuevas propiedades, forman los ́tomos de un retículo distributivo, es decir un conjunto de propiedades compatibles con las cuales es posible una descripción legítima que involucre al tiempo. Este retículo forma un contexto, un contexto de historias, o historias contextuales, y determina que es lo está permitido decir sobre propiedades elegidas, para la particular evolución temporal presente. Se analiza y compara este formalismo con el ya conocido de historias consistentes. El nuevo formalismo es aplicado para analizar el experimento de la doble rendija, el interfer ́metro de Mach-Zender, y el proceso de medición.

Abstract:
Both in classical and quantum mechanics, using the notion of time translation, we defined an equivalence relation between properties at different times, either in the classic or quantum case, such that time equivalent properties are included in an single class of equivalence. These classes form new properties, and as such it is possible to define an order relation among them and the operations of conjunction, disjunction and negation. These classes are organized in an orthocomplemented lattice, which is not necessarily distributive in the quantum case. We investigated if this language of classes allows a comparison of the classical and quantum descriptions, when dynamics is considered. In the quantum case, the possibility of establishing classes of temporarily equiv- alent properties, leads to define the concept of history as a conjunction of classes of properties at different times, which is the class of the conjunction of the properties when they are translated at the same common time. However, given a particular temporal evolution, not all the possible con- junctions obtained in this way, allow a valid description in terms of histories. Only under certain condition on the properties chosen at different times, the conjunctions among them establish histories, which like new properties, form atoms of a distributive and orthocomplemented lattice, that is to say, a set of compatible properties through which it is possible a legitimate description of the system at different times. This lattice forms a context, a context of histories, or contextual histories, and determines what is allowed to say about the chosen properties, for the particular temporal evolution generated by the Hamiltonian of the system. This formalism is analyzed and compared with the well known of consis- tent histories. The new formalism is also applied to analyse the double slit experiment, the Mach-Zender interferometer, and the measurement process.

"Homogenización de autovalores en operadores elípticos cuasilineales" (2012). Salort, Ariel Martín. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
Distintos problemas clásicos de vibraciones mecánicas son modelados con ecuaciones diferenciales, y las frecuencias de vibración corresponden a los autovalores de éstas. Estructuras tales como columnas, placas, membranas o cuerdas, obedecen distintas clases de problemas elípticos (el sistema de ecuaciones de la elasticidad, el laplaciano, el bilaplaciano, ecuaciones de Sturm Liouville). Estos operadores han sido muy estudiados y se conocen numerosas propiedades de sus autovalores, ver por ejemplo los trabajos clásicos de Courant, Hormander, Timoshenko, Titchmarsh, Weinstein entre otros. Durante el siglo XX, la teoría no lineal generó nuevas herramientas y problemas, y los autovalores son interpretados en este contexto como un parámetro de bifurcación, correponden a valores críticos para los cuales una estructura puede deformarse, colapsar o salir de equilibrio (buckling, bending). Podemos citar como ejemplo los trabajos de Antman, Browder, Berger, y Amann . En los últimos años, los nuevos materiales han creado nuevos desafíos. En particular, cuando se consideran mezclas de dos o más materiales se van obteniendo mejores propiedades específicas, y gracias a estas mejores características los materiales heterogéneos reemplazan a los homogéneos. Particularmente, materiales compuestos como por ejemplo los polímeros reforzados con fibras de vidrio o fibras de carbono, presentan unas excelentes relaciones rigidez/peso y resistencia/peso que los hace idóneos para determinados sectores productivos, esto hace que vayan desplazando a materiales tradicionales como el acero, la madera o el aluminio. Desde el punto de vista matemático esto significa principalmente que las soluciones de un problema de valores de contorno, que dependen solo de un parámetro pequeño, convergen a la solución de un problema límite de contorno que puede ser explícitamente descripto . Un problema interesante, común a muchos problemas diferentes más, es obtener información sobre la existencia de transiciones de fases, situaciones en las cuales la variación del parámetro ε provoca diferentes comportamientos de las soluciones. En este trabajo nos centramos en el estudio de la homogeneización de problemas de autovalores en ecuaciones elípticas con condiciones de contorno del tipo Dirichlet y Neumann. Esta tesis se divide esencialmente en tres partes. Primero, recolectamos propiedades conocidas sobre el espectro del p−Laplaciano, y luego las generalizamos a una familia mas general de operadores. Hecho esto, definimos las nociones de H− y G−convergencia para operadores elípticos. Luego nos centramos en el estudio del comportamiento de integrales oscilantes, esto es, integrales que involucran coeficientes rápidamente oscilantes. En una última parte aplicamos estos resultados al estudio de la homogeneización de problemas de autovalores elípticos y la estimación las tasas de convergencia de los autovalores.

Abstract:
Different classical problems of mechanic vibration are modeled with differential equations, and the vibration frequencies correspond to the eigenvalues of these. Structures such as plates, membranes and strings, obey different class of elliptic problems (the laplacian, the bilaplacian, Sturm Liouville equations). Those operators have been extensively studied and are known many properties of their eigenvalues, see for instance the classical works of Hormander, Timoshenko, Titchmarsh, Weinstein . Along the XX century, the non-linear theory has generated new tools and problems, and in this context, eigenvalues are interpreted like a bifurcation parameter, corresponding to the critical values for which a structure can be deformed, collapse or lose the equilibrium (buckling, bending). We cite, for instance, works of Antman, Browder, Berger, y Amann . During the last years, new materials have created new challenges, Particularly, when are considered mixing of two or more materials, better specific properties are obtained. Due to this better characteristics, heterogeneous materials replace to homogeneous ones. Particularly, materials like polymers reinforced with glass fibers or carbon fibers, present excellent relations stiffness / weight and strength / weight. For these characteristics are ideal to certain sectors of production, and they are displacing to traditional materials like steel, wood or aluminum. From a mathematical point of view, this means mainly that solutions of a boundary value problem, which only depend of a small parameter, converge to the solution of a limit boundary problem which can be explicitly described . Homogenization describes the global behavior of the composite materials. They are heterogeneous but the heterogeneities are very small compared to its dimension. The aim of this theory is to give macroscopic properties of the composite by taking into account the properties of the microscopic structure. In this work we focus in the study of the homogenization of elliptic eigenvalue problems either with homogeneous Dirichlet or Neumann boundary conditions. This thesis is divided in three parts. First, we collect known properties about the spectrum of the p−Laplacian operator, and then, we extend them to a more general family of operators. Done this, we define the H− and G−convergence for elliptic operators. Then, we focus in the study of the behavior of rapidly oscillating integrals, i.e., integrals involving rapidly oscillating coefficients. In the last part we apply these results to the study of the homogenization of elliptic eigenvalue problems and estimate the eigenvalue convergence rates.

"Hongos del suelo antagonistas de Sclerotinia Sclerotiorum : selección y estudio de potenciales agentes de biocontrol" (2004). Rodríguez, María Alejandra. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
Los objetivos fundamentales de este trabajo fueron analizar las comunidades fúngicas de suelos supresivos y no supresivos frente a S. Sclerotiorum, seleccionar cepas antagonistas de dicho patógeno, estudiar y caracterizar los mecanismos involucrados y establecer el potencial de las dichas cepas como agentes de biocontrol. Se efectuó el estudio de la comunidad de hongos filamentosos provenientes de la rizósfera de soja y de lechuga. Se realizó el análisis de las comunidades fúngicas de suelos supresivos y no supresivos en función de las especies fúngicas presentes, determinóndose por un lado la composición fúngica de las mismas y por otro el comportamiento de las cepas integrantes de dicha comunidad,frente al patógeno, es decir caracterizando los suelos de acuerdo a la actividad y dominancia de las especies presentes. Se establecieron por un lado diferencias entre hospedantes dadas por el efecto rizosférico y por otro diferencias entre suelos supresivos y no supresivos. En particular, en suelos de soja, se determinó que la fungistasis del suelo respondió a una mayor proporción de antagonistas entre las especies dominantes por un lado y por otro los mecanismos involucrados en el antagonismo. Partiendo de las diferencias entre suelos supresivos y no supresivos de soja, se seleccionaron aquellas cepas dominantes y que fueron determinantes en la caracterización de la propiedad supresiva de los suelos. Estas cepas se emplearon en ensayos posteriores. Se estudió la relación del patógeno con hongos formadores de micorrizas arbusculares en estadios presimbióticos mediante ensayos in vitro, así como el efecto de la micorrización en la protección frente a S. sclerotiorum en plantas de soja en ensayos de invernáculo. Debido a la ausencia de biocontrol estas cepas no fueron consideradas en ensayos posteriores. Las cepas hongos saprótrofos seleccionadas fueron evaluadas mediante diversos ensayos in vitro y en invernáculo. Se determinó el potencial biocontrolador frente a S. sclerotiorum así como los principales mecanismos involucrados en el antagonismo. Se caracterizó e identificó los metabolitos responsables de la actividad antifúngica.

Abstract:
The fundamental objectives of this work were to analyze the fungal communities of suppressive and non-suppressive soils for S. sclerotiorum, to select antagonistic fungal strains of this pathogen, to study and characterizes the mechanisms involved and to establish the potential of these fungal strains as agents for biocontrol. Studies on the community of filamentous fungus coming from the rhizosfere of soybean and lettuce were carried out. Analysis of fungal communities from suppressive and non-suppressive soils of the fungal species present was also done, imiting on one hand their fungal composition and in the other hand the role of the integrating strains of this communities in the presence of the pathogen, thereby, characterizing soils taking into account the activity and dominance of the present species. Differences were established on one hand between hosts given by the effect of the rhizosfere and on the other between suppressive soil and non-suppressive soil. In particular in the soybean soil, it was established that the fungistasis of the soil responded to a mayor proportion of the antagonists because of the dominant species and the mechanisms involved in the antagonism. The dominant and responsible strains for the suppressive characteristics of soils were selected taking into account the differences between suppressive and non-suppressive soybean soils. These selected strains were used in later assays. The relationship between the fungal pathogen and the AM fungi was studied. In vitro assays were used to understand the effect of the pathogen on the different steps of the presimbiotic development. The effect of the micorrization in the protection against S. scsclerotiorum in soybean plants was developed in greenhouse. The selected saprophytic fungal strains were evaluated by different in vitro and greenhouse assays, determining the biocontrol potential against S. scclerotiorum and the principal mechanism involved in the antagonism. The metabolites responsible of the antifungal activity were characterized and identified.

"Hongos endofitos septados en raíces de Glycine max: diversidad, caracterización y estudio de la interacción" (2015-08-14). Rothen, Carolina Paola. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
Los hongos endofitos septados oscuros (DSE) han sido encontrados colonizando asintomáticamente las raíces de las plantas, entre las que se encuentra Glycine max, una oleaginosa de gran importancia económica. Aunque se caracterizan por su abundancia en diversos hábitats, poco se sabe sobre sus efectos en el hospedante. Dos aspectos sobre los que mostrarían mayor influencia son la nutrición vegetal y la respuesta de la planta frente a condiciones de estrés biótico y abiótico. Este trabajo se centra en cinco objetivos principales: i) Aislar cepas autóctonas de hongos DSE a partir de plantas de Glycine max, ii) Identificar dichas cepas utilizando caracteres morfológicos y moleculares, iii) Establecer la diversidad de las comunidades de estos endofitos asociadas a Glycine max en campos agrícolas con diferente historia de manejo, iv) Caracterizar los aislamientos en cuanto a la capacidad de solubilizar fósforo y producir enzimas hidrolíticas y promotores del crecimiento y, v) Evaluar los efectos en la planta hospedante, particularmente considerando el empleo y facilitación de diferentes fuentes nitrogenadas. Se obtuvieron 168 cultivos de hongos y 47 de ellos fueron clasificados como hongos dematiáceos. Fueron identificados 18 especies y 7 morfotipos, de los cuales, sólo 9 aislamientos fueron considerados dentro de la categoría de “endofitos estrictos” y pertenecieron a las especies: Alternaria alternata, Alternaría arborescens, Paraphoma radicina, Coniothyrium cerealis, Cladosporium sp., Humicola fuscoatra y a tres formas no identificadas, estériles. En cuanto a la diversidad de las comunidades, los dos suelos fueron igualmente diversos, sin embargo al comparar las distintas etapas fenológicas muestreadas, las comunidades pertenecientes al segundo muestreo, etapa R3, fueron menos diversas y equitativas, predominando Alternaria alternata y Paraphoma radicina, las únicas dos especies compartidas por las comunidades en estudio, lo que determinó una similitud baja entre ellas. Se encontró una relación entre las capacidades enzimáticas y el comportamiento en la planta hospedante, donde los endofitos estrictos fueron los que menos actividades enzimáticas presentaron. La producción de AIA fueron variables dentro de las categorías, y no fueron capaces de solubilizar fósforo inorgánico. En los ensayos de facilitación y translocación de N, uno de los endofitos, Cladosporium sphaerospermum, favoreció el crecimiento de plantas de Glycine max. Los mismos resultados fueron obtenidos en condiciones de invernadero, además cuando las plantas fueron co-inoculadas con bacterias fijadoras de nitrógeno, desarrollaron mayor cantidad de nódulos. Este hongo también promovió el crecimiento de Triticum aestivum. Estos resultados positivos se dieron particularmente en condiciones donde el nitrógeno no se encontraba asimilable Los resultados obtenidos indican que los hongos DSE comprenden un diverso grupo, entre los que se encuentran algunos endofitos capaces de favorecer el crecimiento de la planta hospedante, particularmente en ciertas condiciones y en especial, en relación con el uso del Nitrógeno PALABRAS CLAVES: endofitos septados oscuros, raíz, Glycine max , Triticum aestivum, Nitrógeno.

Abstract:
Dark septate endophytes (DSE) were are found asymptomatically colonizing the roots of plants, among which is Glycine max, an oil crop of great economic importance. Although they are characterized by its abundance in different habitats, little is known about its effects on the host. Two aspects that would show greater influence are plant nutrition and plant response against biotic and abiotic stresses. The objetives of this work were: i) to isolate native DSE fungal strains from Glycine max plants, ii) to identify these strains using morphological and molecular characters iii) to stablish the diversity of the communities of these endophytes associated with Glycine max in agricultural fields with different management history, iv) to characterize the isolates in terms of the ability to solubilize phosphorus and produce hydrolytic enzymes and growth promoters and v) to assess the effects on the host plant, particularly considering employment and facilitating different nitrogen sources. An total of 168 fungal isolates were obtained and 47 of them were classified as dematiaceous. 18 specied and 7 morphotypes were identified, of which only 9 isolates were considered within the category of "strictly endophytes" and belonged to the species: Alternaria alternata, Alternaria arborescens, Paraphoma radicina, Coniothyrium cerealis, Cladosporium sphaerospermum, Humicola fuscoatra and three unidentified forms, sterile. Regarding the diversity of the communities, the two soils studied were equally diverse, however when comparing the different phenological stages sampled, communities belonging to the second stage (R3) were less diverse and equitable. The only two species shared by both communities at stage R3 were Alternaria and Paraphoma radicine. A link between the enzymatic capabilities and behavior in the host plant, where strict endophytes were least had found enzymatic activities. AIA production were variable within categories, and were not able to solubilize inorganic phosphorus. In trials facilitation and translocation of N, one of the endophytes, Cladosporium sphaerospermum, favored the growth of Glycine max plants. The same results were obtained under greenhouse conditions, also when plants were co-inoculated with nitrogen-fixing bacteria, developed more nodules. This fungus also promoted the growth of Triticum aestivum. These results are particularly positive given in conditions where nitrogen was not assimilable. The results indicate that the DSE fungi comprise a diverse group, among which some endophytes are capable of favoring growth of the host plant, particularly under certain conditions and particularly in connection with the use of Nitrogen. KEYWORDS: dark septate endophytes, root, Glycine max, Triticum aestivum, Nitrogen.

"Hongos manchadores de albura en especies forestales exóticas y nativas de los Andes Patagónicos: taxonomía, patogenicidad y manejo" (2016-06-27). de Errasti, Andrés. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
Esta tesis constituye el primer relevamiento sistemático de hongos manchadores de albura de la Patagonia argentina. La ‘mancha de albura’ es una modificación de las propiedades ópticas de la madera como consecuencia de la colonización fúngica. El cuerpo (hifas) pigmentado del hongo penetra el parénquima radial y los tejidos vasculares ocasionando una mancha profunda. La mayoría de especies manchadoras pertenecen a los hongos ‘ofiostomatoides’. Este grupo polifilético dentro de los Ascomycota se encuentra asociado íntimamente con artrópodos, en particular, a escarabajos de corteza y ambrosía (Coleoptera: Scolytinae/Platypodinae). Existen casos bien documentados de patógenos primarios dentro del grupo (por ejemplo Ceratocystis fagacearum, Ceratocystis fimbriata, Ophiostoma ulmi), sin embargo, la mayoría de las especies manchan la madera recién cosechada, como saprobios. La madera manchada tiene un precio de venta menor y su aceptación en el mercado disminuye. Ante la falta de información en el país sobre la diversidad y biología de este grupo, se planificó su recolección y estudio en la Patagonia durante el período 2009-2014. El relevamiento fue realizado durante 3 años. Se visitaron diferentes plantaciones y zonas de bosque nativo en las regiones cordilleranas de las provincias del Chubut, del Río Negro y del Neuquén. Los taxones fueron identificados mediante técnicas morfológicas y moleculares (regiones LSU, ITS, β-Tubulina y el factor TEF 1-α). Sus asociaciones con insectos también fueron informadas. En base a la diversidad encontrada sobre árboles enfermos (Nothofagus, Schinus) se diagramaron ensayos para estimar la patogenicidad de algunos aislamientos sobre árboles sanos. Paralelamente, se caracterizó el ciclo del manchado en pináceas utilizadas por la industria forestal, intentando cuantificar la colonización fúngica en función del tiempo, para árboles apeados en distintas épocas del año. Se coleccionaron 588 muestras de las que se obtuvieron 370 aislamientos. Estos fueron clasificados en 28 taxones: 18 taxones conocidos y 10 taxones nuevos para la ciencia. De los nuevos, 5 fueron descriptos formalmente: Huntiella decorticans, Leptographium gestamen, Ophiostoma patagonicum, Ophiostoma peregrinum y Sporothrix cabralii. El bosque andino-patagónico evidenció una importante diversidad con un 80% de taxones endémicos (12/15). Por el contrario, las plantaciones de pináceas estuvieron asociadas a especies que han sido introducidas junto con éstas, tal como se ha constatado en otras regiones del Hemisferio Sur. Los primeros datos moleculares de Ophiostoma nothofagi han permitido identificar un linaje independiente dentro de la familia Ophiostomataceae, cuyas características morfológicas y ecológicas particulares respaldan la posibilidad de erigir un género nuevo para ésta y otras especies relacionadas. En los ensayos de patogenicidad a campo, Huntiella decorticans colonizó satisfactoriamente árboles sanos, de acuerdo con los postulados de Koch. Su relación con escarabajos que se alimentan de savia fresca y la formación de una estructura tipo ‘pressure pad’ indican un comportamiento patogénico. Sin embargo, la formación de cancros fue consecuencia de lesiones localizadas y no de infecciones sistémicas típicas de un marchitamiento. Por el contrario L. gestamen y O. patagonicum no pudieron colonizar sus hospedantes (Nothofagus spp. y Schinus patagonicus, respectivamente), por lo que serían saprobios oportunistas dispersados por escarabajos de ambrosía hacia hospedantes bajo estrés severo. En las plantaciones de coníferas, Ophiostoma piliferum y O. peregrinum fueron las especies de mayor frecuencia, si bien la tasa de colonización de Diplodia pinea fue superior. Las dos primeras están asociadas a las especies de escarabajos Hylurgus ligniperda y Orthotomicus laricis. Las especies de Grosmannia fueron aisladas principalmente de Hylastes ater. Los ensayos a campo indican que los troncos estuvieron libres de mancha por 3 meses, independientemente de su época de apeo. A partir del tercer mes los árboles cosechados en primavera y, en menor medida en otoño, son altamente susceptibles al ataque de hongos ‘ofiostomatoides’, probablemente porque en esas épocas se producen los picos de vuelo de los escarabajos adultos. Las cosechas de verano son críticas si el rodal está afectado por Diplodia. La colonización de ésta especie, usualmente en estado latente dentro del tejido sano del hospedante, se ve favorecida por las altas temperaturas de la estación. El invierno es la época más favorable para la cosecha. Ophiostoma peregrinum, especie que inicialmente fue reportada en el hemisferio Norte sobre Betula sp., mostró en la Patagonia una amplia distribución y frecuencia en plantaciones (inclusive colonizando hospedantes nativos) remarcando los peligros del comercio entre regiones distantes.

Abstract:
This thesis comprehends the first survey of sap-stain fungi on exotic conifers and native broad-leaved species (Nothofagus) from Patagonia, Argentina. ‘Sap-stain’ is a dark discoloration of wood as a consequence of fungal colonization. Pigmented fungal hyphae penetrate the radial parenchyma and the vascular tissue, causing a deep stain. Most sapstain species belong to the so-named ‘ophiostomatoid fungi’ a polyphyletic group of ascomycetes with similar morphology and taxonomic history. These species are adapted to arthropod dispersal, especially bark and ambrosia beetles (Coleoptera: Scolytinae/Platypodinae). Pathogens are well documented among sap-stain species (e.g. Ceratocystis fagacearum, Ceratocystis fimbriata, Ophiostoma ulmi). Nevertheless, most species are saprobes, colonizing timber after harvest. Stained wood has a lower market value and a decreased acceptance, causing major losses to the forest industry worldwide. Addressing the need to characterize ophiostomatoid diversity and biology in Patagonia, a five-year project was undertaken (2009-2014). A three-year survey (2009-2012) in Neuquén, Río Negro and Chubut Provinces included milling companies, pine plantations and native forests. Species were collected and identified based on morphology and DNA sequence comparisons of multiple loci (LSU, ITS, β-Tubulin, TEF 1-α). Insect associates were also informed. Isolates obtained from diseased trees (Nothofagus, Schinus) were selected for pathogenicity trials. On pine plantations, colonization of logs was estimated at different intervals, for logs harvested in different seasons. A total of 588 samples were collected, and 370 isolates were obtained. These were classified under 28 taxa: 18 known species and 10 new taxa. In the present study, 5 out of these new 10 species were described: Huntiella decorticans, Leptographium gestamen, Ophiostoma patagonicum, Ophiostoma peregrinum and Sporothrix cabralii. Nothofagus forests include several, previously unknown, sap-stain taxa. The 80% of these (12/15) are considered to be endemic. On the other hand, species present on pine plantations have been most likely introduced, similarly to other Southern Hemisphere Countries. The first molecular data of Ophiostoma nothofagi strongly suggests the presence of an independent lineage within the Ophiostomataceae. Its morphological characteristics and ecological features also support the possibility to erect a new genus for this and other related taxa. Huntiella decorticans was able to colonize healthy trees in pathogenicity trials. Its relation to sap-feeding beetles (Coleoptera:Nitidulidae) as well as the formation of a ‘pressure-pad’ structure, points out a pathogenic capability. Nevertheless, the formation of cankers indicates a localized lesion and not a systemic colonization, typical of a wilted tree. On the contrary, Leptographium gestamen and Ophiostoma patagonicum could not colonize healthy trees and both species probably behave as opportunistic saprobes vectored by ambrosia beetles to severely stressed trees. On pine plantations, the most frequent species were Ophiostoma piliferum and O. peregrinum. However, Diplodia registered higher colonization rates. The former ophiostomatoid species are associated to Hylurgus ligniperda and Orthotomicus laricis galleries. Grosmannia species were found in association with Hylaster ater galleries. At every site logs were stain-free for 3 months, no matter which season they were harvested. After this period, harvest in spring (and sometimes autumn) is highly susceptible to ‘ophiostomatoid’ stain, probably because it is also beetle flying season. Summer harvest is critical if the stand is infected with Diplodia, because this endophytic fungus grows vigorously at high temperatures. Field trials indicate winter as the most favorable season to harvest. Ophiostoma peregrinum, initially reported from the Northern Hemisphere associated with Scolytus ratzeburgi on Betula, evidenced a wide geographical distribution and host range (even on native species) in Patagonia, showing the risks associated to commercial trade between distant regions.

"Hongos saprotrofos del suelo como microorganismos auxiliares de micorrización" (2002). Fracchia, Sebastian. Tesis doctoral. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires

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Resumen:
La formación de micorrizas arbusculares se puede ver afectada por distintos factores bióticos y abióticos. Entre los primeros se encuentran los diferentes microorganismos del suelo que pueden tener efectos inhibitorios, neutros o positivos sobre el establecimiento y posterior desarrollo de la simbiosis. Los hongos saprótrofos del suelo que habitan en la rizósfera de plantas susceptibles, interaccionan con los hongos formadores de micorrizas arbusculares (hongos MA) en forma diversa. Existe un gran potencial en aquellas cepas de hongos saprótrofos que interactúan en forma sinérgica con la formación y desarrollo de esta simbiosis. Coínoculando cepas seleccionadas junto a los hongos MA en plantas hospedantes de interés agronómico favorecería una más rápida colonización de las raíces y una mejora en la bioprotección y nutrición del vegetal. Por otro lado la detección de cepas con efectos inhibitorios sobre la formación de la simbiosis permitiría tener un mayor control sobre la calidad del inóculo de los hongos MA. En el presente trabajo se aislaron 39 cepas de hongos saprótrofos del suelo y se enfrentaron a esporas de Gigaspora rosca. Se seleccionaron dos cepas de hongos saprótrofos, Aspergillus niger y la levadura Rhodotorula mucilaginosa, como los aislamientos más efectivos en la estimulación del desarrollo del micelio a partir de las esporas de Gi. rosea. Se obtuvieron los exudados de ambos hongos saprótrofos y se ensayó su efecto sobre distintas especies de hongos MA, distintas cepas de Gi. rosea y una mezcla de esporas de un suelo cultivado. Con el fin de estudiar la naturaleza del principio activo de ambos exudados, se ensayó la termoestabilidad de los mismos y la diálisis en membranas de distinto tamaño de poro. De acuerdo a los resultados observados, el principio activo no sería el mismo para cada hongo. Se realizó el estudio de la interacción a lo largo de todo el ciclo de vida de Gi. rosea en un sistema especial de crecimiento. El agregado de los exudados de A. niger y R. mucilaginosa produjeron una mayor cantidad de micelio desarrollado a partir de las esporas de Gi. rosea, más del doble número de ápices hifales, mayor número de apresorios sobre las raices de T. repens, mayor porcentaje de micorrización, mayor desarrollo del micelio extrarradical y finalmente una estimulación en la esporulación del hongo MA. La inoculación líquida de los hongos saprótrofos junto al inóculo de Gi. rosea, lO días previos al trasplante de las plantas de T. repens a macetas, resultó la forma más efectiva en la estimulación de la micorrización de las raíces por parte del hongo MA. Esta forma de inoculación resultó ser efectiva para distintas especies de hongos MAy distintos hospedantes de interés agronómico. La inoculación de los hongos saprótrofos en plantas previamente micorrizadas con Gi. rosca no tuvo efectos sobre los valores de micorrización observados al cabo de 9 semanas de crecimiento. El riego con los exudados de A. niger y R. mucilaginosa produjo un aumento en los niveles de micorrización de las raíces de T. repens. En la realización del ensayo del número más probable para hongos MA, se observó un aumento en el número de propágulos de Gi. rosca al inocular los hongos saprótrofos a un inóculo general de dicha cepa. Los dos hongos saprótrofos seleccionados A. niger y R. mucilaginosa pueden considerarse como microorganismos auxiliares de la formación de micorrizas arbusculares.

Abstract:
Arbuscular mycorrhizae formation can be affected by different biotic and abiotic factors. Among the bíotic factors are soil microorganisms, which can inhibit, enhance or have no effect on the stablishment and development of the symbiosis. There are many strains of saprotrophic soil fungi interacting sinergically with the symbiosis that have greate agronomical potential. Dual inoculation of this selected strains and AM fungi of economically important hosts, would favour a faster mycorrhizal formation and a better plant nutrition and bioprotection. On the other hand, the detection of strains with inhibitory effects on the formation of the AM symbiosis would allow a better control on the quality of AM inocula. In this work, 39 strains of saprotrophic soil fungi were isolated and tested against the AM fungi Gigaspora rosca. One strain of Aspergillus niger and one of the yeast Rhodotorula musilaginosa were the most effective stimulating the development of mycelium of Gi. rosea in an in vitro assay. The exhudates of these two fungi were tested in different species of AM fungi and different strains of Gi. rosca. The optimal concentration was 0,25% (VN) for both selected fungi. Dialysis of these exhudates showed that the active compound would be different for each fungus. The interaction study was performed along the whole life cycle of Gi. rosea in a specially design growth system. The addition of exhudates from A. niger and R. musilaginosa induced a higher presymbiotic mycelial growth, number of hyphal tips, entry points on T. repens roots, mycorrhizal colonization, extraradical mycelium development and a final higher sporulation of the MA fungus. Liquid inoculation of saprotrophic fungi with Gi. rosea, lO days before transplanting T. repens seedlings to pots, was the most effective inocultation way for stimulating root colonization in most of AM fungi and host combinations. Inoculation of already mycorrhized plants with saprotrophic fungi, had no effects on the mycorrhizal level observed after 9 weeks of growth. The direct application of exhudates from A. niger and R. mucilaginosa to T. repens inoculated with Gi.rosea, enhanced root colonization of this host. The most probable number assay for AM fungi, showed an increase of the number of Gi. rosea propagules when saprotrophic fungi were added to the general inoculum of the AM fiJngus. Both saprotrophic fungi can be considered as auxiliary microorganisms in the arbuscular mycorrhizal formation.

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